gmx-densmap - Online nel cloud

PROGRAMMA:

NOME

gmx-densmap - Calcola mappe di densità planari o assiali-radiali 2D

SINOSSI

gmx mappa densità [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-od [<.dat>]] [-o [<.xpm>]] [-b ] [-e ]
[-DT ] [-[Ora] [-bidone ] [-aver ]
[-xmin ] [-xmax ] [-n1 ] [-n2 ]
[-amax ] [-rmax ] [-[no]specchio] [-[no]somme]
[-unità ] [-min ] [-dmax ]

DESCRIZIONE

gmx mappa di densità calcola mappe 2D di densità numerica. Può fare densità planare e assiale-radiale
mappe. Il risultato .xpm il file può essere visualizzato ad esempio con xv e può essere convertito in
poscritto con xpm2ps. Facoltativamente, l'output può essere in formato testo su a .dat file con -od,
invece del solito .xpm file con -o.

L'analisi predefinita è una mappa densità numerica 2-D per un gruppo selezionato di atomi nel xy
aereo. La direzione della media può essere modificata con l'opzione -aver. Quando -xmin e / o
-xmax sono impostati solo gli atomi che si trovano entro il/i limite/i nella direzione della media sono presi
in considerazione. La spaziatura della griglia è impostata con l'opzione -bidone. Quando -n1 or -n2 è diverso da zero,
la dimensione della griglia è impostata da questa opzione. Le fluttuazioni delle dimensioni della scatola sono adeguatamente prese in considerazione
conto.

Quando le opzioni -amax e -rmax sono impostati, viene creata una mappa di densità numerica assiale-radiale. Tre
gruppi devono essere forniti, i centri di massa dei primi due gruppi definiscono l'asse,
il terzo definisce il gruppo di analisi. La direzione assiale va da -amax a +amax, dove
il centro è definito come il punto medio tra i centri di massa e il positivo
direzione va dal primo al secondo centro di massa. La direzione radiale va
da 0 a rmax o da -rmax a +rmax quando il -specchio l'opzione è stata impostata.

La normalizzazione dell'uscita si imposta con il -unità opzione. L'impostazione predefinita produce un vero
densità numerica. Unità nm-2 tralascia la normalizzazione per la media o l'angolare
direzione. Opzione contare produce il conteggio per ogni cella della griglia. Quando non vuoi il
scala in uscita per passare da zero alla densità massima, è possibile impostare il massimo con
l'opzione -dmax.

VERSIONI

Opzioni per specificare i file di input:

-f [<.xtc/.trr/...>] (tra.xtc)
Traiettoria: estasi TRR cpt gro g96 PDB TNG

-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr) (Facoltativo)
Struttura+massa (db): tpr gro g96 PDB interruzione

-n [<.ndx>] (indice.ndx) (Facoltativo)
File indice

Opzioni per specificare i file di output:

-od [<.dat>] (densmap.dat) (Facoltativo)
File di dati generici

-o [<.xpm>] (densmap.xpm)
File matrice compatibile con X PixMap

Altre opzioni:

-b (0)
Primo fotogramma (ps) da leggere dalla traiettoria

-e (0)
Ultimo fotogramma (ps) da leggere dalla traiettoria

-DT (0)
Usa frame solo quando t MOD dt = prima volta (ps)

-[Ora (In)
Visualizza output .xvg, .xpm, .eps e PDB file

-bidone (0.02)
Dimensione della griglia (nm)

-aver (Z)
La direzione su cui calcolare la media: z, y, x

-xmin (-1)
Coordinata minima per la media

-xmax (-1)
Coordinata massima per la media

-n1 (0)
Numero di celle della griglia nella prima direzione

-n2 (0)
Numero di celle della griglia nella seconda direzione

-amax (0)
Distanza assiale massima dal centro

-rmax (0)
Distanza radiale massima

-[no]specchio (In)
Aggiungi l'immagine speculare sotto l'asse assiale

-[no]somme (In)
Stampa le somme di densità (mappa 1D) su stdout

-unità (nm-3)
Unità per l'uscita: nm-3, nm-2, conteggio

-min (0)
Densità minima in uscita

-dmax (0)
Densità massima in uscita (0 significa calcolarla)

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