Ini adalah oligotm perintah yang dapat dijalankan di penyedia hosting gratis OnWorks menggunakan salah satu dari beberapa workstation online gratis kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows atau emulator online MAC OS
PROGRAM:
NAMA
oligotm - Mencetak suhu leleh oligo di stdout
RINGKASAN
oligotm [OPSI] {oligo}
di mana oligo adalah urutan DNA antara 2 dan 36 basa
DESKRIPSI
oligotm mencetak suhu leleh deoksiribonukleotida yang diberikan pada standar
keluaran. Ini adalah bagian dari perpustakaan oligotm.
PILIHAN
-mv monovalen_conc
Konsentrasi kation monovalen dalam mM, secara default 50 mM.
-dv divalent_conc
Konsentrasi kation divalen dalam mM, secara default 0 mM.
-n dNTP_conc
Konsentrasi deoksinukleotida trifosfat dalam mM, secara default 0 mM.
-d DNA_conc
Konsentrasi untai DNA dalam nM, secara default 50 nM.
-tp [0]
Menentukan tabel parameter termodinamika dan metode suhu leleh
perhitungan:
· 0 Breslauer et al., 1986 dan Rychlik et al., 1990 (digunakan oleh primer3 hingga dan
termasuk rilis 1.1.0). Ini adalah default, tapi tidak nilai yang direkomendasikan.
· 1 Gunakan parameter tetangga terdekat dari SantaLucia 1998. Kredensial mikro is itu direkomendasikan
nilai.
-sc [0]
Menentukan rumus koreksi garam untuk perhitungan suhu leleh:
· 0 Schildkraut dan Lifson 1965, digunakan oleh primer3 hingga dan termasuk rilis 1.1.0.
Ini adalah default, tapi tidak nilai yang direkomendasikan.
· 1 Santa Lucia 1998. Kredensial mikro is itu direkomendasikan nilai.
· 2 Owczarzy dkk., 2004.
-i
mencetak referensi ke publikasi yang digunakan untuk perhitungan termodinamika.
REFERENSI
Silakan kutip Rozen, S., Skaletsky, H. "Primer3 di WWW untuk pengguna umum dan untuk
programmer biologi." Dalam S. Krawetz dan S. Misener, eds. Bioinformatics Methods and
Protokol dalam seri Metode dalam Biologi Molekuler. Humana Press, Totowa, NJ, 2000,
halaman 365-386.
Gunakan oligotm online menggunakan layanan onworks.net
