featureCounts - Online nel cloud

PROGRAMMA:

NOME

featureCounts: un programma di riepilogo della lettura altamente efficiente e accurato

USO

caratteristicaConta [opzioni] -a -o input_file1 [input_file2]
...

Argomenti richiesti:

-a
Nome di un file di annotazione. Formato GTF per impostazione predefinita. Vedere -F opzione per più formati.

-o
Nome del file di output inclusi i conteggi di lettura. Un file separato con riepilogo
anche le statistiche dei risultati del conteggio sono incluse nell'output (` .riepilogo')

file_di_input
Elenco dei file di input in formato BAM o SAM. Gli utenti non devono specificare se è BAM o
SAB.

Argomenti facoltativi:

-A
Nome di un file delimitato da virgole che include i nomi degli alias dei cromosomi utilizzati per la corrispondenza
i nomi dei cromosomi utilizzati nell'annotazione con quelli utilizzati nell'input BAM/SAM, se lo sono
diverso. Vedere la Guida per l'utente per il formato del file.

-F
Specificare il formato del file di annotazione fornito. I formati accettabili includono "GTF" e
`SAF'. "GTF" per impostazione predefinita. Vedere la Guida per l'utente per la descrizione del formato SAF.

-t
Specifica il tipo di elemento nell'annotazione GTF. "esone" per impostazione predefinita. Funzionalità utilizzate per la lettura
il conteggio verrà estratto dall'annotazione utilizzando il valore fornito.

-g
Specifica il tipo di attributo nell'annotazione GTF. "gene_id" per impostazione predefinita. Meta-funzioni utilizzate
per il conteggio delle letture verrà estratto dall'annotazione utilizzando il valore fornito.

-f Esegui il conteggio delle letture a livello di funzionalità (ad es. conteggio delle letture per gli esoni anziché per
geni).

-O Assegna le letture a tutte le loro metafunzioni sovrapposte (o funzioni se -f is
specificato).

-s
Eseguire il conteggio delle letture specifico del filamento. Valori possibili: 0 (unstranded), 1
(incagliato) e 2 (invertito). 0 per impostazione predefinita.

-M Verranno conteggiate anche le letture multi-mapping. Per una lettura multimapping, tutto è riportato
verranno conteggiati gli allineamenti. Il tag `NH' nell'ingresso BAM/SAM viene utilizzato per rilevare
letture multi-mapping.

-Q
Il punteggio minimo di qualità della mappatura che una lettura deve soddisfare per essere conteggiata. Per
letture paired-end, almeno un'estremità deve soddisfare questo criterio. 0 per impostazione predefinita.

-T
Numero dei thread. 1 per impostazione predefinita.

-v Versione di output del programma.

-J Contare il numero di letture che supportano ciascuna giunzione esone-esone. Le giunzioni erano
identificato da quelle letture che si estendono sull'esone nell'input (contenente 'N' in CIGAR
corda). I risultati del conteggio vengono salvati in un file denominato ' .jconta'

-G
Il file Fasta contenente il genoma di riferimento utilizzato nella generazione dell'input SAM o
file BAM. Questo argomento è necessario solo quando si esegue il conteggio delle giunzioni.

-R Emetti risultati di assegnazione dettagliati per ogni lettura. Verrà generato un file di testo per
ogni file di input, inclusi i nomi delle letture e le letture di meta-funzioni/funzioni erano
assegnato a. Vedere la Guida per l'utente per maggiori dettagli.

--sovrapposizione più grande
Assegna le letture a una meta-funzione/funzione che ha il maggior numero di sovrapposizioni
basi.

--minSovrapponi
Specificare il numero minimo di basi sovrapposte richieste tra una lettura e una
meta-funzione/funzione a cui è assegnata la lettura. 1 per impostazione predefinita.

--leggi2pos <5:3>
Riduci le letture alla base massima di 5' o alla base massima di 3'. Viene quindi eseguito il conteggio delle letture
in base alla singola base a cui si riduce la lettura.

--readExtension5 Le letture sono estese a monte da basi dal loro
5' fine.

--readExtension3 Le letture sono estese a monte da basi dal loro
3' fine.

--frazione
Utilizzare un conteggio frazionario 1/n, invece di 1 (uno) conteggio, per ogni allineamento segnalato
di una lettura multi-mapping nel conteggio delle letture. n è il numero totale di allineamenti riportati
per la lettura multi-mapping. Questa opzione deve essere utilizzata insieme all'opzione '-M'.

--primario
Conta solo gli allineamenti primari. Gli allineamenti primari sono identificati usando il bit 0x100 in
Campo FLAG SAM/BAM.

--ignoreDup
Ignora le letture duplicate nel conteggio delle letture. Le letture duplicate vengono identificate utilizzando bit
Ox400 nel campo BANDIERA BAM/SAM. L'intera coppia di letture viene ignorata se una delle letture è
una lettura duplicata per i dati finali accoppiati.

--countSplitAlignmentsOnly Conta solo gli allineamenti divisi (es. allineamenti con
stringa CIGAR contenente `N'). Un esempio di allineamenti divisi sono le letture che si estendono sull'esone
nei dati RNA-seq.

-p Contare i frammenti (coppie di lettura) invece delle singole letture. Per ogni coppia letta, il suo
due letture devono essere adiacenti l'una all'altra nell'ingresso BAM/SAM.

-P Verificare la validità della distanza paired-end durante il conteggio delle coppie lette. Utilizzo -d e a -D a
impostare le soglie.

-d
Lunghezza minima del frammento/modello, 50 per impostazione predefinita.

-D
Lunghezza massima frammento/modello, 600 per impostazione predefinita.

-B Conta solo le coppie di lettura che hanno entrambe le estremità allineate correttamente.

-S
Specifica l'orientamento di due letture dalla stessa coppia, 'fr' per impostazione predefinita
(avanti/indietro).

-C Non contare le coppie di lettura che hanno le due estremità mappate su cromosomi diversi
o mappatura sullo stesso cromosoma ma su filamenti diversi.

--nonordinare
Non ordinare le letture nell'input BAM/SAM. Nota che sono necessarie le letture della stessa coppia
essere posizionati uno accanto all'altro nell'ingresso.

--maxMOp
Numero massimo di operazioni 'M' consentite in una stringa CIGAR. 10 per impostazione predefinita. Entrambi
'X' e '=' sono trattati come 'M' e le operazioni adiacenti 'M' vengono unite nel CIGAR
stringa.

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