Ini adalah perintah search_overviewp yang dapat dijalankan di penyedia hosting gratis OnWorks menggunakan salah satu dari beberapa workstation online gratis kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows atau emulator online MAC OS
PROGRAM:
NAMA
search_overview -- Membuat laporan pengurai SearchIO menjadi grafik ikhtisar sederhana
RINGKASAN
search_overview -i nama file [-f format] [-o outputfilename] [--labels]
DESKRIPSI
Skrip ini akan mengambil laporan yang dapat diuraikan Bio::SearchIO dan mengubahnya menjadi sederhana
gambaran umum laporan. Untuk tujuan kami, kami mengasumsikan BLAST dan BLAST
skor saat menetapkan warna. Outputnya adalah file berformat PNG.
Ini tidak dimaksudkan untuk menjadi skrip yang terlalu disesuaikan, melainkan mungkin seharusnya
baik tampilan cepat dan kotor pada laporan atau titik awal untuk yang lebih rumit
implementasi.
Warna ditentukan oleh skor hit yang saat ini dipatok ke skema NCBI
yang terlihat seperti ini
MERAH E = 200
UNGU 80-200
HIJAU 50-80
BIRU 40-50
HITAM 40
Pilihan:
-i/--input Nama file input, jika tidak, input diasumsikan dari STDIN -o/--output
Nama file keluaran, ini opsional, jika Anda tidak melakukannya
berikan nama file keluaran, skrip akan membuat file
menggunakan nama urutan kueri dan akan memproses
semua urutan dalam file. Jika nama file keluaran
IS asalkan skrip hanya akan menampilkan gambar untuk
pertama.
-f/--format Pengurai format SearchIO untuk digunakan, jika tidak disediakan
SearchIO akan menebak berdasarkan ekstensi file.
-l/--labels Menampilkan nama urutan hit sebagai label di ikhtisar.
Untuk banyak urutan ini akan membuat gambar menjadi sangat panjang
jadi secara default dimatikan.
PENULIS Jason Stajichu
Jason Stajich, jason[-at-]open-bio[-dot-]org.
Gunakan search_overviewp online menggunakan layanan onworks.net
