batasi - Online di Cloud

PROGRAM:

NAMA

batasi - Laporkan situs pembelahan enzim restriksi dalam urutan nukleotida

RINGKASAN

membatasi -urutan seqall -file data file data -mfile file data -sitelen bilangan bulat
-enzim string -min bilangan bulat -maks bilangan bulat -solofragmen boolean -tunggal boolean
-tumpul boolean -lengket boolean -kemenduaan boolean -plasmid boolean
-metilasi boolean -komersial boolean -membatasi boolean -alfabetis boolean
-fragmen boolean -nama boolean -file keluar melaporkan

membatasi -bantu

DESKRIPSI

membatasi adalah program baris perintah dari EMBOSS (“European Molecular Biology Open
Paket Perangkat Lunak"). Ini adalah bagian dari grup perintah "Nukleik: Pembatasan".

PILIHAN

Memasukkan bagian
-urutan seqall

-file data file data

-mfile file data
Nilai default: Emethylsites.dat

Wajib bagian
-sitelen bilangan bulat
Ini menetapkan panjang minimum situs pengenalan enzim restriksi. Enzim apa saja
dengan situs yang lebih pendek dari ini akan diabaikan. Nilai default: 4

-enzim string
Nama 'semua' dibaca di semua nama enzim dari database REBASE. Anda dapat menentukan
enzim dengan memberi nama mereka dengan koma di antara itu, seperti:
'HincII,hinfI,ppiI,hindiii'. Kasus nama tidak penting. Anda dapat menentukan
file nama enzim untuk dibaca dengan memberikan nama file yang menyimpan enzim
nama dengan karakter '@' di depannya, misalnya, '@enz.list'. Garis kosong dan
baris yang dimulai dengan karakter hash atau '!' diabaikan dan semua baris lainnya adalah
digabungkan bersama dengan karakter koma ',' dan kemudian diperlakukan sebagai daftar
enzim untuk mencari. Contoh file nama enzim adalah: ! enzim saya HincII,
ppII ! enzim lain hindiii HinfI PpiI Nilai default: all

Advanced bagian
-min bilangan bulat
Ini menetapkan jumlah minimum pemotongan untuk setiap enzim restriksi yang akan
dipertimbangkan. Setiap enzim yang memotong lebih sedikit dari ini akan diabaikan. Nilai bawaan:
1

-maks bilangan bulat
Ini menetapkan jumlah pemotongan maksimum untuk setiap enzim restriksi yang akan
dipertimbangkan. Setiap enzim yang memotong lebih dari ini akan diabaikan. Nilai bawaan:
2000000000

-solofragmen boolean
Ini memberikan panjang fragmen dari untaian indra maju yang dihasilkan oleh complete
restriksi oleh masing-masing enzim restriksi. Hasil ditambahkan ke ekor
bagian laporan. Nilai default: N

-tunggal boolean
Jika ini diatur maka ini memaksa nilai dari mincuts dan maxcuts qualifier ke
keduanya menjadi 1. Nilai lain yang mungkin telah Anda tetapkan akan diabaikan. Nilai default: N

-tumpul boolean
Ini memungkinkan enzim-enzim yang memotong pada posisi yang sama di depan dan di belakang
untai untuk dipertimbangkan. Nilai default: Y

-lengket boolean
Hal ini memungkinkan enzim-enzim yang memotong pada posisi yang berbeda di depan dan di belakang
helai, meninggalkan overhang, untuk dipertimbangkan. Nilai default: Y

-kemenduaan boolean
Ini memungkinkan enzim-enzim yang memiliki satu atau lebih kode ambiguitas 'N' dalam polanya
untuk dipertimbangkan Nilai default: Y

-plasmid boolean
Jika ini diatur maka ini memungkinkan pencarian untuk situs pengenalan enzim restriksi dan
memotong posisi yang menjangkau akhir urutan untuk dipertimbangkan. Nilai default: N

-metilasi boolean
Jika ini diatur maka situs pengenalan RE tidak akan cocok dengan basa termetilasi. Bawaan
nilai: N

-komersial boolean
Jika ini diatur, maka hanya enzim dengan pemasok komersial yang akan dicari
untuk. Kualifikasi ini diabaikan jika Anda telah menetapkan daftar enzim secara eksplisit untuk
cari, daripada mencari melalui 'semua' enzim dalam database REBASE. Dia
diasumsikan bahwa, jika Anda meminta enzim eksplisit, maka Anda mungkin tahu
dari mana mendapatkannya dan semua nama enzim yang Anda minta untuk dicari,
dan yang dipotong, akan dilaporkan apakah mereka memiliki pemasok komersial atau tidak.
Nilai default: Y

Keluaran bagian
-membatasi boolean
Ini membatasi pelaporan enzim hanya pada satu enzim dari setiap kelompok enzim
isoschizomer. Enzim yang dipilih untuk mewakili kelompok isoschizomer adalah prototipe
ditunjukkan dalam file data 'embossre.equ', yang dibuat oleh program
'ekstrak ulang'. Jika Anda lebih suka menggunakan prototipe yang berbeda, buat salinan dari
embossre.equ di direktori home Anda dan edit. Jika nilai ini disetel ke salah maka
semua enzim masukan akan dilaporkan. Anda mungkin ingin menyetel ini ke false jika Anda
menyediakan satu set eksplisit enzim daripada mencari 'semua' dari mereka. Bawaan
nilai: Y

-alfabetis boolean
Nilai default: N

-fragmen boolean
Ini memberikan panjang fragmen dari untaian indra maju yang dihasilkan oleh complete
restriksi menggunakan semua enzim masukan bersama-sama. Hasil ditambahkan ke ekor
bagian laporan. Nilai default: N

-nama boolean
Nilai default: N

-file keluar melaporkan

Gunakan pembatasan online menggunakan layanan onworks.net