Ini adalah aplikasi Windows bernama BBMap yang rilis terbarunya dapat diunduh sebagai BBMap_39.03.tar.gz. Ini dapat dijalankan secara online di penyedia hosting gratis OnWorks untuk workstation.
Unduh dan jalankan secara online aplikasi bernama BBMap dengan OnWorks ini secara gratis.
Ikuti petunjuk ini untuk menjalankan aplikasi ini:
- 1. Download aplikasi ini di PC Anda.
- 2. Masuk ke file manager kami https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX dengan username yang anda inginkan.
- 3. Upload aplikasi ini di filemanager tersebut.
- 4. Mulai emulator online OS OnWorks apa pun dari situs web ini, tetapi emulator online Windows yang lebih baik.
- 5. Dari OS Windows OnWorks yang baru saja Anda mulai, buka file manager kami https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX dengan nama pengguna yang Anda inginkan.
- 6. Unduh aplikasi dan instal.
- 7. Unduh Wine dari repositori perangkat lunak distribusi Linux Anda. Setelah terinstal, Anda kemudian dapat mengklik dua kali aplikasi untuk menjalankannya dengan Wine. Anda juga dapat mencoba PlayOnLinux, antarmuka mewah di atas Wine yang akan membantu Anda menginstal program dan game Windows populer.
Wine adalah cara untuk menjalankan perangkat lunak Windows di Linux, tetapi tidak memerlukan Windows. Wine adalah lapisan kompatibilitas Windows sumber terbuka yang dapat menjalankan program Windows secara langsung di desktop Linux apa pun. Pada dasarnya, Wine mencoba untuk mengimplementasikan kembali Windows dari awal sehingga dapat menjalankan semua aplikasi Windows tersebut tanpa benar-benar membutuhkan Windows.
Tangkapan layar
Ad
BBMap
DESKRIPSI
Paket ini sudah termasuk BBMap, short read aligner, serta berbagai alat bioinformatika lainnya. Itu ditulis dalam Java murni, dapat berjalan di platform apa pun, dan tidak memiliki dependensi selain Java yang sedang diinstal (dikompilasi untuk Java 6 dan lebih tinggi). Semua alat efisien dan multithreaded.
BBMap: Penjajaran baca singkat untuk data DNA dan RNA-seq. Mampu menangani genom besar yang sewenang-wenang dengan jutaan perancah. Menangani Illumina, PacBio, 454, dan bacaan lainnya; sensitivitas sangat tinggi dan toleran terhadap kesalahan dan banyak indel besar. Sangat cepat.
BBNorm: Alat koreksi kesalahan dan normalisasi berbasis Kmer.
Dedupe: Menyederhanakan rakitan dengan menghapus duplikat atau berisi suburutan yang berbagi identitas persen target.
Memformat ulang: Memformat ulang pembacaan antara fasta/fastq/scarf/fasta+qual/sam, interleaved/paired, dan ASCII-33/64, dengan kecepatan lebih dari 500 MB/s.
BBduk: Filter, trim, atau masker dibaca dengan kecocokan kmer ke file artefak/kontaminan.
... dan banyak lagi!
Fitur
- Java murni, berjalan di platform apa pun; sudah dikompilasi, cukup unzip dan jalankan.
- Cepat, efisien, dan multithread.
- Informasi penggunaan ditampilkan saat menjalankan shellscript tanpa parameter.
- Sensitivitas tertinggi dari semua aligner baca pendek.
- Mudah dipasang - cukup unzip/untar.
- Mudah digunakan. Contoh: bbmap.sh ref=ecoli.fa in=reads.fq out=mapped.sam
- Menangani semua format umum: fasta, fastq, sam, scarf, fasta+qual, ASCII-33, ASCII-64, gzip.
- Digunakan oleh Institut Genom Bersama.
- BB adalah singkatan dari Bestus Bioinformaticus.
- Ada FAQ yang berguna di sini: http://seqanswers.com/forums/showthread.php?t=58221
Para penonton
Sains/Penelitian
User interface
Konsol/Terminal
Bahasa Pemrograman
Jawa
Kategori
Ini adalah aplikasi yang juga dapat diambil dari https://sourceforge.net/projects/bbmap/. Ini telah di-host di OnWorks untuk dijalankan secara online dengan cara termudah dari salah satu Sistem Operasi gratis kami.
