Ini adalah perintah obrotate yang dapat dijalankan di penyedia hosting gratis OnWorks menggunakan salah satu dari beberapa workstation online gratis kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows atau emulator online MAC OS
PROGRAM:
NAMA
membatalkan — sudut dihedral batch-rotate yang cocok dengan pola SMARTS
RINGKASAN
membatalkan 'Pola SMART' nama file atom1 atom2 atom3 atom4 sudut
DESKRIPSI
Program obrotate memutar sudut puntir (dihedral) dari ikatan tertentu dalam molekul
dengan yang didefinisikan oleh pengguna. Dengan kata lain, ia melakukan hal yang sama seperti pengguna mengatur sudut dalam
paket pemodelan molekul, tetapi jauh lebih cepat dan dalam mode batch (yaitu di beberapa
molekul dalam file).
Empat ID atom yang diperlukan adalah indeks ke dalam pola SMARTS, yang dimulai pada atom 0
(nol). Sudut yang diberikan adalah dalam derajat. Dua atom yang digunakan untuk mengatur sudut dihedral
dan tidak perlu dihubungkan ke atom ikatan dan
dengan cara apapun.
Urutan atom penting -- bagian dari molekul yang terikat pada dan
tetap, tetapi bagiannya terikat pada dan & bergerak.
CONTOH
Katakanlah Anda ingin mendefinisikan konformasi sejumlah besar molekul dengan a
scaffold piridil dan disubstitusi dengan rantai alifatik pada posisi 3, misalnya untuk
docking atau 3D-QSAR tujuan.
Untuk mengatur nilai sudut dihedral pertama menjadi 90 derajat:
obrotate 'c1ccncc1CCC' pyridines.sdf 5 6 7 8 90
Di sini 6 dan 7 mendefinisikan ikatan untuk berputar dalam pola SMARTS, yaitu, c1-C dan atom 5 dan 8
menentukan sudut dihedral tertentu untuk memutar.
Karena atom-atom untuk mendefinisikan dihedral tidak perlu dihubungkan secara langsung, nitrogen di
piridin dapat digunakan:
obrotate 'c1ccncc1CCC' pyridines.sdf 4 6 7 8 90
Pertahankan cincin piridil tetap dan gerakkan rantai alifatik:
obrotate 'c1ccncc1CCC' pyridines.sdf 5 6 7 8 90
Pertahankan rantai alifatik tetap dan pindahkan cincin piridil:
obrotate 'c1ccncc1CCC' pyridines.sdf 8 7 6 5 90
Gunakan obrotate online menggunakan layanan onworks.net
