Ini adalah aplikasi Linux bernama kSNP yang rilis terbarunya dapat diunduh sebagai kSNP4.1-source-code.zip. Itu dapat dijalankan secara online di penyedia hosting gratis OnWorks untuk workstation.
Unduh dan jalankan secara online aplikasi bernama kSNP dengan OnWorks ini secara gratis.
Ikuti petunjuk ini untuk menjalankan aplikasi ini:
- 1. Download aplikasi ini di PC Anda.
- 2. Masuk ke file manager kami https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX dengan username yang anda inginkan.
- 3. Upload aplikasi ini di filemanager tersebut.
- 4. Jalankan emulator online OnWorks Linux atau Windows online atau emulator online MACOS dari situs web ini.
- 5. Dari OS Linux OnWorks yang baru saja Anda mulai, buka file manager kami https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX dengan nama pengguna yang Anda inginkan.
- 6. Download aplikasinya, install dan jalankan.
kSNP
Ad
DESKRIPSI
kSNP4 mengidentifikasi SNP pan-genom dalam serangkaian urutan genom, dan memperkirakan pohon filogenetik berdasarkan SNP tersebut. Penemuan SNP didasarkan pada analisis k-mer, dan tidak memerlukan penyelarasan beberapa urutan atau pemilihan genom referensi, sehingga kSNP4 dapat mengambil 100 genom mikroba sebagai masukan. Lokus SNP ditentukan oleh oligo dengan panjang k yang mengelilingi alel SNP pusat. kSNP4 dapat menganalisis genom lengkap (selesai) dan genom yang belum selesai dalam rangkaian rakitan atau pembacaan mentah dan belum dirakit. Genom yang sudah selesai dan belum selesai dapat dianalisis bersama-sama, dan kSNP dapat secara otomatis mengunduh file Genbank dari genom yang sudah selesai dan memasukkan informasi dalam file tersebut ke dalam anotasi SNP.
Tidak diperlukan keahlian pemrograman untuk menggunakan kSNP4
Gardner, SN dan Hall, BG 2013. . PLoS SATU, 8(12):e81760.doi:10.1371/journal.pone.0081760
Gardner, SN, T. Slezak, dan BG Hall. 2015 Bioinformatika 31: 2877-2878 doi: 10.1093/bioinformatika/btv271
Kategori
Ini adalah aplikasi yang juga dapat diambil dari https://sourceforge.net/projects/ksnp/. Ini telah di-host di OnWorks untuk dijalankan secara online dengan cara termudah dari salah satu Sistem Operasi gratis kami.
