Questo è il comando gap5 che può essere eseguito nel provider di hosting gratuito OnWorks utilizzando una delle nostre molteplici workstation online gratuite come Ubuntu Online, Fedora Online, emulatore online Windows o emulatore online MAC OS
PROGRAMMA:
NOME
gap5 - Programma di assemblaggio del genoma (parte del pacchetto staden)
SINOSSI
gap5 [-ro] [-maxseq ] [-maxdb ] [-skip_note] [DATABASE_NAME.V]
DESCRIZIONE
Gap5 è un programma di assemblaggio del genoma. Il programma contiene tutti gli strumenti che sarebbero
atteso da un programma di assemblaggio più molte caratteristiche uniche e un facile utilizzo
interfaccia. La versione originale è stata descritta in Bonfield,JK, Smith,KF e Staden,R. UN
nuovo programma di assemblaggio di sequenze di DNA. Acidi nucleici Res. 24, 4992-4999 (1995)
Gap5 è molto grande e potente. Tutti utilizzano un sottoinsieme di opzioni e hanno le loro
modo preferito per accedervi e utilizzarli. Sebbene ce ne sia molto, gli utenti lo sono
incoraggiato a leggere tutta la documentazione una volta, solo per scoprire cos'è
possibile, e il modo che meglio si adatta al proprio lavoro. Per lo meno, tutto questo
il capitolo introduttivo dovrebbe essere letto, poiché a lungo termine farà risparmiare tempo.
VERSIONI
-ro Sola lettura
-maxseq N
Lunghezza massima iniziale del consenso totale
-maxdb N
Numero massimo iniziale di contig + letture
-(no_)controlla
(Non) eseguire Verifica database all'apertura del DB
-(no_)exec_note
(Non) eseguire note OPEN/CLOS all'apertura del database
-(no_)rawdata_note
(Non) utilizzare la nota RAWD invece di RAWDATA env. variabile
-(no_)csel
(Non) avviare il selettore contig all'apertura di db
-Schermo
X Display da usare
-bit N
Specifica la dimensione in bit del file ausiliario per i nuovi database (32/64)
-sincronizza Usa la modalità sincrona per il server di visualizzazione (debug)
-- Fine della lista degli argomenti
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