sigma - Online di Cloud

PROGRAM:

NAMA

sigma - Penyelarasan ganda serakah sederhana dari urutan DNA non-coding

RINGKASAN

sigma [pilihan] [masukanfile.fasta] [masukanfile2.fasta ...]

Setiap file fasta dapat berisi satu urutan atau beberapa urutan; semua urutan akan menjadi
disejajarkan bersama.

DESKRIPSI

Sigma ("Perataan berganda serakah sederhana") adalah program penyelarasan dengan algoritme baru
dan skema penilaian yang dirancang khusus untuk urutan DNA non-coding. Ini menggunakan strategi
mencari keberpihakan lokal tanpa celah terbaik, pada setiap langkah membuat yang terbaik
kemungkinan penyelarasan yang konsisten dengan keberpihakan yang ada, dan menilai pentingnya
penyelarasan berdasarkan panjang fragmen yang disejajarkan dan model latar belakang yang mungkin
dipasok atau diperkirakan dari file tambahan DNA intergenik. Dengan data nyata, sementara
"kebenaran" tidak dapat diukur secara langsung untuk penyelarasan, menjalankan motif PhyloGibbs
finder pada urutan pra-selaras menunjukkan bahwa keberpihakan Sigma lebih unggul.

PILIHAN

-A --selaras_keluaran
Rata, hasil cetak cantik (bandingkan dengan -F opsi) (default: hanya ini). Lihat juga
-C.

-b --bgprobfile nama file
File tambahan (dalam format fasta) untuk membaca urutan latar belakang (diganti oleh
-B). Biasanya ini adalah file yang berisi sejumlah besar non-coding serupa
urutan, dari mana probabilitas latar belakang nukleotida tunggal dan di-nukleotida mungkin
diperkirakan.

-B --bgseqfile nama file
File yang berisi probabilitas latar belakang. Formatnya dijelaskan lebih lanjut di bawah ini.

-C --caps_only
Gunakan hanya huruf besar dalam urutan keluaran, untuk kompatibilitas dengan keluaran beberapa
program lain seperti ClustalW dan MLagan. Secara default, output adalah kasus campuran (seperti pada
Dialign), dan basis huruf kecil diperlakukan sebagai tidak selaras.

-F --fasta_output
Output multi-fasta (dapat menggunakan keduanya) -A dan -F dalam urutan apa pun). Lihat juga -C.

-n --tidak cocok jumlah
Korelasi latar belakang (default 2= dinukleotida; 1=jumlah basis situs tunggal, 0=0.25 per
mendasarkan).

-x, --makna jumlah
Tetapkan batas seberapa besar kemungkinan kecocokan itu secara kebetulan (default 0.002, lebih kecil = lebih banyak
ketat).

-h, --membantu
Menampilkan daftar opsi ini.

LEBIH MEMBANTU

Parameter "signifikansi" (-x) menentukan apakah keberpihakan lokal diterima atau
ditolak. Standarnya saat ini adalah 0.002. Eksperimen pada data sintetis (dijelaskan dalam
kertas) menunjukkan bahwa 0.002 adalah tentang ambang batas di mana sigma gagal untuk menyelaraskan
data yang tidak terkait secara filogenetik yang memiliki korelasi dinukleotida sedang (seperti ragi).

Menggunakan "model latar belakang" yang sesuai dengan urutan yang disejajarkan sangat mengurangi
keberpihakan palsu pada data sintetis (dan, satu harapan, pada data nyata juga). Cara paling sederhana
untuk memastikan ini adalah untuk memasok, melalui -b parameter, file format FASTA yang berisi
jumlah data urutan yang serupa (misalnya, jika seseorang menyelaraskan urutan ragi, berikan file
mengandung semua urutan ragi intergenik).

Alih-alih ini, jika frekuensi situs tunggal dan dinukleotida sudah diketahui, mereka
dapat diberikan dalam file melalui -B pilihan. Format file harus: satu entri per
garis, dengan mononukleotida atau dinukleotida (peka huruf besar/kecil) diikuti oleh
frekuensi. (Misalnya, "A 0.3", "AT 0.16", dll pada baris yang berurutan.) File sampel ada di
Subdirektori "Background" dari distribusi sumber (pada sistem Debian, file ini dapat berupa
ditemukan di /usr/share/doc/sigma-align/Background direktori). Sebuah file seperti
"yeast.nc.3.freq" di subdirektori "tests" dari distribusi sumber MEME berfungsi dengan baik
(jumlah trinukleotida diabaikan).

REFERENSI

Silakan kutip Sigma: Rahul Siddharthan (2006) Penyelarasan berganda dari konservasi yang lemah
urutan DNA non-coding BMC Bioinformatics 2006, 7:143 doi:10.1186/1471-2105-7-143
Diterbitkan 16 Maret 2006, tersedia online di http://www.biomedcentral.com/1471-2105/7/143/

PENULIS

Rahul Siddharta <[email dilindungi]>
Tulis sigma. Jika Anda menggunakan Sigma untuk penelitian yang sebenarnya, beri tahu penulisnya
bahwa dia dapat memberi tahu Anda tentang perbaikan bug atau rilis baru.

Charles malang <[email dilindungi]>
Menulis halaman manual di DocBook XML untuk distribusi Debian.

HAK CIPTA

Hak Cipta © 2006-2007 Rahul Siddharthan
Hak Cipta © 2006-2007 Charles Plessy

Sigma adalah perangkat lunak gratis. Anda dapat mendistribusikan ulang dan/atau memodifikasinya di bawah ketentuan
Lisensi Publik Umum GNU sebagaimana diterbitkan oleh Free Software Foundation.

Pada sistem Debian, teks lengkap dari GNU General Public License dapat ditemukan di
/usr/share/common-licenses/GPL.

Gunakan sigma online menggunakan layanan onworks.net