Questo è il comando gmx-anadock che può essere eseguito nel provider di hosting gratuito OnWorks utilizzando una delle nostre molteplici workstation online gratuite come Ubuntu Online, Fedora Online, emulatore online Windows o emulatore online MAC OS
PROGRAMMA:
NOME
gmx-anadock - Strutture cluster da Autodock run
SINOSSI
gmx anadock [-f [<.pdb>]] [-od [<.xvg>]] [-Di [<.xvg>]] [-g [<.log>]]
[-xvg ] [-[non libero] [-[no]rms] [-tagliare ]
DESCRIZIONE
gmx anadock analizza i risultati di un'esecuzione di Autodock e raggruppa le strutture insieme,
in base alla distanza o RMSD. Vengono analizzate le stime dell'energia agganciata e dell'energia libera e
per ogni cluster vengono stampate le statistiche energetiche.
Un approccio alternativo a questo è quello di raggruppare le strutture prima usando gmx gruppo e
quindi ordinare i cluster in base all'energia più bassa o all'energia media.
VERSIONI
Opzioni per specificare i file di input:
-f [<.pdb>] (eiwit.pdb)
File banca dati proteine
Opzioni per specificare i file di output:
-od [<.xvg>] (ancorato.xvg)
file xvgr/xmgr
-Di [<.xvg>] (efree.xvg)
file xvgr/xmgr
-g [<.log>] (anadock.log)
File di registro
Altre opzioni:
-xvg
formattazione della trama xvg: xmgrace, xmgr, none
-[non libero (In)
Usa Preventivo energetico gratuito da autodock per l'ordinamento delle classi
-[no]rms (sì)
Cluster su RMS o distanza
-tagliare (0.2)
RMSD/distanza massima per l'appartenenza allo stesso cluster
Usa gmx-anadock online utilizzando i servizi onworks.net
