gt-extractfeat - Online nel cloud

PROGRAMMA:

NOME

gt-extractfeat - Estrae le funzionalità fornite nel file GFF3 dal file di sequenza.

SINOSSI

gt estrazione [opzione...] [GFF3_file]

DESCRIZIONE

-Type [stringa]
imposta il tipo di feature da estrarre (predefinito: non definito)

-aderire [si|no]
unire sequenze di feature nello stesso sottografo in una singola (impostazione predefinita: no)

-tradurre [si|no]
tradurre le caratteristiche (di una sequenza di DNA) in proteine ​​(default: no)

-seqide [si|no]
aggiungi l'ID sequenza delle feature estratte alle descrizioni FASTA (default: no)

-bersaglio [si|no]
aggiungi gli ID di destinazione delle caratteristiche estratte alle descrizioni FASTA (impostazione predefinita: no)

-corde [si|no]
aggiungi la posizione delle caratteristiche estratte alle descrizioni FASTA (impostazione predefinita: no)

-retainidi [si|no]
usa gli attributi ID delle feature estratte come descrizioni FASTA (default: no)

-codice g [APPREZZIAMO]
specificare il codice genetico da utilizzare (predefinito: 1)

-fileseq [Nome del file]
imposta il file di sequenza da cui prendere le sequenze (default: undefined)

-ecc [Nome del file]
imposta il nome indice della sequenza codificata da cui prendere le sequenze (predefinito:
non definito)

-files
impostare i file di sequenza da cui estrarre le funzionalità da utilizzare -- per chiudere la lista
di file di sequenza

-matchdesc [si|no]
cercare le descrizioni della sequenza dai file di input per gli ID di sequenza desiderati (in
GFF3), riportando la prima corrispondenza (default: no)

-matchdescstart [si|no]
corrispondere esattamente alle descrizioni della sequenza dai file di input per la sequenza desiderata
ID (in GFF3) dall'inizio al primo spazio bianco (predefinito: no)

-usato [si|no]
utilizzare le descrizioni della sequenza per mappare gli ID della sequenza (in GFF3) alla sequenza effettiva
inserimenti. Se una descrizione contiene un intervallo di sequenza (ad es. III:1000001..2000000), il
la prima parte è usata come ID di sequenza (III) e la posizione del primo intervallo come offset
(1000001) (predefinito: no)

- mappatura delle regioni [stringa]
imposta il file contenente la regione della sequenza sulla mappatura del file della sequenza (predefinito: non definito)

-v [si|no]
essere prolisso (predefinito: no)

-larghezza [APPREZZIAMO]
imposta la larghezza di output per la stampa in sequenza FASTA (0 disabilita la formattazione) (default: 0)

-o [Nome del file]
reindirizza l'output al file specificato (predefinito: non definito)

-gzip [si|no]
scrivi file di output compresso gzip (predefinito: no)

-bzip2 [si|no]
scrivere file di output compresso bzip2 (impostazione predefinita: no)

-vigore [si|no]
forza la scrittura nel file di output (impostazione predefinita: no)

-Aiuto
visualizza la guida ed esci

-versione
visualizza le informazioni sulla versione ed esci

Numeri di codice genetico per opzione -codice g:

1: Standard 2: Vertebrato Mitocondriale 3: Lievito Mitocondriale 4: Muffa Mitocondriale;
Protozoo mitocondriale; Celenterato mitocondriale; Micoplasma; Spiroplasma 5:
Invertebrato Mitocondriale 6: Ciliate Nucleare; Dasicladaceo nucleare; Hexamita nucleare 9:
Echinoderma mitocondriale; Verme piatto Mitocondriale 10: Euplotid Nucleare 11: Batterico,
Archaeal e Plant Plastid 12: Lievito Alternativo Nucleare 13: Ascidia Mitocondriale 14:
Verme piatto alternativo Mitocondriale 15: Blefarismo Macronucleare 16: Cloroficeo
Mitocondriale 21: Trematode Mitocondriale 22: Scenedesmus obliquus Mitocondriale 23:
Thraustochytrium Mitocondriale 24: Pterobranchia Mitocondriale 25: Divisione Candidato SR1
e Gracilibatteri

Formato file per opzione - mappatura delle regioni:

Il file fornito all'opzione -regionmapping definisce una "mapping". Una mappatura mappa il
voci di regione di sequenza fornite nel GFF3_file in un file di sequenza contenente il
sequenza corrispondente. Le mappature possono essere definite in una delle due forme seguenti:

mappatura = {
chr1 = "hs_ref_chr1.fa.gz",
chr2 = "hs_ref_chr2.fa.gz"
}

or

mappatura delle funzioni (sequence_region)
return "hs_ref_"..sequence_region..".fa.gz"
fine

La prima forma definisce un Lua (http://www.lua.org) tabella denominata “mapping” che mappa ciascuno
regione di sequenza al file di sequenza corrispondente. Il secondo definisce una funzione Lua
“mapping”, che deve restituire il nome del file di sequenza quando viene chiamato con il
sequenza_regione come argomento.

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