NCLconverter - Online di Cloud

PROGRAM:

NAMA

NCLconverter - laporan konten file NEXUS

DESKRIPSI

NCLconverter membaca file dan menulis laporan konten ke awalan file
(ditentukan dengan -o flag) dalam format output yang dipilih (ditentukan dengan -e bendera).

paling umum pemakaian is secara sederhana:
Konverter NCL

PILIHAN

-h pada baris perintah menunjukkan pesan bantuan ini

-q menekan pesan status NCL saat membaca file

-lmembaca file dan memperlakukan setiap baris file sebagai jalur ke file NEXUS

-a output AltNexus (tidak ada tabel terjemahan di pohon)

-x JANGAN memvalidasi label internal di pohon sebagai label taksa

-X JANGAN perlakukan angka di pohon sebagai nomor takson, perlakukan mereka sebagai arbitrer

label (tidak boleh digunakan dengan file NEXUS).

-smengontrol tingkat keketatan NEXUS.

level default setara dengan -S2 menjalankan program dengan -S3 atau lebih tinggi
number akan mengubah beberapa peringatan menjadi kesalahan fatal. Berlari dengan -S1 akan menyebabkan
parser untuk menerima konstruksi berbahaya, dan berjalan dengan -S0 akan menyebabkan
parser melakukan segala upaya untuk menyelesaikan penguraian file (peringatan tentang sangat serius
kesalahan).

Perhatikan bahwa ketika -S0 tingkat keketatan digunakan, dan parser gagal menyelesaikannya, itu
sering kali merupakan hasil dari kesalahan yang lebih awal daripada kesalahan yang dilaporkan di
pesan Terakhir.

-imenentukan panjang halaman yang disisipkan untuk dibuat

-fmenentukan format file input yang diharapkan:

-fnexus
NEXUS (ini juga default)

-faafasta
Data asam amino di fasta

-fdnafasta.dll
Data DNA di fasta

-frnafasta
Data RNA di fasta

Daftar lengkap nama format yang dapat mengikuti -f bendera adalah:

nexus dnafasta aafasta rnafasta dnaphylip rnaphylip aaphylip discretephylip
dnaphylipinterleaved rnaphylipinterleaved aaphylipinterleaved
discretephylipinterleaved dnarelaxedphylip rnarelaxedphylip aarelaxed phylip
bijaksana santai phylip dnar santai phylip disisipkan rna santai phylip disisipkan
aarelaxedphylipinterleaved discreterelaxedphylipinterleaved dnaaln rnaaln aaaln
phyliptree relaxphyliptree nexml dnafin aafin rnafin

-emenentukan format file output yang diharapkan:

-nexus
"dinormalisasi" keluaran NEXUS

-cepat
Data karakter dalam fasta (dapat menghasilkan beberapa file keluaran)

-epilepsi
Pohon dan data karakter di phylip (dapat menghasilkan beberapa file keluaran)

-relaksasi phylip
Pohon dan data karakter dalam phylip santai (dapat menghasilkan beberapa file keluaran)

-enexml
keluaran nexml (ini juga default)

-omenentukan awalan keluaran.
Sufiks dan ekstensi yang sesuai ditambahkan

-dmenentukan tujuan keluaran tunggal. Atau Anda dapat menggunakan -D- untuk menunjukkan itu

output harus diarahkan ke output standar. Penggunaan peringatan opsi ini dapat mengakibatkan
dalam output yang tidak valid karena penggabungan "blok" informasi yang terpisah menjadi
satu berkas!

-u mengonversi garis bawah ke spasi dalam format selain NEXUS.

-yterjemahkan ke nama takson "aman" dan simpan nama baru sebagai NEXUS.

file bernama dengan blok TaxaAssociation. Blok taksa pertama di
blok asosiasi akan menyimpan nama asli, dan yang kedua akan menyimpan "aman"
nama

-Yberperilaku seperti -y, kecuali dengan -Y file terjemahan akan diproduksi bahkan
jika nama aslinya sudah "aman"

-zgunakan file berformat NEXUS yang disebut dengan blok TaxaAssociation

untuk mengembalikan nama asli.
Diasumsikan bahwa blok taksa pertama di TaxaAssociation

blok memegang nama asli dan yang kedua adalah nama saat ini. Fungsi ini adalah
berguna untuk "membatalkan" efek dari -y .

-j Menekan pembuatan NameTranslationFile

Gunakan NCLconverter online menggunakan layanan onworks.net