Questo è il comando autogrid4 che può essere eseguito nel provider di hosting gratuito OnWorks utilizzando una delle nostre molteplici postazioni di lavoro online gratuite come Ubuntu Online, Fedora Online, emulatore online Windows o emulatore online MAC OS
PROGRAMMA:
NOME
autogrid - preparazione di proteine e ligandi per l'analisi AutoDock
SINOSSI
autogriglia4 [Opzioni] -p fileparametrogriglia
DESCRIZIONE
Griglia automatica prepara una rappresentazione a griglia 3D delle energie di interazione non covalenti che
vari tipi di atomi di ligando specificati dall'utente sperimenteranno attorno a un obiettivo specificato dall'utente
macromolecola. Inoltre, il potenziale elettrostatico e la rete energetica libera da desolvatazione
possono essere calcolate anche mappe. Le mappe della griglia sono memorizzate in file di testo semplice con il
estensione '.map' e sono richiesti da AutoDock 4 per eseguire gli ancoraggi. anche AutoGrid
emette un file '.xyz' che descrive le estensioni spaziali del riquadro della griglia e un AVS
file di campo '.fld' che descrive l'insieme coerente di mappe della griglia di affinità atomica che
sono stati calcolati insieme per una data macromolecola bersaglio. Nota: è necessario
calcolare mappe di griglia per tutti i tipi di atomi nel ligando o insieme di ligandi che saranno
ancorato, così come una mappa della griglia del potenziale elettrostatico e una mappa dell'energia libera da desolvatazione.
Ad esempio, se un ligando ha un carbonio alifatico e un ossigeno che accetta il legame idrogeno
atomo, sarebbe necessario calcolare sia una mappa 'C' che una mappa 'OA'. Vedere
http://autodock.scripps.edu/faqs-help/faq/where-do-i-set-the-autodock-4-force-field-
parametri per ulteriori informazioni sui tipi di atomi di AutoDock 4.
L'input per AutoGrid è preparato al meglio con la suite di programmi AutoDockTools. Non c'è
modo per eseguire autodock4 senza una griglia.
VERSIONI
-o Usa il vecchio formato PDBq (q nelle colonne 55-61)
-u Informazioni sull'utilizzo, anche -h su Debian.
-d Maggiore verbosità dei messaggi per facilitare il debug.
-l file di log
-p nome file Specifica il file dei parametri della griglia
ESEMPIO
Con le sorgenti AutoGrid è disponibile una serie di test che possono essere utilizzati come segue:
$ D=/usr/share/doc/autogrid/Test
$ cd / Tmp
$ ln -s $D/AD4_parametri.dat .
$ gunzip -c $D/hsg1_sm.pdbqt.gz > hsg1_sm.pdbqt
$ autogrid4 -p $D/hsg1_nessun_tipo_recettore.gpf -l hsg1_nessun_tipo_recettore.glg
Questo comando prepara i file della mappa della griglia per ciascuno dei tipi di atomo AutoDock specificati nel
file dei parametri della griglia (in questo caso: hsg1_sm.A.map, hsg1_sm.C.map, hsg1_sm.d.map,
hsg1_sm.e.map, hsg1_sm.HD.map, hsg1_sm.NA.map, hsg1_sm.N.map, hsg1_sm.OA.map), l'AVS
file di campo (hsg1_sm.maps.fld) e hsg1_sm.maps.xyz. Per eseguire il calcolo dell'armamento,
AutoDock dovrebbe essere eseguito, sebbene richieda un file di parametri di aggancio separato (con
estensione .dpf). Il 'DPF' si riferisce ai file della mappa della griglia necessari per l'attracco
e permette l'impostazione di altri parametri importanti, come il metodo di ricerca e come
molti attracchi da eseguire.
Usa autogrid4 online utilizzando i servizi onworks.net
