Ini adalah tantan perintah yang dapat dijalankan di penyedia hosting gratis OnWorks menggunakan salah satu dari beberapa workstation online gratis kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows atau emulator online MAC OS
PROGRAM:
NAMA
tantan - kompleksitas rendah dan masker pengulangan tandem untuk biosequences
RINGKASAN
jadi begitu [Pilihan] file urutan cepat
DESKRIPSI
Temukan pengulangan sederhana dalam urutan
Opsi (bawaan pengaturan):
-p menafsirkan urutan sebagai protein
-x huruf yang digunakan untuk menutupi, bukan huruf kecil
-c pertahankan huruf besar/kecil di daerah yang tidak bertopeng
-m file untuk skor pasangan huruf (+1/-1, tapi -p memilih BLOSUM62)
-r probabilitas pengulangan mulai per posisi (0.005)
-e probabilitas pengulangan berakhir per posisi (0.05)
-w periode pengulangan tandem maksimum untuk dipertimbangkan (100, tapi -p memilih 50)
-d peluruhan probabilitas per periode (0.9)
-a biaya keberadaan kesenjangan (0)
-b biaya perpanjangan celah (tak terbatas: tidak ada celah)
-s probabilitas pengulangan minimum untuk masking (0.5)
-f tipe keluaran: 0=urutan tersamar, 1=probabilitas berulang,
2=penghitungan ulang, 3=BED (0)
-h, --membantu
tampilkan pesan bantuan, lalu keluar
--Versi: kapan
tampilkan informasi versi, lalu keluar
PELAPORAN BUG
Laporkan bug ke: [email dilindungi]
Halaman rumah: http://www.cbrc.jp/tantan/
Gunakan tantan online menggunakan layanan onworks.net
