gmx-tune_pme - Online nel cloud

PROGRAMMA:

NOME

gmx-tune_pme - Tempo mdrun in funzione dei ranghi PME per ottimizzare le impostazioni

SINOSSI

gmx tune_pme [-s [<.tpr>]] [-cpi [<.cpt>]] [-tavolo [<.xvg>]]
[-tablet [<.xvg>]] [-tavolo [<.xvg>]]
[-tabella [<.xvg>]] [-ripetere [<.xtc/.trr/...>]]
[-uovo [<.edi>]] [-p [<.out>]] [-err [<.log>]]
[-così [<.tpr>]] [-o [<.trr/.cpt/...>]] [-x [<.xtc/.tng>]]
[-cpo [<.cpt>]] [-c [<.gro/.g96/...>]] [-e [<.edr>]]
[-g [<.log>]] [-dhdl [<.xvg>]] [-campo [<.xvg>]]
[-tpi [<.xvg>]] [-tpido [<.xvg>]] [-io [<.xvg>]]
[-devoto [<.xvg>]] [-runava [<.xvg>]] [-px [<.xvg>]]
[-pf [<.xvg>]] [-ro [<.xvg>]] [-RA [<.log>]]
[-r [<.log>]] [-rt [<.log>]] [-mtx [<.mtx>]]
[-dn [<.ndx>]] [-scambiare [<.xvg>]] [-BO [<.trr/.cpt/...>]]
[-bx [<.xtc>]] [-bcpo [<.cpt>]] [-avanti Cristo [<.gro/.g96/...>]]
[-essere [<.edr>]] [-bg [<.log>]] [-Beo [<.xvg>]]
[-bdhdl [<.xvg>]] [-bcampo [<.xvg>]] [-btpi [<.xvg>]]
[-btpid [<.xvg>]] [-bdevoto [<.xvg>]] [-brunava [<.xvg>]]
[-bpx [<.xvg>]] [-bpf [<.xvg>]] [-Fra [<.xvg>]]
[-reggiseno [<.log>]] [-br [<.log>]] [-brt [<.log>]]
[-bmx [<.mtx>]] [-bn [<.ndx>]] [-scambia [<.xvg>]]
[-xvg ] [-mdrun ] [-np ]
[-npstringa ] [-ntmpi ] [-r ]
[-Max ] [-min ] [-npm ] [-correzione ]
[-rmax ] [-min ] [-[no]scalevdw]
[-ntpr ] [-passi ] [-resetstep ]
[-npassi ] [-[no]lancio] [-[no]panca] [-[no]controlla]
[-id_gpu ] [-[no]aggiungi] [-[no]cpnum]
[-deffnm ]

DESCRIZIONE

Per un dato numero -np or -ntmpi di ranghi, gmx tune_pm sistematicamente volte gmx mdrun
con vari numeri di ranghi solo PME e determina quale impostazione è più veloce. Lo farà
verificare anche se le prestazioni possono essere migliorate spostando il carico dal reciproco al
spazio reale parte della somma di Ewald. Passa semplicemente il tuo .tpr file per gmx tune_pm insieme
con altre opzioni per gmx mdrun come necessario.

gmx tune_pm ha bisogno di chiamare gmx mdrun e quindi richiede di specificare come chiamare mdrun
con l'argomento al -mdrun parametro. A seconda di come hai costruito GROMACS, i valori
come 'gmx mdrun', 'gmx_d mdrun' o 'mdrun_mpi' potrebbero essere necessari.

Il programma che esegue i programmi MPI può essere impostato nella variabile d'ambiente MPIRUN (default
a 'mpirun'). Si noti che per alcuni framework MPI, è necessario fornire una macchina o
file host. Questo può anche essere passato tramite la variabile MPIRUN, ad es

export MPIRUN="/usr/local/mpirun -filemacchina padroni di casa" Si noti che in questi casi è
normalmente necessario per compilare e/o eseguire gmx tune_pm senza supporto MPI, in modo che possa
chiamare il programma MPIRUN.

Prima di eseguire le esecuzioni di benchmark effettive, gmx tune_pm farà un rapido controllo se gmx
mdrun funziona come previsto con le impostazioni parallele fornite se il -dai un'occhiata opzione è
attivato (impostazione predefinita). Per favore chiama gmx tune_pm con le normali opzioni passeresti
a gmx mdrun e aggiungere -np per il numero di ranghi su cui eseguire i test, o -ntmpi per
il numero di fili. Puoi anche aggiungere -r ripetere ogni test più volte per migliorare
statistiche.

gmx tune_pm può testare vari carichi di lavoro spazio reale / spazio reciproco per te. Insieme a -ntpr
controlli tu quanti extra .tpr i file verranno scritti con tagli ingranditi e più piccoli
Griglie di Fourier rispettivamente. Tipicamente, il primo test (numero 0) sarà con il
impostazioni dall'ingresso .tpr file; l'ultima prova (numero ntpr) avrà il Coulomb
cutoff specificato da -rmax con una griglia PME leggermente più piccola allo stesso tempo. In quest'ultimo
test, la spaziatura di Fourier viene moltiplicata per Rmax/rcoulomb. Il resto .tpr i file lo faranno
hanno raggi di Coulomb equidistanti (e spaziature di Fourier) tra questi estremi. Note: che
puoi impostare -ntpr a 1 se cerchi solo il numero ottimale di ranghi solo PME; in quel caso
il tuo input .tpr file rimarrà invariato.

Per le esecuzioni di benchmark, l'impostazione predefinita di 1000 intervalli di tempo dovrebbe essere sufficiente per la maggior parte dei sistemi MD.
Il bilanciamento del carico dinamico richiede circa 100 fasi temporali per adattarsi agli squilibri di carico locali,
quindi i contatori dei passi temporali vengono azzerati di default dopo 100 passi. Per grandi impianti
(>1M atomi), oltre che per una maggiore accuratezza delle misurazioni, si dovrebbe impostare
-resetstep ad un valore più alto. Dalle voci di squilibrio del carico 'DD' nell'output di md.log
file puoi dire dopo quanti passaggi il carico è sufficientemente bilanciato. Esempio di chiamata:

gmx tune_pm -np 64 -s proteine.tpr -lanciare

Dopo aver chiamato gmx mdrun più volte, informazioni dettagliate sulle prestazioni sono disponibili in
il file di output perf.out. Note: che durante i benchmark, un paio di file temporanei
sono scritti (opzioni -B*), questi verranno automaticamente cancellati dopo ogni prova.

Se si desidera che la simulazione venga avviata automaticamente con i parametri ottimizzati, utilizzare
l'opzione della riga di comando -lanciare.

Supporto di base per GPU abilitato mdrun esiste. Assegna una stringa contenente gli ID delle GPU
che si desidera utilizzare nell'ottimizzazione nel -id_gpu argomento della riga di comando. a differenza di
mdrun -id_gpu, ciò non implica una mappatura ma semplicemente l'insieme idoneo. g_tune_pme andrete a
costruisci chiamate a mdrun che usino questo set in modo appropriato, assumendo che PP abbia un rango basso
gli indici dovrebbero essere mappati su GPU con indici bassi e aumentando entrambi in modo monotono nel corso del
rispettivi set.

VERSIONI

Opzioni per specificare i file di input:

-s [<.tpr>] (topol.tpr)
File di input per eseguire xdr portatile

-cpi [<.cpt>] (stato.cpt) (Facoltativo)
File checkpoint

-tavolo [<.xvg>] (tabella.xvg) (Facoltativo)
file xvgr/xmgr

-tablet [<.xvg>] (tablet.xvg) (Facoltativo)
file xvgr/xmgr

-tavolo [<.xvg>] (tabella.xvg) (Facoltativo)
file xvgr/xmgr

-tabella [<.xvg>] (tabella.xvg) (Facoltativo)
file xvgr/xmgr

-ripetere [<.xtc/.trr/...>] (rieseguire.xtc) (Facoltativo)
Traiettoria: estasi TRR cpt gro g96 PDB TNG

-uovo [<.edi>] (sam.edi) (Facoltativo)
Ingresso di campionamento ED

Opzioni per specificare i file di output:

-p [<.out>] (perfezionato)
File di output generico

-err [<.log>] (becherr.log)
File di registro

-così [<.tpr>] (sintonizzato.tpr)
File di input per eseguire xdr portatile

-o [<.trr/.cpt/...>] (traj.trr)
Traiettoria di precisione completa: TRR cpt TNG

-x [<.xtc/.tng>] (traj_comp.xtc) (Facoltativo)
Traiettoria compressa (formato tng o formato xdr portatile)

-cpo [<.cpt>] (stato.cpt) (Facoltativo)
File checkpoint

-c [<.gro/.g96/...>] (confout.gro)
Scheda struttura: gro g96 PDB brk ent esp

-e [<.edr>] (energ.edr)
File di energia

-g [<.log>] (md.log)
File di registro

-dhdl [<.xvg>] (dhdl.xvg) (Facoltativo)
file xvgr/xmgr

-campo [<.xvg>] (campo.xvg) (Facoltativo)
file xvgr/xmgr

-tpi [<.xvg>] (tpi.xvg) (Facoltativo)
file xvgr/xmgr

-tpido [<.xvg>] (tpidist.xvg) (Facoltativo)
file xvgr/xmgr

-io [<.xvg>] (edsam.xvg) (Facoltativo)
file xvgr/xmgr

-devoto [<.xvg>] (deviazione.xvg) (Facoltativo)
file xvgr/xmgr

-runava [<.xvg>] (runaver.xvg) (Facoltativo)
file xvgr/xmgr

-px [<.xvg>] (pullx.xvg) (Facoltativo)
file xvgr/xmgr

-pf [<.xvg>] (pull.xvg) (Facoltativo)
file xvgr/xmgr

-ro [<.xvg>] (rotazione.xvg) (Facoltativo)
file xvgr/xmgr

-RA [<.log>] (rotangles.log) (Facoltativo)
File di registro

-r [<.log>] (rotslabs.log) (Facoltativo)
File di registro

-rt [<.log>] (rottorque.log) (Facoltativo)
File di registro

-mtx [<.mtx>] (nm.mtx) (Facoltativo)
matrice dell'Assia

-dn [<.ndx>] (dipolo.ndx) (Facoltativo)
File indice

-scambiare [<.xvg>] (swapions.xvg) (Facoltativo)
file xvgr/xmgr

-BO [<.trr/.cpt/...>] (banco.trr)
Traiettoria di precisione completa: TRR cpt TNG

-bx [<.xtc>] (banco.xtc)
Traiettoria compressa (formato xdr portatile): xtc

-bcpo [<.cpt>] (banco.cpt)
File checkpoint

-avanti Cristo [<.gro/.g96/...>] (panchina.gro)
Scheda struttura: gro g96 PDB brk ent esp

-essere [<.edr>] (panchina.edr)
File di energia

-bg [<.log>] (banco.log)
File di registro

-Beo [<.xvg>] (benchedo.xvg) (Facoltativo)
file xvgr/xmgr

-bdhdl [<.xvg>] (benchdhdl.xvg) (Facoltativo)
file xvgr/xmgr

-bcampo [<.xvg>] (benchfld.xvg) (Facoltativo)
file xvgr/xmgr

-btpi [<.xvg>] (benchpi.xvg) (Facoltativo)
file xvgr/xmgr

-btpid [<.xvg>] (bechtpid.xvg) (Facoltativo)
file xvgr/xmgr

-bdevoto [<.xvg>] (benchdev.xvg) (Facoltativo)
file xvgr/xmgr

-brunava [<.xvg>] (benchrnav.xvg) (Facoltativo)
file xvgr/xmgr

-bpx [<.xvg>] (benchpx.xvg) (Facoltativo)
file xvgr/xmgr

-bpf [<.xvg>] (benchpf.xvg) (Facoltativo)
file xvgr/xmgr

-Fra [<.xvg>] (benchrot.xvg) (Facoltativo)
file xvgr/xmgr

-reggiseno [<.log>] (benchrota.log) (Facoltativo)
File di registro

-br [<.log>] (benchrots.log) (Facoltativo)
File di registro

-brt [<.log>] (benchrott.log) (Facoltativo)
File di registro

-bmx [<.mtx>] (panca.mtx) (Facoltativo)
matrice dell'Assia

-bn [<.ndx>] (panca.ndx) (Facoltativo)
File indice

-scambia [<.xvg>] (benchswp.xvg) (Facoltativo)
file xvgr/xmgr

Altre opzioni:

-xvg
formattazione della trama xvg: xmgrace, xmgr, none

-mdrun
Riga di comando per eseguire una simulazione, ad esempio 'gmx mdrun' o 'mdrun_mpi'

-np (1)
Numero di gradi su cui eseguire i test (deve essere > 2 per gradi PME separati)

-npstringa (np)
Nome del $MPIRUN opzione che specifica il numero di ranghi da utilizzare ('np', o 'n';
usa 'none' se non esiste tale opzione): np, n, none

-ntmpi (1)
Numero di thread MPI su cui eseguire i test (disattiva MPI e mpirun)

-r (2)
Ripeti spesso ogni test

-Max (0.5)
Frazione massima di gradi PME con cui testare

-min (0.25)
Frazione minima dei ranghi PME con cui eseguire il test

-npm (auto)
All'interno di -min e -max, confronta tutti i valori possibili per -npm, o solo un ragionevole
sottoinsieme. Auto trascura -min e -max e sceglie valori ragionevoli intorno a un'ipotesi
per npme derivato da .tpr: auto, all, subset

-correzione (-2)
Se >= -1, non variare il numero di ranghi solo PME, utilizzare invece questo valore fisso
e variare solo rcoulomb e la spaziatura della griglia PME.

-rmax (0)
Se >0, rcoulomb massimo per -ntpr>1 (l'upscaling di rcoulomb risulta in una griglia di Fourier
ridimensionamento)

-min (0)
Se >0, rcoulomb minimo per -ntpr>1

-[no]scalevdw (sì)
Scala rvdw insieme a rcoulomb

-ntpr (0)
Numero di .tpr file da confrontare. Crea questo numero di file con diversi rcoulomb
fattori di scala dipendenti da -rmin e -rmax. Se < 1, scegli automaticamente il
numero di .tpr file da testare

-passi (1000)
Prendi i tempi per così tanti passaggi nelle esecuzioni di benchmark

-resetstep (100)
Lascia che dlb equilibri questi molti passaggi prima che vengano presi i tempi (ripristina i contatori dei cicli)
dopo tanti passaggi)

-npassi (-1)
Se non negativo, esegui questo numero di passaggi nell'esecuzione reale (sovrascrive npassi da
.tpr, Aggiungere .cpt passaggi)

-[no]lancio (In)
Avvia la simulazione reale dopo l'ottimizzazione

-[no]panca (sì)
Esegui i benchmark o crea semplicemente l'input .tpr file?

-[no]controlla (sì)
Prima che venga eseguito il benchmark, controlla se mdrun funziona in parallelo

-id_gpu
Elenco di ID dispositivo GPU idonei per l'uso (a differenza di mdrun, non ne implica nessuno
Mappatura)

-[no]aggiungi (sì)
Aggiungi ai file di output precedenti quando continui dal checkpoint invece di aggiungere
il numero di parte della simulazione a tutti i nomi di file (solo per il lancio)

-[no]cpnum (In)
Mantieni e numera i file del punto di controllo (solo avvio)

-deffnm
Imposta i nomi dei file predefiniti (solo avvio)

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