Questo è il comando alf che può essere eseguito nel provider di hosting gratuito OnWorks utilizzando una delle nostre molteplici workstation online gratuite come Ubuntu Online, Fedora Online, emulatore online Windows o emulatore online MAC OS
PROGRAMMA:
NOME
alf - Confronto di sequenze senza allineamento
SINOSSI
alf [OPZIONI] -i IN.FASTA [-o OUT.TXT]
DESCRIZIONE
Calcola la somiglianza a coppie di sequenze utilizzando metodi senza allineamento in IN.FASTA
e scrivere la matrice delimitata da tabulazioni con punteggi a coppie su OUT.TXT.
-h, --Aiuto
Visualizza questo messaggio di aiuto.
--versione
informazioni sulla versione
-v, --verboso
Quando forniti, i dettagli sull'avanzamento vengono stampati sullo schermo.
Input Output:
-i, --file di input RISORSE
Nome del file di input multi-FASTA. I tipi di file validi sono: fa e fasta.
-o, --file di uscita RISORSE
Nome del file in cui verrà inserita la matrice delimitata da tabulazioni con punteggi a coppie
scritto a. L'impostazione predefinita è scrivere su stdout. Il tipo di file valido è: alf.tsv.
Parametri generali dell'algoritmo:
-m, --metodo METODO
Seleziona il metodo da utilizzare. Uno tra N2, D2, D2Star e D2z. Predefinito: N2.
-k, --k-mer-dimensione K
Dimensione dei k-mers. Predefinito: 4.
-mo, --bg-ordine-modello ORDINE
Ordine di fondo Modello di Markov. Predefinito: 1.
Parametri dell'algoritmo N2:
-rc, --complemento-inverso MODE
Quale filo segnare. Usa Both_strands per segnare entrambi i fili contemporaneamente. Uno
di input, entrambi_filamenti, media, minimo e massimo. Impostazione predefinita: ingresso.
-mm, --mismatch ERRORI
Numero di mancate corrispondenze, uno tra 0 e 1. Quando viene utilizzato 1, N2 utilizza il k-mer-neighbour
con una mancata corrispondenza. Impostazione predefinita: 0.
-mmw, --peso non corrispondente PESO
Peso dei conteggi a valori reali per le parole con mancate corrispondenze. Impostazione predefinita: 0.1.
-kwf, --k-mer-file-dei-pesi FILE.TXT
Stampa i pesi k-mer per ogni sequenza in questo file, se fornito. Il tipo di file valido è:
testo.
CONTATTI E REFERENZE
Per domande o commenti, contattare:
Jonathan Gökegoeke@molgen.mpg.de>
Si prega di fare riferimento alla seguente pubblicazione se si è utilizzato il metodo ALF o N2
la tua analisi:
Jonathan Goeke, Marcel H. Schulz, Julia Lasserre e Martin Vingron. Stima di
Somiglianza di sequenze a coppie di potenziatori di mammiferi con conteggi di vicinato di parole.
Bioinformatica (2012).
Pagina iniziale del progetto:
http://www.seqan.de/projects/alf
VERSIONE
alf versione: 1.1 Ultimo aggiornamento 5 gennaio 2012
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