Ini adalah perintah vcf-subset yang dapat dijalankan di penyedia hosting gratis OnWorks menggunakan salah satu dari beberapa workstation online gratis kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows atau emulator online MAC OS
PROGRAM:
NAMA
vcf-subset - buat subset dari file VCF
RINGKASAN
subset vcf [PILIHAN] di.vcf.gz > keluar.vcf
PILIHAN
-c, --kolom
File atau daftar kolom yang dipisahkan koma untuk disimpan dalam file vcf. Jika file, satu
kolom per baris
-e, --kecuali-ref
Kecualikan baris yang tidak mengandung varian.
-p, --pribadi
Cetak hanya baris di mana hanya kolom subset yang membawa alel alternatif.
-r, --ganti-dengan-ref
Ganti jenis yang dikecualikan dengan alel referensi alih-alih titik.
-t, --Tipe
Daftar jenis varian yang dipisahkan koma untuk disertakan: SNPs,indels.
-u, --keep-uncall
Jangan mengecualikan baris tanpa panggilan.
-h, -?, --membantu
Pesan bantuan ini.
CONTOH
kucing di.vcf | vcf-subset -r -t indel -e -c SAMPEL1 > keluar.vcf
Gunakan subset vcf online menggunakan layanan onworks.net