rods - Online di Cloud

PROGRAM:

NAMA

rods - Praprosesor Raster3D untuk model ball-and-stick

RINGKASAN

batang [-h] [-b] [-radius R] [-Bwarna Bmin Bmaks]

Batang membaca file yang menjelaskan warna atom dan/atau file koordinat PDB dan menghasilkan file
berisi catatan deskriptor Raster3D. File yang dihasilkan oleh batang dapat diberikan langsung ke
menghasilkan atau dapat digabungkan dengan file deskriptor yang dihasilkan oleh utilitas Raster3D lainnya.

CONTOH

Untuk menggambarkan model ikatan sederhana yang diwarnai oleh jenis residu:

cat mycolours.pdb protein.pdb | batang | render > gambarku.png

Untuk membuat molekul yang sama seperti bola-dan-tongkat:

cat mycolours.pdb protein.pdb | batang -b | render > gambarku.png

PILIHAN

-h

Menekan catatan header dalam output. Secara default batang akan menghasilkan file output yang
dimulai dengan catatan header yang berisi serangkaian opsi penskalaan dan pemrosesan default.
-h flag akan menekan catatan header ini sehingga file output hanya berisi
deskriptor objek. Opsi ini berguna untuk menghasilkan file yang hanya menjelaskan sebagian dari
sebuah adegan, dan yang nantinya akan digabungkan dengan file deskriptor yang diproduksi oleh pihak lain
program.

-b

Secara default batang akan menjelaskan obligasi saja; bendera -b akan menyebabkannya menyertakan bola di
posisi atom juga, menghasilkan representasi bola-dan-tongkat.

-radius R

Secara default batang akan menarik ikatan sebagai silinder dengan radius 0.2A. Opsi radius memungkinkan
Anda untuk mengubah radius silinder ini.

-Bwarna Bmin Bmaks

Tetapkan warna berdasarkan nilai B daripada berdasarkan jenis atom atau residu. Atom dengan B <=
Bmin akan berwarna biru tua; atom dengan B >= Bmax akan berwarna merah muda; atom dengan
Bmin < B < Bmax akan diberikan warna yang diarsir dengan mulus melalui spektrum dari biru ke
merah.

DESKRIPSI

Masukan ke batang terdiri dari satu file teks yang berisi informasi warna dan atom
koordinat dalam format bank data PDB. Koordinat adalah output sebagai deskriptor Raster3D
catatan dengan warna dan jari-jari bola ditetapkan sesuai dengan catatan COLO yang dijelaskan
di bawah. Angka-angka bola-dan-tongkat memiliki atom yang ditarik pada 0.2 * radius VanderWaals, dihubungkan oleh
batang dengan radius silinder 0.2A default. Ikatan ditarik untuk atom yang terletak lebih dekat
satu sama lain dari 0.6 * (jumlah jari-jari VanderWaals). Secara default file output berisi
satu set catatan header seperti yang dipersyaratkan oleh menghasilkan program. Header dibuat untuk
sertakan matriks TMAT yang sesuai dengan matriks transformasi yang terdapat dalam file
setup.matrix (jika ada), atau ke sudut Euler yang terkandung dalam file pengaturan.sudut (jika
itu ada).

Warna ditetapkan ke atom menggunakan proses pencocokan, menggunakan catatan COLOR yang diawali dengan
masukan file PDB. Jika tidak ada catatan WARNA dalam file input, atom akan
menerima warna CPK default (C=abu-abu, O=merah, N=biru, S=kuning, P=hijau, lainnya=magenta).
Raster3D menggunakan jenis catatan pseudo-PDB dengan tata letak dasar yang sama seperti di atas tetapi dengan
COLO di 4 kolom pertama:

Kolom

1 - 4 KOL

7 - 30 Masker (dijelaskan di bawah)

31 - 38 Komponen merah

39 - 46 Komponen hijau

47 - 54 Komponen biru

55 - 60 radius van der Waals di Angstroms

61 - 80 Komentar

Perhatikan bahwa komponen Merah, Hijau, dan Biru berada pada posisi yang sama dengan X, Y, dan Z
komponen catatan ATOM atau HETA, dan jari-jari van der Waals menggantikan
Hunian. Komponen Merah, Hijau, dan Biru semuanya harus dalam rentang 0 hingga 1.

Bidang Mask digunakan dalam proses pencocokan sebagai berikut. Pertama program membaca dan
menyimpan semua catatan ATOM, HETA, dan COLO dalam urutan input. Kemudian melewati masing-masing
menyimpan catatan ATOM/HETA secara bergantian, dan mencari catatan COLO yang cocok dengan ATOM/HETA
catatan di semua kolom 7 hingga 30. Catatan COLO pertama yang ditemukan menentukan
warna dan jari-jari atom.

Agar satu catatan COLO dapat memberikan spesifikasi warna dan radius lebih dari
satu atom (misalnya, berdasarkan residu atau jenis atom, atau kriteria lain yang labelnya dapat
diberikan di suatu tempat di kolom 7 sampai 30), simbol "#" digunakan sebagai wildcard. yaitu
# dalam catatan COLO cocok dengan karakter apa pun di kolom yang sesuai dalam ATOM atau HETA
catatan. Semua karakter lain harus cocok secara harfiah untuk dihitung sebagai kecocokan. Perhatikan bahwa
catatan COLO terakhir dalam input harus memiliki # simbol di semua kolom 7 hingga 30 in
untuk memberikan warna untuk atom apa pun yang catatan ATOM/HETA-nya gagal mencocokkan sebelumnya
catatan COLO. Ide pencocokan topeng untuk spesifikasi warna ini karena Colin
Broughton.

LINGKUNGAN

File setup.matrix dan setup.angles, jika ada, mempengaruhi catatan header yang dihasilkan
by batang.

SOURCE

jaringan URL:
http://www.bmsc.washington.edu/raster3d/raster3d.html

hubungi:
Ethan A Merritt
Universitas Washington, Seattle WA 98195
[email dilindungi]

Gunakan batang online menggunakan layanan onworks.net