Questo è il comando domainaligne che può essere eseguito nel provider di hosting gratuito OnWorks utilizzando una delle nostre molteplici workstation online gratuite come Ubuntu Online, Fedora Online, emulatore online Windows o emulatore online MAC OS
PROGRAMMA:
NOME
domainalign - Genera allineamenti (file DAF) per i nodi in un file DCF.
SINOSSI
allineare il dominio -dcffile infilare -pdbdir elenco -nodo stratagemma -modalità stratagemma -mantenenti ginocchiera
-dafoutdir fuori di testa -singole fuoridir fuori di testa -superdir fuori di testa -file di registro file di uscita
allineare il dominio -Aiuto
DESCRIZIONE
allineare il dominio è un programma a riga di comando di EMBOSS ("the European Molecular Biology Open
Suite Software”). Fa parte dei gruppi di comandi "Proteina:Struttura 3D".
VERSIONI
Ingresso pagina
-dcffile infilare
Questa opzione specifica il nome del file DCF (file di classificazione del dominio) (input). UN
'file di classificazione del dominio' contiene la classificazione e altri dati per i domini da
SCOP o CATH, in formato DCF (simile a EMBL). I file sono generati utilizzando SCOPPARSE
e CATHPARSE. Le informazioni sulla sequenza del dominio possono essere aggiunte al file utilizzando
DOMAINSEQ.
-pdbdir elenco
Questa opzione specifica la posizione dei file PDB del dominio (input). Un "file PDB di dominio"
contiene i dati delle coordinate per un singolo dominio da SCOP o CATH, in formato PDB. Il
i file vengono generati utilizzando DOMAINER. Valore predefinito: ./
Obbligatorio pagina
-nodo stratagemma
Questa opzione specifica il nodo per la rimozione della ridondanza. La ridondanza può essere rimossa su
qualsiasi nodo specificato nelle gerarchie SCOP o CATH. Ad esempio selezionando "Classe"
le iscrizioni appartenenti alla stessa Classe non saranno ridondanti. Valore predefinito: 1
-modalità stratagemma
Questa opzione specifica l'algoritmo di allineamento da utilizzare. Valore predefinito: 1
-mantenenti ginocchiera
Questa opzione specifica se scrivere sequenze di famiglie di singoletti su file. Se tu
specifica questa opzione, la sequenza per ogni famiglia singoletto viene scritta su file
(produzione). Valore predefinito: Sì
Uscita pagina
-dafoutdir fuori di testa
Questa opzione specifica la posizione dei file DAF (file di allineamento del dominio) (output). UN
'file di allineamento del dominio' contiene un allineamento di sequenze di domini appartenenti allo stesso
famiglia SCOP o CATH. I file sono in formato cluster e sono annotati con domain
informazioni sulla classificazione della famiglia. I file generati utilizzando SCOPALIGN conterranno
un allineamento di sequenze basato sulla struttura solo di domini di struttura nota. Tale
gli allineamenti possono essere estesi con parenti di sequenza (di struttura sconosciuta) usando
SEQALIGN. Valore predefinito: ./
-singole fuoridir fuori di testa
Questa opzione specifica la posizione dei file DHF (file di hit di dominio) per singoletto
sequenze (uscita). I singoli sono scritti come un "file di hit di dominio" - che
contiene hit del database (sequenze) con informazioni sulla classificazione del dominio, in FASTA
formato. Valore predefinito: ./
-superdir fuori di testa
Questa opzione specifica la posizione dei file di sovrapposizione strutturale (output). UN
per ogni famiglia viene generato il file in formato PDB della sovrapposizione strutturale se
viene utilizzato l'algoritmo STAMP. Valore predefinito: ./
-file di registro file di uscita
Questa opzione specifica il nome del file di registro (output). Il file di registro contiene messaggi
su eventuali errori che si verificano durante l'esecuzione di domainalign. Valore predefinito: domainalign.log
Usa domainaligne online utilizzando i servizi onworks.net
