Ini adalah perintah SIBsim4 yang dapat dijalankan di penyedia hosting gratis OnWorks menggunakan salah satu dari beberapa workstation online gratis kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows atau emulator online MAC OS
PROGRAM:
NAMA
SIBsim4 - menyelaraskan urutan RNA dengan urutan DNA, memungkinkan untuk intron
RINGKASAN
SIBsim4 [ Pilihan ] dna rna_db
DESKRIPSI
SIBsim4 adalah alat berbasis kesamaan untuk menyelaraskan kumpulan urutan yang diekspresikan (EST,
mRNA) dengan urutan DNA genom.
Peluncuran SIBsim4 tanpa argumen apa pun akan mencetak daftar opsi, bersama dengan mereka
nilai dasar.
SIBsim4 menggunakan teknik berbasis ledakan untuk pertama-tama menentukan blok pencocokan dasar
mewakili "inti ekson". Pada tahap pertama ini, ia mendeteksi semua kemungkinan kecocokan yang tepat
dari W-mers (yaitu, kata-kata DNA ukuran W) antara dua sekuens dan memperluasnya ke
segmen bebas celah skor maksimal. Pada tahap kedua, inti ekson diperluas menjadi
fragmen berdekatan yang belum tertandingi menggunakan algoritma penyelarasan serakah, dan heuristik
digunakan untuk mendukung konfigurasi yang sesuai dengan sinyal pengenalan lokasi sambungan
(misalnya, GT-AG). Jika perlu, proses diulangi dengan parameter yang kurang ketat pada
fragmen yang tak tertandingi.
Secara default, SIBsim4 mencari untaian dan melaporkan kecocokan terbaik, diukur dengan
jumlah nukleotida yang cocok ditemukan dalam keselarasan. NS R opsi baris perintah dapat
digunakan untuk membatasi pencarian pada satu orientasi (untai) saja.
Saat ini, empat opsi tampilan penyelarasan utama didukung, dikendalikan oleh A .
Secara default, hanya titik akhir, kesamaan keseluruhan, dan orientasi intron yang
dilaporkan. Tanda panah ('->' atau '<-') menunjukkan orientasi intron. Tanda
`==' menandai tidak adanya penyelarasan fragmen cDNA yang dimulai dari posisi tersebut.
Dalam uraian di bawah ini, istilah MSP menunjukkan pasangan skor maksimal, yaitu sepasang
fragmen yang sangat mirip dalam dua urutan, diperoleh selama prosedur seperti ledakan oleh
memperpanjang pukulan W-mer oleh pertandingan dan mungkin beberapa ketidakcocokan.
PILIHAN
-A
format output
0: hanya titik akhir ekson
1: teks perataan
3: titik akhir ekson dan teks perataan
4: titik akhir ekson dan teks perataan dengan info polyA
Perhatikan bahwa 2 tidak diimplementasikan.
Nilai defaultnya adalah 0.
-C
Ambang batas skor MSP untuk umpan kedua.
Nilai defaultnya adalah 12.
-C
nilai batas skor minimum. Alignment yang memiliki skor di bawah nilai ini tidak
dilaporkan.
Nilai defaultnya adalah 50.
-E
nilai batas.
Nilai defaultnya adalah 3.
-F
filter skor dalam persen. Ketika beberapa hit terdeteksi untuk elemen RNA yang sama,
hanya mereka yang memiliki skor dalam persentase skor maksimal untuk RNA itu
elemen dilaporkan. Menyetel nilai ini ke 0 menonaktifkan pemfilteran dan semua klik akan
dilaporkan, asalkan skor mereka di atas nilai batas yang ditentukan melalui c
.
Nilai defaultnya adalah 75.
-G
bergabung dengan ekson ketika celah pada genom dan RNA memiliki panjang yang paling berbeda dengan ini
persentase.
Nilai defaultnya adalah 10.
-H
laporkan transkrip chimeric ketika skor terbaik lebih rendah dari persentase ini
cakupan RNA keseluruhan dan skor chimera lebih besar dari persentase ini
panjang RNA (0 menonaktifkan laporan ini)
Nilai defaultnya adalah 75.
-SAYA
lebar jendela untuk mencari splicing intron.
Nilai defaultnya adalah 6.
-K
Ambang batas skor MSP untuk umpan pertama.
Nilai defaultnya adalah 16.
-L
daftar jenis sambungan maju yang dipisahkan koma.
Nilai default adalah "GTAG,GCAG,GTAC,ATAC".
-M
mencetak situs splice, mengevaluasi kecocokan dalam M nukleotida.
Nilai defaultnya adalah 10.
-Hai
saat mencetak hasil, offset posisi nt dalam urutan dna dengan jumlah ini.
Nilai defaultnya adalah 0.
-Q
hukuman untuk ketidakcocokan nukleotida.
Nilai defaultnya adalah -5.
-R
arah pencarian
0: cari untai '+' (langsung) saja
1: cari untai '-' saja
2: cari kedua untaian
Nilai defaultnya adalah 2.
-R
hadiah untuk kecocokan nukleotida.
Nilai defaultnya adalah 1.
-S
situs splice indel luas pencarian. Saat menentukan posisi sambungan terbaik
situs, SIBsim4 akan mengevaluasi penambahan paling banyak jumlah penyisipan dan penghapusan ini
pada untai DNA di setiap sisi sambungan sambungan.
Nilai defaultnya adalah 2.
-S
membagi skor dalam persen. Saat menghubungkan MSP, jika dua kelompok ekson berurutan
tampak seperti mereka bisa menjadi bagian dari dua salinan berbeda dari gen yang sama, mereka akan
diuji untuk melihat apakah skor masing-masing kelompok individu relatif terhadap yang terbaik secara keseluruhan
skor lebih besar dari nilai ini. Jika kedua kelompok memiliki skor relatif di atas ini
ambang batas mereka akan dibagi.
Nilai defaultnya adalah 75.
-W
ukuran kata.
Nilai defaultnya adalah 12.
-X
nilai untuk mengakhiri ekstensi kata.
Nilai defaultnya adalah 12.
Gunakan SIBsim4 online menggunakan layanan onworks.net