sortmerna - Online di Cloud

PROGRAM:

NAMA

sortmerna - alat untuk memfilter, memetakan, dan membaca NGS pengambilan OTU

RINGKASAN

sorterna --ref db.fasta,db.idx --membaca file.fa --sejajar base_name_output [OPSI]

DESKRIPSI

SortMeRNA adalah alat analisis urutan biologis untuk memfilter, memetakan, dan memilih OTU
NGS membaca. Algoritma inti didasarkan pada perkiraan benih dan memungkinkan untuk cepat dan
analisis sensitif dari urutan nukleotida. Aplikasi utama SortMeRNA adalah penyaringan
rRNA dari data metatranskriptomik. Aplikasi tambahan termasuk pengambilan OTU dan
penetapan taksonomi tersedia melalui QIIME v1.9+ (http://qiime.org - v1.9.0-rc1).

SortMeRNA mengambil sebagai input file bacaan (format fasta atau fastq) dan satu atau beberapa rRNA
file database, dan memilah rRNA dan membaca yang ditolak menjadi dua file yang ditentukan oleh
pengguna. Secara opsional, ini dapat memberikan keberpihakan lokal berkualitas tinggi dari pembacaan rRNA terhadap
basis data rRNA. SortMeRNA bekerja dengan Illumina, 454, Ion Torrent dan data PacBio, dan dapat
menghasilkan keberpihakan seperti SAM dan BLAST.

PILIHAN

WAJIB PILIHAN
--ref STRING, STRING
File referensi FASTA, file indeks
Contoh:
--ref /path/ke/file1.fasta,/path/ke/index1
Jika melewati beberapa file urutan referensi, pisahkan dengan ':'
Contoh:
--ref /path/f1.fasta,/path/index1:/path/f2.fasta,path/index2

--membaca STRING
FASTA/FASTQ membaca file

--sejajar STRING
selaras membaca filepath + nama file dasar (ekstensi yang sesuai akan ditambahkan)

UMUM PILIHAN
--lainnya STRING
ditolak membaca filepath + nama file dasar (ekstensi yang sesuai akan ditambahkan)

--cepatx BOOL
keluaran FASTA/FASTQ fil (default: off, untuk pembacaan yang disejajarkan dan/atau ditolak)

--sama BOOL
output SAM alignmen (default: off, hanya untuk pembacaan yang disejajarkan)

--SQ BOOL
tambahkan tag SQ ke file SAM (default: mati)

--ledakan INT
penyelarasan output dalam berbagai format seperti ledakan
0 - berpasangan
1 - tabular (Ledakan -m Format 8)
2 - tabel + kolom untuk CIGAR
3 - tabular + kolom untuk CIGAR dan cakupan kueri

--catatan BOOL
keluaran statistik keseluruhan (default: mati)

--num_alignment INT
laporkan penyelarasan INT pertama per pembacaan mencapai nilai-E (default: -1,
--num_alignment 0 menandakan semua keberpihakan akan menjadi output)

or (Default)

--terbaik INT
laporkan keberpihakan terbaik INT per pembacaan mencapai nilai-E (default: 1) dengan mencari
--min_lis INT keberpihakan kandidat (--terbaik 0 menandakan semua kandidat keberpihakan
akan dicari)

--min_lis INT
cari semua keberpihakan yang memiliki INT terpanjang LIS pertama (default: 2) LIS singkatan dari
Urutan Peningkatan Terpanjang, dihitung menggunakan posisi benih untuk mengembang
memukul ke pertandingan yang lebih lama sebelum penyelarasan Smith-Waterman.

--print_all_reads
keluaran string penyelarasan nol untuk pembacaan yang tidak selaras (default: nonaktif) ke SAM dan/atau
File tabel BLAST

--berpasangan_masuk BOOL
kedua bacaan berpasangan masuk --sejajar file fasta/q (default: off, interleaved reads
saja, lihat Bagian 4.2.4 Panduan Pengguna)

--berpasangan_keluar BOOL
kedua bacaan berpasangan masuk --lainnya file fasta/q (default: off, interleaved reads
saja, lihat Bagian 4.2.4 Panduan Pengguna)

--cocok INT
Skor SW (bilangan bulat positif) untuk pertandingan (default: 2)

--tidak cocok INT
Penalti SW (bilangan bulat negatif) untuk ketidakcocokan (default: -3)

--gap_buka INT
Hukuman SW (bilangan bulat positif) untuk memasukkan celah (default: 5)

--gap_ext INT
Hukuman SW (bilangan bulat positif) untuk memperpanjang jarak (default: 2)

-N INT Hukuman SW untuk huruf yang tidak jelas (N) (default: diberi nilai sebagai --tidak cocok)

-F BOOL
cari hanya untaian maju (default: mati)

-R BOOL
cari hanya untai komplementer terbalik (default: mati)

-a INT jumlah utas yang akan digunakan (default: 1)

-e DUA KALI LIPAT
Ambang batas nilai-e (default: 1)

-m INT INT Mbytes untuk memuat bacaan ke dalam memori (default: 1024, maksimum -m INT adalah
5872)

-v BOOL
verbose (default: mati)

ATAU KAMU PEMETIKAN PILIHAN
--Indo DUA KALI LIPAT
%id ambang kesamaan (penyelarasan masih harus melewati ambang nilai-E,
standar: 0.97)

--cakupan DUA KALI LIPAT
% ambang cakupan kueri (penyelarasan masih harus melewati ambang nilai-E,
standar: 0.97)

--de_novo_otu BOOL
File FASTA/FASTQ untuk membaca database yang cocok < %id
(atur menggunakan --Indo) dan < %cov (setel menggunakan --cakupan)
(penyelarasan masih harus melewati ambang nilai-E, default: mati)

--otu_map BOOL
keluaran peta OTU (masukan ke make_otu_table.py QIIME, default: mati)

ADVANCED PILIHAN
lihat panduan pengguna SortMeRNA untuk lebih jelasnya

--pass INT
tiga interval untuk menempatkan benih pada pembacaan (L adalah panjang benih yang diatur dalam
indeksdb_rna(1), default: L, L/2,3)

--tepi INT
jumlah (atau persen jika INT diikuti dengan tanda %) nukleotida untuk ditambahkan ke setiap tepi
pembacaan sebelum penyelarasan lokal SW (default: 4)

--jumlah_biji INT
jumlah benih yang cocok sebelum mencari kandidat LIS (default: 2)

--pencarian_lengkap BOOL
cari semua kecocokan benih 0-kesalahan dan 1-kesalahan dalam indeks daripada berhenti
setelah menemukan kecocokan 0-kesalahan (<1% peningkatan sensitivitas dengan penurunan empat kali lipat
dalam kecepatan, default: mati)

--pid BOOL
tambahkan pid ke nama file keluaran (default: off)

-h BOOL
membantu

--Versi: kapan BOOL
Nomor versi SortMeRNA

Gunakan sortmerna online menggunakan layanan onworks.net