Questo è il comando autoligand che può essere eseguito nel provider di hosting gratuito OnWorks utilizzando una delle nostre molteplici workstation online gratuite come Ubuntu Online, Fedora Online, emulatore online Windows o emulatore online MAC OS
PROGRAMMA:
NOME
AutoLigand: - identificazione del sito di legame del ligando di un recettore
SINOSSI
Si consiglia di avviare AutoLigand tramite la GUI fornita dagli autodocktools.
autolegante r FileBaseName -p #_of_pts Quanto sopra è una semplificazione fornita per
pacchetto Debian. La normale chiamata da riga di comando avviene tramite python
/usr/share/pyshared/AutoDockTools/AutoLigand.py -r NomeBaseFile -p #_di_punti
DESCRIZIONE
autolegante è un collegamento simbolico allo script Python AutoLigand.py. Che esegue un an
indagine automatizzata della probabilità che una parte particolare di una proteina si leghi a
ligandi.
Descrizione del comando...
-r FileBaseName = solo la parte del nome dai file di mappa del recettore (ovvero FileBaseName.C.map)
-p #_of_pts = numero di punti di riempimento da utilizzare (int)
Nota: può essere omesso se -a opzione utilizzata.
Parametri opzionali:
[-a #] = numero di atomi pesanti per il ligando (#_di_punti sarà impostato su 6x atomi) [-x #
-y # -z #] = coordinate opzionali x,y,z per il riempimento iniziale (float)
quando viene inserito il punto di partenza, verrà eseguito solo un riempimento
[-io # -j # -k #] = coordinate opzionali x,y,z per il secondo punto (float)
quando viene inserito il secondo punto, il riempimento collegherà entrambi i punti NOTA: la connessione
il percorso non è stato ottimizzato - utilizzare con discrezione
[-f #] = numero di riempimenti da generare - il valore predefinito è 10 [-e] = usa l'atomo extra
tipi NA, N, SA e A
NOTA: questi risultati possono essere problematici - utilizzare con discrezione
[-m] = crea un filmato dell'avanzamento del riempimento dell'output
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