giira - Online nel cloud

PROGRAMMA:

NOME

giira - Identificazione genica che incorpora dati RNA-Seq e letture ambigue

SINOSSI

gira -ig genomaFile.fasta -IR rnaFile.fastq -libPercorso

DESCRIZIONE

GIIRA (Gene Identification Incorporating RNA-Seq data and Ambigue reads) è un metodo per
identificare potenziali regioni geniche in un genoma sulla base di una mappatura e incorporazione di RNA-Seq
letture mappate in modo ambiguo.

VERSIONI

-h : testo di aiuto ed esci

-ig [pathToGenomes]: specifica il percorso della directory con i file del genoma in formato fasta

-IR [pathToRna]: specifica il percorso della directory con i file di lettura rna in formato fastq

-script [absolutePath] : specifica il percorso assoluto della directory che contiene il
script di supporto richiesti, DEFAULT: directory di GIIRA.jar

-su [pathToResults] : specifica la directory che conterrà i file dei risultati

-outNome [outputName]: specificare il nome desiderato per i file di output, DEFAULT: geni

-haSam [samfileName]: se esiste già un file sam, fornire il nome, altrimenti è una mappatura
eseguita. NOTA: il file sam deve essere ordinato in base ai nomi letti!

-nT [numberThreads] : specifica il numero massimo di thread che possono essere utilizzati,
PREDEFINITO: 1

-mT [tophat/bwa/bwasw] : specifica lo strumento desiderato per la mappatura di lettura, DEFAULT: tophat

-mem [int]: specifica la quantità di memoria che cplex può utilizzare

-maxSegnalatiHits [int]: se si utilizza BWA come strumento di mappatura, specificare il numero massimo di
colpi riportati, DEFAULT: 2

-procariota : se specificato, il genoma è trattato come procariotico, non ci sono letture splicing
accettati e i geni strutturali sono risolti. PREDEFINITO: n

-minCov [doppio] : specificare la copertura minima richiesta dell'estrazione del gene candidato,
PREDEFINITO: -1 (è stimato dalla mappatura)

-maxCov [doppio] : soglia di copertura massima opzionale, stimabile anche dalla mappatura
(PREDEFINITO)

-fineCov [doppio] : se la copertura scende al di sotto di questo valore, il candidato attualmente aperto
gene è chiuso. Questo valore può essere stimato dalla copertura minima (-1);
PREDEFINITO: -1

-dispCov [0/1] : stima (1) l'istogramma di copertura per la mappatura di lettura, DEFAULT: 0

-intervallo [int] : specifica la dimensione minima di un intervallo tra geni candidati vicini, se
"-1" è uguale alla lunghezza di lettura. PREDEFINITO: -1

-spLim [doppio] : specificare la copertura minima richiesta per accettare un sito di giunzione,
if (-1) la soglia è pari a minCov, DEFAULT: -1

-rL [int] : specifica la lunghezza di lettura, altrimenti questa informazione viene estratta dal file SAM
(PREDEFINITO)

-samPerSequenziale [pathToSamFile] : se si desidera analizzare i cromosomi in a
modo sequenziale, fornire un file sam ordinato per cromosoma oltre a quello
ordinato per nomi letti, DEFAULT: noSequential

-noAmbiOpti : se specificato, gli hit ambigui non sono inclusi nell'analisi

-impostazioneMapper [(elenco dei parametri)]: un elenco separato da virgole dei parametri desiderati
per TopHat o BWA. Si prega di fornire

per ogni parametro una coppia di indicatore e valore, separati da un segno di uguaglianza.
Si noti che i parametri destinati alle 3 diverse parti (indicizzazione, aln, sam) di BWA
devono essere separati da una barra minuscola

Esempio: -impostazioneMapper [-a=è_-t=5,-N_-n=5]

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