psi3 - Daring di Awan

PROGRAM:

NAMA

psi3 - driver eksekusi master untuk program PSI

DESKRIPSI

Program psi3 membaca dek input Anda, menentukan jenis perhitungan apa yang Anda coba
untuk melakukan, dan menjalankan program yang sesuai. psi3 membaca file
/usr/local/psi3/share/psi.dat secara default. File ini berisi makro untuk beberapa standar
perhitungan. Namun, psi sangat fleksibel, dan apa pun yang ada di file psi.dat bisa
ditimpa oleh pengguna. Jadi, semua yang tertulis di bawah ini harus diambil dengan sebutir
garam. Eksperimen adalah cara terbaik untuk mempelajari psi3 perintah, dan tidak ada yang
ditulis di sini harus dianggap sebagai Injil. Tempat yang baik untuk mencari sintaks adalah di psi.dat
mengajukan. Semoga halaman manual ini dan file psi.dat memberi tahu Anda semua yang perlu Anda ketahui
untuk memulai.

GARIS KOMANDO PILIHAN

Argumen baris perintah berikut tersedia:

-i or -f
Bendera ini digunakan untuk menentukan nama file input, mis psi3 -i h2o.in dimana h2o.in
adalah nama file input. Secara default, psi3 dan modul PSI yang dipanggilnya akan terlihat
untuk masukan.dat .

-o Bendera ini digunakan untuk menentukan nama file keluaran, mis psi3 -o h2o.out dimana
h2o.in adalah nama file keluaran. Secara default, psi3 dan modul PSI yang disebutnya
akan mencari keluaran.dat .

-p Bendera ini digunakan untuk menentukan awalan file PSI, mis psi3 -p h2o.dzp dimana
h2o.dzp adalah awalan yang akan digunakan untuk semua file PSI. Secara default, psi3 dan PSI
modul yang dipanggilnya akan digunakan psi untuk awalan file. Oleh karena itu, file pos pemeriksaan
secara default disebut psi.32 .

--tidak ada masukan or -n
Ini menceritakan psi3 pengemudi untuk tidak lari memasukkan program. Bendera ini berguna untuk skrip
dan debugging.

--memeriksa or -c
Ini menceritakan psi3 driver untuk memeriksa input dan mencetak daftar program yang
akan dieksekusi. Setara dengan pengaturan PERIKSA=BENAR dalam berkas masukan.

--berantakan or -m
Ini menceritakan psi3 driver untuk tidak menjalankan program pembersihan psikelan . Biasanya, pembersihan
program dipanggil melalui $selesai makro didefinisikan dalam psi.dat . Bendera ini berguna
untuk skrip dan debugging.

INPUT FORMAT

psi3 pencarian program melalui jalur kata kunci default (pertama PSI lalu DEFAULT)
untuk kata kunci berikut:

JENIS PEKERJAAN = string
Ini memberitahu psi3 program driver perhitungan seperti apa yang ingin Anda jalankan.
Pilihan yang dapat diterima adalah: SP (untuk perhitungan energi titik tunggal), OPT (untuk sebuah
optimasi, baik menggunakan gradien atau energi), FREQ (untuk getaran harmonik
frekuensi), FC (untuk konstanta gaya dengan perbedaan hingga koordinat internal
), SYMM_FC (untuk konstanta gaya dengan perbedaan hingga koordinat internal,
mode simetris saja), Faedah (untuk serangkaian titik tunggal pada perpindahan yang berbeda
geometri), DBOC (untuk menghitung Koreksi Diagonal Born-Oppenheimer [DBOC] ke
energi elektronik). Standarnya adalah SP.

WFN = string
Ini adalah jenis fungsi gelombang yang pada akhirnya diinginkan. Sampai tulisan ini dibuat,
nilai yang dapat diterima untuk WFN adalah SCF, MP2, CCSD, CCSD_T, DETCI, CASSCF, dan RASSCF.
Memiliki WFN yang didefinisikan sebagai hal lain tidak selalu buruk, tetapi jangan berharap psi3
untuk dapat mengetahui apa yang harus dilakukan. Jika Anda memiliki WFN non-standar, maka itu akan
mungkin yang terbaik untuk menyediakan bagian EXEC (lihat di bawah). Tidak ada default.

REFERENSI = string
Ini menentukan fungsi gelombang referensi yang diinginkan. Ini bisa menjadi salah satu RHF (untuk sebuah
Hartree-Fock dengan cangkang tertutup spin-restricted), ROHF (untuk spin-terbatas kulit terbuka
Hartree-Fock), UHF (untuk Hartree-Fock spin-tidak terbatas cangkang terbuka), atau DUA KALI
(untuk singlet dua konfigurasi). Standarnya adalah RHF.

TIPE DER = string
Ini menentukan urutan turunan yang akhirnya akan dilakukan. Standarnya
is NONE.

OPT = boolean
Tetapkan ini sama dengan true jika Anda melakukan optimasi geometri. Standarnya
adalah palsu. Catatan: Ini adalah kata kunci lama yang sekarang sudah usang; sudah diganti
oleh JENIS PEKERJAAN kata kunci.

TIDAK = bilangan bulat
Ini memberikan jumlah maksimum iterasi jika OPT benar. Standarnya adalah 1.

Faedah = boolean
Tetapkan ini sama dengan true jika Anda melakukan perpindahan hingga. Standarnya
adalah palsu. Catatan: Ini adalah kata kunci lama yang sekarang sudah usang; sudah diganti
oleh JENIS PEKERJAAN kata kunci.

NDISP = bilangan bulat
Ini memberikan jumlah perpindahan maksimum jika DISP benar. Standarnya adalah 1.

NCASITER = bilangan bulat
Ini memberikan jumlah maksimum iterasi CASSCF jika WFN = CASSCF. Standarnya adalah
1.

TARIF = boolean
Jika ini benar, maka psi3 akan mengurai dek input Anda, dan mencetak urutannya
dari perintah yang akan dieksekusi. Nilai defaultnya salah.

LAKUKAN = string_vektor
Vektor EXEC berisi daftar perintah yang akan dieksekusi oleh psi3. Eksplisit
perintah dapat dimasukkan dalam tanda kutip ganda, atau variabel preset dapat dimasukkan menggunakan
konvensi $variabel (lihat contoh di bawah). Jadi jika Anda ingin lari int at
beberapa titik, Anda bisa memiliki

psi:(
eksekutif = (
...
"int"
...
)
)

or

psi:(
int = "int"
eksekutif = (
...
$ints
...
)
)

dalam masukan Anda.

LOOP PENGENDALIAN

Kontrol loop ditangani melalui perintah bawaan "repeat" dan "end". Sintaksnya adalah

ulangi n [perintah yang akan dieksekusi] akhir

dimana n adalah berapa kali pengulangan loop. Pemeriksaan file psi.dat akan
tunjukkan bahwa ini adalah bagaimana optimasi geometri dan perpindahan hingga dilakukan; di dalam
kasus-kasus ini n diatur sama dengan NOPT atau NDISP.

CONTOH

Katakanlah Anda ingin melakukan optimasi geometri scf. Milikmu psi3 masukan dapat berupa:

bawaan: (
jenis pekerjaan = memilih
wfn = scf
dertype = pertama
referensi = rhf
tidak = 5
...
)

Apa psi3 akan dilakukan dengan ini adalah mencari di psi.dat atau input Anda untuk variabel yang disebut
SCFCLOSEDFIRSTOPT (Anda lihat, psi menyatakan nilai (kira-kira) untuk WFN, REFERENCE,
DERTYPE, dan OPT/DISP, kira-kira dalam urutan itu (kasus tidak masalah)), dan kemudian
mengeksekusi perintah yang didefinisikan dalam vektor SCFCLOSEDFIRSTOPT. Mengerti?

Jadi sekarang, katakanlah Anda ingin menjalankan program "myscf" alih-alih scf . apa pun psi3 berpikir
kamu harus lari. Apa yang akan Anda lakukan adalah menempatkan garis

scf = "myscf"

dalam masukan Anda.

Oke, satu contoh terakhir, maka Anda sendiri. saya ingin berlari tepat setelah turunan di saya
gradien scf. Saya akan memiliki beberapa cara untuk melakukan ini.

1) Kekuatan kasar

bawaan: (
eksekutif = (
ulangi 5
"cint"
"cscf"
$deriv % ini didefinisikan dalam psi.dat sebagai "cints --deriv1"
"oeprop"
$geomupdate % ini didefinisikan dalam psi.dat
akhir
$selesai
)
)

2) Elegan

bawaan: (
SCFFirst = ($ints $scf $deriv $oeprop)
)

3) Tidak jelas

bawaan: (
deriv = ("cints --deriv1" "oeprop")
)

Dan ada yang lain. Satu-satunya batasan adalah imajinasi tersiksa Anda sendiri.

Seperti yang saya katakan, cara terbaik untuk mencari tahu apa psi3 yang bisa dilakukan adalah melihat di psi.dat, dan memainkannya
sekitar untuk sementara. Opsi CHECK sangat berguna untuk ini. Semoga beruntung!

25 Agustus, 2003 psi3(1)

Gunakan psi3 online menggunakan layanan onworks.net