cmstat - Online nel cloud

PROGRAMMA:

NOME

cmstat - statistiche riassuntive per un file di modello di covarianza

SINOSSI

cmstat [opzioni]

DESCRIZIONE

Le cmstat l'utility stampa un file tabulare di statistiche riassuntive per ogni covarianza
modello in .

può essere '-' (un trattino), nel qual caso i CM vengono letti da a tubo
invece che da un file.

Per impostazione predefinita, cmstat stampa le statistiche generali del modello e l'allineamento con cui è stato costruito
da, una riga per modello in formato tabellare. Le colonne sono:

idx L'indice di questo profilo, numerato ciascuno nel file a partire da 1.

Nome Il nome del profilo.

accessione
L'adesione facoltativa del profilo, o "-" se non ce n'è.

nseq Il numero di sequenze da cui è stato stimato il profilo.

eff_nseq
Il numero effettivo di sequenze da cui è stato stimato il profilo, dopo
Infernal ha applicato un calcolo del numero di sequenza efficace come quello predefinito
ponderazione entropica.

clen La lunghezza del modello nei residui di consenso (stati di corrispondenza).

W La lunghezza massima prevista di un colpo al modello.

bps Il numero di coppie di basi nel modello.

bif Il numero di biforcazioni nel modello.

modello Che tipo di modello verrà utilizzato per impostazione predefinita in cmcerca e a cmscan per questo profilo,
o "cm" o "hmm". Per i profili con 0 coppie di basi, questo sarà "hmm" (a meno che il
--nohmmmunemente viene utilizzata l'opzione). Per tutti gli altri profili, sarà "cm".

rel entropia, centimetro:
Entropia relativa media per stato di corrispondenza, in bit. Questo è il punteggio (medio) previsto
per posizione di consenso. Ecco a cosa serve il metodo predefinito di ponderazione dell'entropia
la stima del numero di sequenza effettivo si concentra su, quindi per Infernal predefinito, questo
Il valore rifletterà spesso l'obiettivo predefinito per la ponderazione dell'entropia. Se il "modello"
campo per questo profilo è "hmm", questo campo sarà "-".

rel entropia, Hmm:
Entropia relativa media per stato di corrispondenza, in bit, se il CM fosse trasformato in an
HMM (le informazioni dalla struttura vengono ignorate). Maggiore è la differenza tra
Entropia relativa di CM e HMM, più il modello si baserà su strutturale
conservazione della sequenza relativa conservazione nell'identificazione di omologhi.

Se il/i modello/i in sono stati calibrati con cmcalibrare , il - Ehi, -T, e a -Z
le opzioni possono essere utilizzate per invocare una modalità di output alternativa, riportando i valori E e
punteggi in bit corrispondenti per una dimensione del database specificata di megabasi (Mb). Se la
modelli sono stati calibrati e includono soglie di punteggio di bit Rfam GA, TC e/o NC il
--cut_ga, --cut_tc, e / o --cut_nc le opzioni possono essere utilizzate per visualizzare i valori E che
corrispondono alle soglie di bit score. Verranno visualizzati punteggi di bit separati o valori E
per ciascuno dei quattro possibili algoritmi di ricerca CM e coppie di configurazione del modello: locale
Inside, CYK locale, Inside glocal e CYK glocal.

Per i profili con zero coppie di basi (quelli con "hmm" nel campo "model"), qualsiasi valore E e
le statistiche del punteggio in bit riguarderanno il filtro HMM del profilo, anziché il CM. Questo è
vale anche per tutti i profili se il --hmmsolo viene utilizzata l'opzione.

VERSIONI

-h Aiuto; stampa un breve promemoria dell'utilizzo della riga di comando e di tutte le opzioni disponibili.

-E
Riporta i punteggi dei bit che corrispondono a un valore E di in un database di
megabasi (Mb), dove è 10 di default ma impostabile con il -Z opzione.

-T
Riporta i valori E che corrispondono a un po' di punteggio di in un database di
megabasi (Mb), dove è 10 di default ma impostabile con il -Z opzione.

-Z Grazie alla - Ehi, -T, --cut_ga, --cut_nc, e a --cut_tc opzioni, calcolare i valori E come se
la dimensione del database di destinazione era megabasi (Mb). Per impostazione predefinita, è 10.

--cut_ga
Riporta i valori E che corrispondono al punteggio di bit GA (Rfam raccolta soglia) in a
database di megabasi (Mb), dove è 10 di default ma impostabile con il -Z
opzione.

--cut_tc
Riporta i valori E che corrispondono al bit score TC (Rfam trusted cutoff) in a
database di megabasi (Mb), dove è 10 di default ma impostabile con il -Z
opzione.

--cut_nc
Riporta i valori E che corrispondono al punteggio di bit NC (Rfam noise cutoff) in a
database di megabasi (Mb), dove è 10 di default ma impostabile con il -Z
opzione.

--chiave
Stampa solo statistiche per CM con nome o adesione , salta tutti gli altri modelli in
.

--hmmsolo
Stampa le statistiche sui filtri HMM del profilo per tutti i profili, invece dei CM.
Questo può essere utile se prevedi di utilizzare il --hmmsolo opzione a cmcerca or cmscan.

--nohmmmunemente
Stampa sempre le statistiche sul CM per ogni profilo, anche per quelli con zero
coppie di basi.

Usa cmstat online utilizzando i servizi onworks.net