mhap - Online di Awan

PROGRAM:

NAMA

mhap - urutan probabilistik tumpang tindih

DESKRIPSI

Silakan atur -s atau itu -p pilihan. Lihat opsi di bawah ini: MHAP: MinHash Alignment Protocol.
Alat untuk menemukan tumpang tindih dari urutan yang telah dibaca lama (seperti PacBio atau Nanopore) di
bioinformatika.

Versi: 1.6, Waktu pembuatan: 09/12/2015 11:46 PM Penggunaan 1 (eksekusi langsung): java
server -xmx -botol -s[-Q
file>] [-f ] Penggunaan 2 (hasilkan perhitungan sebelumnya
binari): java server -xmx -botol -p
-q [-F ]

--penyelarasan, default = salah
Opsi eksperimental.

--penyelarasan-offset, standar = -0. 535
Offset untuk memperhitungkan varians dalam skor kecocokan keselarasan.

--alignment-skor, bawaan = 1.0E-6
Skor batas untuk kecocokan keselarasan.

--filter-ambang, bawaan = 1.0E-5
[ganda], batas di mana k-mer dalam file filter k-mer dipertimbangkan
berulang. Nilai untuk k-mer spesifik ini ditentukan di kolom kedua di
file filternya. Jika tidak ada file filter yang disediakan, opsi ini diabaikan.

--membantu, default = salah
Menampilkan menu bantuan.

--pergeseran maksimal, standar = 0.2
[ganda], ukuran wilayah ke kiri dan kanan dari perkiraan tumpang tindih, seperti yang diturunkan
dari pergeseran median dan panjang urutan, di mana kecocokan k-mer masih
dianggap sah. Filter tahap kedua saja.

--min-toko-panjang, standar = 0
[int], Panjang minimum pembacaan yang disimpan di dalam kotak. Digunakan untuk menyaring
bacaan singkat dari file FASTA.

--nanopori-cepat, default = salah
Atur semua parameter untuk pengaturan cepat Nanopore. Ini adalah yang terbaik saat ini
bimbingan, dan dapat berubah sewaktu-waktu tanpa peringatan.

--tanpa-diri, default = salah
Jangan menghitung tumpang tindih antara urutan di dalam kotak. Harus digunakan ketika
ke dan dari urutan berasal dari file yang berbeda.

--num-hash, standar = 512
[int], jumlah min-mer yang akan digunakan di MinHashing.

--jumlah-min-pertandingan, standar = 3
[int], minimum # min-mer yang harus dibagikan sebelum menghitung filter tahap kedua.
Urutan apa pun di bawah nilai itu dianggap tidak tumpang tindih.

--num-utas, standar = 12
[int], jumlah utas yang digunakan untuk perhitungan. Biasanya diatur ke 2 x #core.

--pacbio-cepat, default = salah
Atur semua parameter untuk pengaturan cepat PacBio. Ini adalah yang terbaik saat ini
bimbingan, dan dapat berubah sewaktu-waktu tanpa peringatan.

--pacbio-sensitif, default = salah
Atur semua parameter untuk pengaturan sensitif PacBio. Ini adalah yang terbaik saat ini
bimbingan, dan dapat berubah sewaktu-waktu tanpa peringatan.

--toko-lengkap-id, default = salah
Simpan ID lengkap seperti yang terlihat di file FASTA, daripada hanya menyimpan urutannya
posisi dalam file. Beberapa file FASTA memiliki IDS yang panjang, memperlambat keluaran hasil.
Opsi ini diabaikan saat menggunakan format file terkompresi.

--ambang, standar = 0.04
[ganda], batas skor kesamaan ambang batas untuk penggabungan-urutan tahap kedua
Saring. Ini didasarkan pada jumlah rata-rata k-mer yang cocok dalam tumpang tindih
wilayah.

--Versi: kapan, default = salah
Menampilkan versi dan waktu pembuatan.

--berbobot, default = salah
Lakukan MinHashing tertimbang.

-f, standar = ""
k-mer filter file yang digunakan untuk menyaring k-mers yang sangat berulang. Harus diurutkan
dalam urutan frekuensi (kolom kedua).

-h, default = salah
Menampilkan menu bantuan.

-k, standar = 16
[int], ukuran k-mer yang digunakan untuk MinHashing. Ukuran k-mer untuk filter tahap kedua adalah
terpisah, dan tidak dapat diubah.

-p, standar = ""
Pemakaian 2 saja. Direktori yang berisi file FASTA yang harus dikonversi ke
format biner untuk penyimpanan.

-q, standar = ""
Penggunaan 1: File bacaan FASTA, atau direktori file, yang akan dibandingkan dengan
set bacaan di dalam kotak (lihat -s). Penggunaan 2: Direktori keluaran untuk biner
file dat yang diformat.

-s, standar = ""
Pemakaian 1 saja. File data FASTA atau biner (lihat Penggunaan 2) dari bacaan yang akan
disimpan dalam kotak, dan semua bacaan selanjutnya akan dibandingkan.

Gunakan mhap online menggunakan layanan onworks.net