distmate - Online nel cloud

PROGRAMMA:

NOME

distmat - Crea una matrice di distanza da un allineamento di sequenze multiple

SINOSSI

distmat -sequenza sequenza -nucmetodo stratagemma - metodo di protezione stratagemma -ambiguo booleano
-peso vuoto galleggiante -posizione numero intero -calcola booleano -parametro galleggiante
-file di uscita file di uscita

distmat -Aiuto

DESCRIZIONE

distmat è un programma a riga di comando di EMBOSS ("the European Molecular Biology Open
Suite Software”). Fa parte dei gruppi di comandi "Filogenesi:Sequenza molecolare".

VERSIONI

Ingresso pagina
-sequenza sequenza
File contenente un allineamento di sequenza.

Obbligatorio pagina
-nucmetodo stratagemma
Metodi di correzione per sostituzione multipla per nucleotidi.

- metodo di protezione stratagemma
Metodi di correzione per sostituzione multipla per le proteine.

aggiuntivo pagina
-ambiguo booleano
Possibilità di utilizzare i codici ambigui nel calcolo del metodo Jukes-Cantor o se
le sequenze sono proteine. Valore predefinito: N

-peso vuoto galleggiante
Opzione per pesare le lacune nella distanza non corretta (nucleotide) e Jukes-Cantor
metodi. Valore predefinito: 0.

-posizione numero intero
Scegli le posizioni di base da analizzare in ciascun codone, ovvero 123 (tutte le basi), 12 (le prime due
basi), 1, 2 o 3 basi individuali. Valore predefinito: 123

-calcola booleano
Ciò forzerà il calcolo del parametro 'a' nella distanza Jin-Nei Gamma
calcolo, altrimenti il ​​default è 1.0 (vedi opzione -parametera). Valore predefinito: N

-parametro galleggiante
Parametro definito dall'utente 'a' da utilizzare nel calcolo della distanza Jin-Nei Gamma. Il
il valore suggerito da utilizzare è 1.0 (Jin et al.) e questo è il valore predefinito. Valore predefinito:
1.0

Uscita pagina
-file di uscita file di uscita

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