xbs - Online di Cloud

PROGRAM:

NAMA

xbs - pemodelan molekul bola dan tongkat

RINGKASAN

xbs [-id] [-h] [-geo gg] [-sc x] [-warna]
[-T judul] [-bw] [-st] [-rv] [-warna otomatis]
[-hh]

DESKRIPSI

xbs menggunakan grafik X-window untuk menghasilkan plot ball-and-stick. Ia membaca koordinat dan
data lain dari file input id.bs (mis. ch4.bs) dan mungkin "bingkai" yang berbeda dengan
menggeser koordinat dari file pemindahan tambahan id.mv (misalnya ch4.mv). File default
adalah in.bs dan in.mv Dalam distribusi Debian, lihat contoh file input dan skrip di
/usr/share/doc/xbs/contoh.

PILIHAN

-geo gg
atur geometri jendela

-sc x
atur faktor skala

-t judul
atur judul jendela

-warna
gunakan warna

-bw b/w dengan abu-abu halus

-NS b/w dengan abu-abu berbintik

-rv warna terbalik

-warna otomatis
pilih warna sendiri

-hh bantuan panjang

-geo gg
atur geometri jendela

INPUT FORMAT

Dalam kasus sederhana, file ch4.bs bisa terlihat seperti ini:

atom C 0.000 0.000 0.000
atom H 1.155 1.155 1.155
atom H -1.155 -1.155 1.155
atom H 1.155 -1.155 -1.155
atom H -1.155 1.155 -1.155

spesifikasi C 1.000 0.7
spesifikasi H 0.700 1.00

obligasi CC 0.000 4.000 0.109 1.00
obligasi CH 0.000 3.400 0.109 1.00
obligasi HH 0.000 2.800 0.109 1.00

Ini menetapkan koordinat dalam format
spesies atom xyz

dan cara menggambar setiap spesies atom, dalam format
spesifikasi nama radius warna

dan cara menggambar bond, dalam format bond name1 name2 min-length max-length radius color

File pemindahan berisi bingkai tambahan seperti ini:

bingkai Ini adalah bingkai nomor dua
0.000 0.000 0.000 1.155 1.155 1.155 -1.155 -1.155 1.155
1.155 -1.155 -1.155 -1.155 1.155 -1.155

Setelah kata kunci 'bingkai' muncul string pengenal, lalu datang koordinat untuk semua
atom. Hentian baris dapat muncul di mana saja di antara koordinat.

Jalur input lain juga dimungkinkan, yaitu jalur yang mengatur parameter (lihat di bawah).
Contoh: 'inc 5' menyetel kenaikan rotasi ke 5 derajat.

Di kedua file, baris yang dimulai dengan * dan baris kosong adalah komentar.

PENGGUNAAN

Setelah memulai program dengan 'xbs ch4' plot dapat dikontrol langsung dengan memilih
kunci. Misalnya, untuk memutar molekul gunakan tombol kursor dan tombol "," dan "." NS
dua terakhir dipilih karena mereka berada di bawah "<" dan ">" yang terlihat seperti panah. Melangkah
melalui bingkai untuk menampilkan "film", gunakan tombol '[' dan ']'. Sejumlah kunci lainnya adalah
didefinisikan berfungsi secara langsung. Fungsi yang lebih rumit dilakukan dengan menekan 'i' untuk mendapatkan
baris input dan kemudian mengetik perintah. Gunakan 'xbs -hh' untuk mendapatkan informasi tentang kunci dan
perintah.

Ukuran: Tombol '+' dan '-' membuat plot lebih besar atau lebih kecil.

Perspektif: Tombol p mengubah perspektif. Standar nonaktif. Untuk perspektif semu,
ukuran bola tergantung pada jarak ke pemirsa tetapi posisi pada halaman adalah
tidak berubah. Untuk perspektif yang benar, ukuran dan posisi keduanya berubah. Kekuatan
efek perspektif tergantung pada jarak ke penampil, yang ditunjukkan dalam
garis status. Itu diubah dengan tombol 'd' dan 'D' atau dapat diatur langsung dengan perintah
'distrik'. (Catatan: jika Anda datang terlalu dekat dan menempatkan sudut pandang di dalam atom, program
akan mencoba mewarnai seluruh alam semesta, yang membutuhkan waktu sangat lama).

Pencahayaan: perintah 'gramp slope middle' membuat atom di belakang menjadi abu-abu secara eksponensial
lereng. Perintah 'light xyz' menaungi atom seolah-olah cahaya bersinar di sepanjang vektor
(x,y,z). Perintah ini hanya berfungsi dalam mode hitam/putih. Untuk beralih kembali ke pewarnaan normal,
masukkan 'gramp' atau 'light' tanpa argumen.

Pemosisian: Tombol keypad 8,6,4,2 memindahkan plot dengan peningkatan dpos (yang dapat berupa
diatur dengan perintah 'dpos'). Tombol keypad '*' menyimpan posisi saat ini sebagai 'rumah' (atau gunakan
perintah 'pos' untuk mengatur posisi awal secara langsung). Tombol keypad 7 memindahkan plot ke rumah.
Posisi relatif terhadap pusat jendela.

Menyimpan: perintah 'save' menulis data ke file (default Save.bs). Jika ada beberapa
frame, file pindah juga ditulis. Perintah 'simpan' memiliki beberapa opsi, lihat di bawah.

Mencetak: perintah 'print' menulis output ke file postscript, secara default file
'Bs.ps'. File cetak tetap terbuka hingga ditutup secara eksplisit. Dengan cara ini beberapa plot
dapat ditumpangkan pada halaman yang sama, menggunakan tombol kursor keypad untuk menggeser subplot
di halaman. Perintah 'print' memiliki beberapa opsi, lihat di bawah.

ONLINE MEMBANTU

Mengetik 'xbs -h' dan 'xbs -hh' memberikan bantuan panjang masing-masing pendek.

Setelah memulai xbs, tombol 'h' mengaktifkan ikhtisar. Ini adalah informasi yang sama seperti
diperoleh dengan 'xbs -hh'.

Pada baris input, gunakan 'help print' atau 'print ?' atau bahkan 'print -h' untuk mendapatkan bantuan tentang
perintah khusus seperti (dalam hal ini) print. Bantuan ini juga menunjukkan opsi yang memungkinkan
untuk perintah.

Bilah spasi mengaktifkan informasi tambahan tentang plot yang ditulis ke dalam jendela.

PERINTAH

1. Warna:

- Warna ditentukan sebagai angka antara 0 dan 1 (nilai abu-abu), tiga angka
antara 0 dan 1 (nilai merah, hijau, biru atau RGB), atau sebagai nama warna dari file
/usr/lib/X11/rgb.txt (atau yang serupa).

- Dalam file input, warna setiap spesies atau ikatan diatur dalam tiga cara ini.

- Opsi xbs berikut terkait dengan warna: -warna aktifkan warna (default) bw
hanya menggunakan warna abu-abu -st hanya menggunakan warna abu-abu, ditentukan dari beberapa nilai -rv membalikkan semua
warna -otomatis memilih warna sendiri. Anda dapat mengubah ini secara interaktif dengan pembaruan
memerintah. Untuk konsistensi, hitam sekarang 0 dan putih adalah 1. Opsi -rv mengubah ini.
Satu-satunya alasan untuk menggunakan -bw atau -st adalah karena perintah 'light' dan 'gramp' tidak berfungsi
dengan warna.

- Opsi '-auto' digunakan untuk mewarnai atom dengan cara standar. Warna-warna ini adalah
set di rutin 'set_auto_colors' di file subs.h. Mulai dari label spesies (mis. Pd3
atau Mg-a) bagian alfa utama diekstraksi dan dikapitalisasi (mis. PD atau MG) dan ini
string digunakan untuk memilih warna. Idenya adalah untuk memasukkan warna favorit seseorang ke dalam
rutin dan kemudian mengkompilasi ulang xbs.

- Perintah 'warna' mengubah warna atom secara interaktif, mis. 'warna C* hijau'
mengubah warna semua spesies yang cocok. Untuk menunjukkan warna suatu spesies, gunakan
perintah tanpa menentukan warna (mis. 'warna C1' atau 'warna C-a').

- Saat data disimpan dengan perintah 'simpan', warna saat ini (sebagaimana diatur dengan 'warna')
disimpan sebagai string. Dengan 'save -rgb' nilai RGB ditulis alih-alih warna
nama. Jika opsi -rv digunakan, warna yang dibalik akan disimpan sebagai nilai RGB.

2. Beberapa perintah memiliki opsi, mis. cetak, simpan, perbarui. Sebagai contoh:

print -T print dan tambahkan beberapa info sebagai judul

print -t 'teks ....' cetak dan masukkan teks sebagai judul

perbarui -rv perbarui tetapi aktifkan pembalikan

perbarui pembaruan +rv tetapi matikan pembalikan

perbarui -bw perbarui tetapi alihkan ke hitam/putih

simpan -rgb simpan dengan warna sebagai nilai rgb

simpan -langkah n simpan hanya dengan setiap bingkai ke-n
(baik untuk mengompres file .mv besar).

Gunakan 'memperbarui bantuan' dll pada baris input untuk melihat opsi.

3. Pencocokan pola untuk label atom: * cocok dengan string apa pun, + karakter apa pun.
Ini dapat digunakan dalam perintah 'warna' dan di baris 'ikatan' di file input
(yang menentukan ikatan apa yang ditarik). Misalnya, 'obligasi C* H* ...' memilih semua
ikatan antara
atom seperti C1 dan H34 dll. dan 'ikatan * * ...' memilih semua pasangan.

4. Perubahan lain-lain:

- Tombol 'a' menampilkan arah sumbu.

- Kunci 'n' menunjukkan nama atau nomor atom. Kunci 'c' menunjukkan koordinat.

- Untuk menutup file print postscript, gunakan perintah 'close'.

- Perintah 'dup xyz' menggandakan semua atom yang digeser oleh (x,y,z).

- Perintah 'cut xyzab' memotong atom-atom antara a dan b
sepanjang vektor (x,y,z).

- Baris input memiliki daftar riwayat untuk mengambil perintah lama.
Gunakan panah atas dan bawah saat jalur input aktif.

- Pada beberapa sistem, tombol spasi mundur tidak berfungsi untuk mengedit
baris masukan. Oleh karena itu tombol panah kiri didefinisikan memiliki
fungsi backspace juga.

Gunakan xbs online menggunakan layanan onworks.net