Questo è il comando create_matrix che può essere eseguito nel provider di hosting gratuito OnWorks utilizzando una delle nostre molteplici workstation online gratuite come Ubuntu Online, Fedora Online, emulatore online Windows o emulatore online MAC OS
PROGRAMMA:
NOME
create_matrix - calcola la matrice di somiglianza dell'abbondanza del genoma
SINOSSI
creare_matrice [Opzioni] NOMI
DESCRIZIONE
Calcola la matrice di similarità.
Innanzitutto, viene simulata una serie di letture per ogni genoma di riferimento utilizzando un simulatore di lettura da
core/tools.py specificato tramite -s. In secondo luogo, vengono mappate le letture simulate di ciascuna specie
contro tutti i genomi di riferimento utilizzando il mappatore specificato con -m. In terzo luogo, la risultante
I file SAM vengono analizzati per calcolare la matrice di somiglianza. La matrice di somiglianza è memorizzata
come un file numpy (-o).
VERSIONI
NOMI Nome file del file dei nomi; il file dei nomi in testo normale dovrebbe contenere un nome per
linea. Il nome viene utilizzato come identificatore nell'intero algoritmo.
-h, --Aiuto
mostra questo messaggio di aiuto ed esci
-s SIMULATORE, --simulatore=DI MOTO
Identificatore del simulatore di lettura definito in core/tools.py [predefinito: nessuno]
-r RIF, --riferimento=REF
Modello di file di sequenza di riferimento per il simulatore di lettura. Il segnaposto per il nome è
"%S". [predefinito: ./ref/%s.fasta]
-m mappatore, --mapper=CARTOGRAFO
Identificatore del mappatore definito in core/tools.py [predefinito: nessuno]
-i INDICE, --indice=INDICE
File indice di riferimento per il read mapper. Il segnaposto per il nome è "%s".
[predefinito: ./ref/%s.fasta]
-t TEMPERATURA, --temp=TEMP
Directory per archiviare set di dati simulati temporanei e file SAM. [predefinito: ./temp]
-o FUORI, --produzione=OUT
File matrice di somiglianza di output. [predefinito: ./similarity_matrix.npy]
Usa create_matrix online utilizzando i servizi onworks.net
