Ini adalah plast perintah yang dapat dijalankan di penyedia hosting gratis OnWorks menggunakan salah satu dari beberapa workstation online gratis kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows atau emulator online MAC OS
PROGRAM:
NAMA
plast - Alat Pencarian Perataan Urutan Lokal Paralel
DESKRIPSI
plastik 2.3.1
- Tanggal pembuatan: 2016-02-09 09:47:45 - OS: Linux-4.3.0-1-amd64 - Kompilator: /usr/bin/cc
(5.3.1) - CPU Host: 4 core tersedia
[*] menunjukkan argumen wajib.
-p [*]:
Nama Program [plastp, tplastn, plastx, tplastx atau plastn]
-d [*]:
File database subjek
-i [*]:
File basis data kueri
-o : File Keluaran laporan PLAST
-e : Nilai harapan
-n : Ukuran lingkungan yang melakukan ekstensi tanpa celah
-s : Ambang batas yang tidak terbuka memicu ekstensi celah kecil
-g : ambang batas untuk ekstensi celah kecil
-b : bandwidth untuk ekstensi celah kecil
-a : Jumlah prosesor yang digunakan
-G : Biaya untuk membuka celah
-E : Biaya untuk memperpanjang kesenjangan
-xdrop-ungap :
Nilai drop-off X untuk keselarasan Ungapped (dalam bit) (nol memanggil perilaku default 20
bit)
-X : Nilai dropoff X untuk perataan celah (dalam bit) (nol memanggil perilaku default)
-Z : Nilai penurunan X untuk penyelarasan celah akhir dalam bit (0.0 memanggil perilaku default)
-ambang-indeks :
Indeks ambang batas untuk menghitung kesamaan antara tetangga
-F : Filter urutan kueri
-M : Matriks skor (BLOSUM62 atau BLOSUM50)
-untai :
untai untuk plastn: 'plus', 'minus' atau 'keduanya' (default)
-r : hadiah untuk kecocokan nukleotida (plastn)
-q : penalti untuk ketidakcocokan nukleotida (plastn)
-paksa-permintaan-pesanan :
Paksa pemesanan kueri dalam file keluaran.
-max-database-ukuran :
Ukuran maksimum yang diizinkan (dalam byte) untuk database. Jika lebih besar, database tersegmentasi.
-maks-hit-per-kueri :
Klik maksimum per kueri. 0 nilai akan membuang semua klik (default)
-max-hsp-per-hit :
Penjajaran maksimum per pukulan. 0 nilai akan membuang semua klik (default)
-keluar :
Format keluaran: 1 untuk tabulasi (default), 2 untuk tubulasi diperpanjang, 4 untuk NCBI
Seperti ledakan.
-strands-daftar :
Daftar untai (mis: "1,2,6") yang akan digunakan saat menggunakan algo menggunakan nukleotida
database.
-optim-kodon-stop :
ukuran rentang yang diizinkan antara karakter tidak valid terakhir dan perhentian berikutnya
kodon
-pengirim-pabrik :
Pabrik yang menciptakan dispatcher.
-statistik pabrik :
Pabrik yang membuat pembuat statistik.
-indeks-pabrik :
Pabrik yang membuat pembuat indeksasi.
-pabrik-hit-ungap :
Pabrik yang membuat ungap hits iterator.
-pabrik-hit-celah kecil :
Pabrik yang menciptakan celah kecil mengenai iterator.
-pabrik-hit-fullgap :
Pabrik yang menciptakan celah penuh mengenai iterator.
-komposisi hit pabrik :
Pabrik yang membuat komposisi menyentuh iterator.
-hasil-celah-pabrik :
Pabrik yang menciptakan hasil penjajaran celah.
-hasil-pabrik-ungap :
Pabrik yang membuat hasil ungap alignment.
-pemisah :
Pabrik yang membuat pembagi perataan. String: 'normal' atau 'banded' (default)
-optim-filter-ungap :
Optimasi yang menyaring melalui ungap keberpihakan.
-grafik batang :
Menampilkan bilah kemajuan selama eksekusi.
-ukuran-bargraf :
Nb karakter bargraph.
-progres-file :
Buang dalam file persentase eksekusi saat ini.
-verbose :
Menampilkan informasi selama eksekusi algoritma.
-statistik penuh :
Buang statistik algoritma.
-stat :
Buang statistik generik.
-statistik-fmt :
Format statistik: 'mentah' (default) atau 'xml'
-stats-otomatis :
Pembuatan file statistik otomatis
-kesejajaran-kemajuan :
Buang dalam file semakin banyak keberpihakan ungap/ungap selama algoritma.
-sumber-kemajuan :
Buang informasi file tentang sumber daya selama algoritma.
-plastrc :
Pathname dari file konfigurasi plast.
-xmlfilter :
Uri dari file filter XML.
-biji-penggunaan-rasio :
Rasio benih yang akan digunakan.
-biji-indeks-filter :
panjang benih yang akan digunakan untuk filter indeksasi.
-lengkap-subyek-database-stats-file :
Jalur file ke statistik database subjek lengkap
-W : ukuran biji
-h : Tolong
Mengutip PLAST: Nguyen VH, Lavenier D. (2009) PLAST: alat pencarian keselarasan lokal paralel
untuk perbandingan basis data. Bioinformatika BMC, jilid 10, no 329.
Gunakan plast online menggunakan layanan onworks.net
