primeDLRS - Online di Cloud

PROGRAM:

NAMA

primeDLRS, primeGSRf - Alat rekonsiliasi pohon tamu-di-host

RINGKASAN

primeDLRS [PILIHAN] file seq file host [file gs]

DESKRIPSI

Alat rekonsiliasi pohon tamu-di-host, memungkinkan analisis misalnya topologi pohon tamu,
properti rekonsiliasi dan tingkat kerugian duplikasi. Berdasarkan kerangka kerja MCMC Bayesian
menggunakan model GSR yang mendasarinya. Nama program lama, primeGSRf, masih tersedia sebagai
symlink ke primeDLRS.

1) topologi pohon tamu dan waktu divergensinya dimodelkan dengan duplikasi-
proses loss sesuai dengan Gene Evolution Model (GEM).

2) evolusi urutan dimodelkan dengan model substitusi yang ditentukan pengguna.

3) variasi tingkat evolusi urutan di tepi pohon tamu (jam molekuler santai)
dimodelkan dengan nilai iid dari distribusi yang dipilih pengguna.

4) variasi tingkat evolusi urutan di atas situs (posisi) dimodelkan sesuai dengan
distribusi Gamma diskrit.

Implementasinya menggunakan diskritisasi pohon host untuk melakukan perhitungannya.
Harap tinjau opsi yang tersedia, karena Anda perlu mengubah pengaturan default. Opsi -r
mungkin berguna untuk menghindari masalah numerik karena penskalaan.

file seq adalah file dengan urutan selaras untuk daun pohon tamu.

file host adalah file PRIME Newick dengan pohon host termasuk. waktu divergensi. Daun harus memiliki
waktu 0 dan root memiliki waktu > 0.

file gs adalah file tab-delimited yang menghubungkan daun pohon tamu dengan daun pohon induk jika info tidak
termasuk dalam file host.

PILIHAN

-h, -u, -?
Tampilkan bantuan (teks ini).

-o FILE
Nama file keluaran. Default ke stderr.

-s UNSIGNED_INT
Benih untuk generator nomor pseudo-acak. Default untuk benih acak.

-i UNSIGNED_INT
Jumlah iterasi. Default ke .

-t UNSIGNED_INT
Penipisan, yaitu sampel setiap - iterasi. Default ke .

-w UNSIGNED_INT
Keluarkan diagnostik ke stderr setiap -sampel. Default ke .

-q Jangan mengeluarkan diagnostik. Tidak senyap secara default.

-m MCMC|PDHC|PD
Tipe eksekusi (MCMC, posterior density hill-climbing dari nilai awal, atau just
kepadatan posterior awal). Default ke .

-Sm SeragamAA|JC69|F81|JTT|Kodon Seragam|ArveCodon
Model substitusi. secara default.

-Su DNA|Asam Amino|Kodon
...float(n*(n-1)/2)>
Model substitusi yang ditentukan pengguna. Ukuran Pi dan R harus sesuai dengan tipe data (DNA: n=4,
Asam Amino: n=20, Kodon: n=62). R diberikan sebagai matriks segitiga atas yang diratakan.
Jangan gunakan kedua opsi -Su dan -Sm.

-Sn UNSIGNED_INT
Jumlah langkah distribusi Gamma yang didiskritkan untuk laju evolusi urutan
variasi di atas situs. Default ke (tidak ada variasi).

-Ed Gamma|InvG|LogN|Seragam
Distribusi untuk variasi tingkat evolusi urutan iid di tepi pohon tamu.
Default ke (jangan bingung dengan -Sn).

-Ep FLOAT FLOAT
Rata-rata awal dan varians laju evolusi urutan. Default untuk aturan sederhana
jempol berdasarkan waktu pohon host.

-Ef Perbaiki rata-rata dan varians laju evolusi urutan. Tidak diperbaiki secara default.

-gi FILE
Nama file dengan topologi pohon tamu awal.

-Gg Perbaiki topologi pohon tamu awal, yaitu tidak melakukan pertukaran cabang. Tidak tetap oleh
standar.

-Gl Perbaiki panjang tepi pohon tamu awal (selain topologi), yaitu perbaiki tepinya
panjang. Tidak diperbaiki secara default.

-Bp FLOAT FLOAT
Tingkat duplikasi dan kerugian awal. Default ke dan .

-Bf Perbaiki duplikasi awal dan tingkat kerugian. Tidak diperbaiki secara default.

-Bt FLOAT
Ganti rentang waktu tepi di atas akar di pohon inang. Jika nilainya <=0, span
akan diatur sama dengan waktu root-to-leaf. Default ke nilai dalam file pohon host.
Lihat juga opsi -Dtt.

-Dt FLOAT
Perkiraan langkah waktu diskritisasi. Setel ke 0 untuk membagi setiap sisi menjadi sama banyak
bagian (lihat -Di). Default ke . Lihat -Dtt untuk tepi di atas root.

-Di UNSIGNED_INT
Jumlah minimum bagian untuk mengiris setiap sisi. Jika -Dt diatur ke 0, ini menjadi
jumlah bagian yang tepat. Minimum 2. Default ke . Lihat -Dtt untuk tepi di atas root.

-Dtt UNSIGNED_INT
Ganti jumlah poin diskritisasi untuk tepi di atas akar di pohon inang. Oleh
default, terlepas dari rentang waktu, ini diatur ke jumlah poin untuk a
(hipotetis) ujung akar ke daun

-r Ubah skala pohon inang sehingga waktu root-to-leaf sama dengan 1.0. Semua disimpulkan
parameter akan mengacu pada skala baru. Mati secara default. Perhatikan bahwa diskritisasi
parameter TIDAK diskalakan ulang.

-Z Jangan mencetak waktu dinding dan waktu CPU yang telah berlalu

-W Jangan mencetak baris perintah

-info debug
Tampilkan lain-lain info ke stderr sebelum iterasi. Tidak ditampilkan secara default.

EXIT STATUS

0 Eksekusi program sukses.

1 Beberapa kesalahan terjadi

URL

Halaman rumah prime-phylo: http://prime.sbc.su.se

Gunakan primeDLRS online menggunakan layanan onworks.net