InggrisPerancisSpanyol

favorit OnWorks

search_overviewp - Online di Awan

Jalankan search_overviewp di penyedia hosting gratis OnWorks melalui Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows atau emulator online MAC OS

Ini adalah perintah search_overviewp yang dapat dijalankan di penyedia hosting gratis OnWorks menggunakan salah satu dari beberapa workstation online gratis kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows atau emulator online MAC OS

PROGRAM:

NAMA


search_overview -- Membuat laporan pengurai SearchIO menjadi grafik ikhtisar sederhana

RINGKASAN


search_overview -i nama file [-f format] [-o outputfilename] [--labels]

DESKRIPSI


Skrip ini akan mengambil laporan yang dapat diuraikan Bio::SearchIO dan mengubahnya menjadi sederhana
gambaran umum laporan. Untuk tujuan kami, kami mengasumsikan BLAST dan BLAST
skor saat menetapkan warna. Outputnya adalah file berformat PNG.

Ini tidak dimaksudkan untuk menjadi skrip yang terlalu disesuaikan, melainkan mungkin seharusnya
baik tampilan cepat dan kotor pada laporan atau titik awal untuk yang lebih rumit
implementasi.

Warna ditentukan oleh skor hit yang saat ini dipatok ke skema NCBI
yang terlihat seperti ini

MERAH E = 200
UNGU 80-200
HIJAU 50-80
BIRU 40-50
HITAM 40

Pilihan:
-i/--input Nama file input, jika tidak, input diasumsikan dari STDIN -o/--output
Nama file keluaran, ini opsional, jika Anda tidak melakukannya
berikan nama file keluaran, skrip akan membuat file
menggunakan nama urutan kueri dan akan memproses
semua urutan dalam file. Jika nama file keluaran
IS asalkan skrip hanya akan menampilkan gambar untuk
pertama.
-f/--format Pengurai format SearchIO untuk digunakan, jika tidak disediakan
SearchIO akan menebak berdasarkan ekstensi file.
-l/--labels Menampilkan nama urutan hit sebagai label di ikhtisar.
Untuk banyak urutan ini akan membuat gambar menjadi sangat panjang
jadi secara default dimatikan.

PENULIS Jason Stajichu


Jason Stajich, jason[-at-]open-bio[-dot-]org.

Gunakan search_overviewp online menggunakan layanan onworks.net


Server & Workstation Gratis

Unduh aplikasi Windows & Linux

Perintah Linux

Ad