Questo è il comando glam2-purge che può essere eseguito nel provider di hosting gratuito OnWorks utilizzando una delle nostre molteplici workstation online gratuite come Ubuntu Online, Fedora Online, emulatore online Windows o emulatore online MAC OS
PROGRAMMA:
NOME
glam2-purge - Rimuove le sequenze ridondanti da un file FASTA
SINOSSI
glam2-purga filetto Punto [Opzioni]
DESCRIZIONE
glam2-purga è una versione modificata di Andrew Neuwald's purga programma che rimuove ridondanti
sequenze da un file FASTA. Questo è raccomandato al fine di prevenire altamente simili
sequenze che distorcono la ricerca dei motivi. Purge funziona con DNA o proteine
sequenze e crea un file di output in modo tale che non ci siano due sequenze con un locale (senza pause)
punteggio di allineamento maggiore di una soglia specificata dall'utente. Il file di output si chiama
. . Il punteggio di allineamento si basa sulla matrice BLOSUM62 per le proteine e su a
Schema di punteggio +5/-1 per il DNA. Lo spurgo può essere utilizzato anche per mascherare le ripetizioni in tandem. Usa il
programma XNU per questo scopo.
VERSIONI
-n
Le sequenze sono DNA (predefinito: proteine).
-b
Usa il metodo blast euristico (predefinito per le proteine).
-e
Utilizzare un metodo esaustivo (predefinito per il DNA).
-q
Mantieni la prima sequenza nel set.
-x
Usa xnu per mascherare le ripetizioni del tandem proteico.
Usa glam2-purge online utilizzando i servizi onworks.net
