Ini adalah perintah sindex yang dapat dijalankan di penyedia hosting gratis OnWorks menggunakan salah satu dari beberapa workstation online gratis kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows atau emulator online MAC OS
PROGRAM:
NAMA
sindex - mengindeks database urutan untuk sfetch
RINGKASAN
indeks [pilihan] seqfile1 [fileseq2...]
DESKRIPSI
indeks indeks satu atau lebih file seq untuk pengambilan urutan masa depan oleh ambil. Sebuah SSI
("squid sequence index") file dibuat di direktori yang sama dengan file sequence. Oleh
default, file ini disebut .ssi.
Jika ada lebih dari satu file urutan pada baris perintah, nama file SSI akan menjadi
dibangun dari nama file urutan terakhir. Ini mungkin bukan yang Anda inginkan; lihat -o
opsi untuk menentukan nama Anda sendiri untuk file SSI.
indeks mampu mengindeks file besar (>2 GB) jika dukungan LFS opsional telah diaktifkan
pada waktu kompilasi. Lihat instruksi INSTALL yang disertakan dengan @PACKAGE@.
PILIHAN
-h Cetak bantuan singkat; termasuk nomor versi dan ringkasan semua opsi, termasuk
pilihan ahli.
-o <ssi file keluar>
Arahkan indeks SSI ke file bernama . Secara default, file SSI akan pergi
untuk .ssi.
EXPERT PILIHAN
---64 Paksa file SSI ke mode 64-bit (seqfile besar), meskipun seqfile kecil.
Anda tidak ingin melakukan ini kecuali Anda sedang men-debug.
--luar
kekuatan indeks untuk melakukan penyortiran rekamannya dengan penyortiran eksternal (on-disk). Hanya ini
berguna untuk debugging juga.
--informasi
Tentukan bahwa file urutan pasti dalam format ; blok urutan file
memformat deteksi otomatis. Ini berguna dalam saluran pipa otomatis, karena meningkatkan
ketahanan (deteksi otomatis kadang-kadang bisa salah pada bentuk yang salah)
mengajukan). Contoh umum termasuk genbank, embl, gcg, pir, stockholm, clustal, msf, atau
filipus; lihat dokumentasi tercetak untuk daftar lengkap nama format yang diterima.
--pfamseq
Peretasan untuk Pfam; mengindeks file FASTA yang diketahui memiliki baris pengenal di
format ">[nama] [aksesi] [deskripsi opsional]". Biasanya hanya urutannya
nama akan diindeks sebagai kunci utama dalam file SSI FASTA, tetapi ini memungkinkan
mengindeks baik nama (sebagai kunci utama) dan aksesi (sebagai kunci sekunder).
Gunakan sindex online menggunakan layanan onworks.net
