Ini adalah aplikasi Linux bernama PRADA yang rilis terbarunya dapat diunduh sebagai PRADA.zip. Ini dapat dijalankan secara online di penyedia hosting gratis OnWorks untuk workstation.
Unduh dan jalankan secara online aplikasi bernama PRADA dengan OnWorks ini secara gratis.
Ikuti petunjuk ini untuk menjalankan aplikasi ini:
- 1. Download aplikasi ini di PC Anda.
- 2. Masuk ke file manager kami https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX dengan username yang anda inginkan.
- 3. Upload aplikasi ini di filemanager tersebut.
- 4. Jalankan emulator online OnWorks Linux atau Windows online atau emulator online MACOS dari situs web ini.
- 5. Dari OS Linux OnWorks yang baru saja Anda mulai, buka file manager kami https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX dengan nama pengguna yang Anda inginkan.
- 6. Download aplikasinya, install dan jalankan.
PRADA
Ad
DESKRIPSI
Urutan paralel besar-besaran dari cDNA reverse yang ditranskripsi dari RNA (RNASeq) memberikan perkiraan yang akurat tentang kuantitas dan komposisi mRNA. Untuk mengkarakterisasi transkriptom melalui analisis data RNA-seq, kami mengembangkan PRADA. PRADA berfokus pada pemrosesan dan analisis perkiraan ekspresi gen, identifikasi fusi gen yang diawasi dan tidak, dan identifikasi penghapusan intragenik yang diawasi.
PRADA saat ini mendukung 7 modul untuk memproses dan mengidentifikasi kelainan dari data RNAseq:
preprocess: Menghasilkan file BAM yang disejajarkan dan dikalibrasi ulang.
ekspresi: Menghasilkan ekspresi gen (RPKM) dan metrik kualitas.
fusion: Mengidentifikasi fusi gen kandidat.
tebak-ft: Pencarian yang diawasi untuk transkrip fusi.
tebak-jika: Pencarian yang diawasi untuk fusi intragenik.
homologi: Menghitung homologi antara dua gen yang diberikan.
frame: Memprediksi konsekuensi fungsional dari transkrip fusi
Fitur
- PRADA ditulis dalam bahasa pemrograman python dan dimaksudkan untuk berjalan di lingkungan baris perintah pada sistem operasi UNIX atau LINUX.
- Deskripsi detail langkah-langkah instalasi dan penggunaan setiap modul dengan contoh tersedia dalam dokumentasi di https://sourceforge.net/p/prada/wiki/Home/attachment/pyPRADA.pdf
- File referensi hg19 tersedia untuk diunduh di http://bioinformatics.mdanderson.org/Software/PRADA/
- Untuk menghilangkan artefak fusi, kami menyaring gen dengan banyak pasangan dalam sampel dan homologi yang sama.
Kategori
Ini adalah aplikasi yang juga dapat diambil dari https://sourceforge.net/projects/prada/. Ini telah di-host di OnWorks untuk dijalankan secara online dengan cara termudah dari salah satu Sistem Operasi gratis kami.
