Questo è il comando coverageCount che può essere eseguito nel provider di hosting gratuito OnWorks utilizzando una delle nostre molteplici workstation online gratuite come Ubuntu Online, Fedora Online, emulatore online Windows o emulatore online MAC OS
PROGRAMMA:
NOME
coverageCount - conteggio della copertura delle letture mappate in ogni posizione sull'intero
genoma di riferimento
DESCRIZIONE
coverageCount Versione 1.5.0-p1
Questo programma calcola la copertura delle letture mappate in ogni posizione su
il genoma di riferimento. Genera un file binario per ogni cromosoma concatenando i
livelli di copertura come numeri interi a 4 byte.
Impiego
coperturaConteggio [opzioni] -i -o
Argomenti richiesti:
-i
Nome del file di input in formato SAM o BAM.
-o
Prefisso dei file di output. Ogni file di output contiene numeri interi a quattro byte
Argomenti facoltativi:
--maxMOp Numero massimo di operazioni 'M' consentite in una stringa CIGAR.
10 per impostazione predefinita. Sia 'X' che '=' sono trattati come 'M' e le operazioni adiacenti 'M' sono
uniti nella stringa CIGAR.
coverageCount Versione 1.5.0-p1
Questo programma calcola la copertura delle letture mappate in ogni posizione su
il genoma di riferimento. Genera un file binario per ogni cromosoma concatenando i
livelli di copertura come numeri interi a 4 byte.
Impiego
coperturaConteggio [opzioni] -i -o
Argomenti richiesti:
-i
Nome del file di input in formato SAM o BAM.
-o
Prefisso dei file di output. Ogni file di output contiene numeri interi a quattro byte
Argomenti facoltativi:
--maxMOp Numero massimo di operazioni 'M' consentite in una stringa CIGAR.
10 per impostazione predefinita. Sia 'X' che '=' sono trattati come 'M' e le operazioni adiacenti 'M' sono
uniti nella stringa CIGAR.
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