gt-select - Online nel cloud

PROGRAMMA:

NOME

gt-select - Seleziona alcune funzionalità (specificate dalle opzioni utilizzate) da un dato GFF3
File).

SINOSSI

gt select [opzione ...] [file_GFF3 ...]

DESCRIZIONE

-retainidi [si|no]
quando disponibili, utilizzare gli ID originali forniti nel file sorgente (consumo di memoria
è proporzionale alle dimensioni del file di input) (predefinito: no)

-seqide [stringa]
selezionare la funzione con l'ID di sequenza specificato (tutti i commenti sono selezionati). (predefinito:
non definito)

-fonte [stringa]
seleziona la funzione con la fonte data (la fonte è la colonna 2 nelle normali righe GFF3)
(predefinito: non definito)

-contenere [inizia a fine]
seleziona tutte le caratteristiche che sono contenute nell'intervallo dato (predefinito: non definito)

-sovrapposizione [inizia a fine]
seleziona tutte le caratteristiche che si sovrappongono all'intervallo specificato (impostazione predefinita: non definito)

-filo [stringa]
seleziona tutte le caratteristiche di primo livello (cioè le caratteristiche senza genitori) il cui filo è uguale a
dato uno (deve essere uno di +-.?) (predefinito: non definito)

- filo di destinazione [stringa]
seleziona tutte le funzionalità di livello superiore (cioè le funzionalità senza genitori) che ne hanno esattamente una
attributo target il cui filamento è uguale a quello dato (deve essere uno di +-.?) (predefinito:
non definito)

-migliore obiettivo [si|no]
se più funzionalità di primo livello (cioè funzionalità senza genitori) con esattamente una
l'attributo target ha lo stesso target_id, mantieni solo la caratteristica con il punteggio migliore.
Se -targetstrand viene utilizzato contemporaneamente, questa opzione viene applicata dopo -targetstrand.
Il consumo di memoria è proporzionale alle dimensioni del file di input. (predefinito: no)

-hascd [si|no]
seleziona tutte le funzionalità di livello superiore che hanno un figlio CDS (impostazione predefinita: no)

-maxgenelength [APPREZZIAMO]
seleziona i geni fino alla lunghezza massima data (default: undefined)

-maxgenenum [APPREZZIAMO]
seleziona i primi geni fino al numero massimo indicato (default: undefined)

- punteggio mingene [APPREZZIAMO]
seleziona i geni con il punteggio minimo dato (predefinito: non definito)

- punteggio massimo [APPREZZIAMO]
seleziona i geni con il punteggio massimo dato (predefinito: non definito)

-minaveragesp [APPREZZIAMO]
imposta la probabilità media minima del sito di giunzione (predefinito: non definito)

-file_regola
specificare i file delle regole di filtro Lua da utilizzare per la selezione (terminare l'elenco con --)

-regola_logica [...]
seleziona come devono essere combinati più file Lua scegli da AND|OR (predefinito: AND)

-drop_file [Nome del file]
salva le caratteristiche non selezionate su file (predefinito: non definito)

-v [si|no]
essere prolisso (predefinito: no)

-o [Nome del file]
reindirizza l'output al file specificato (predefinito: non definito)

-gzip [si|no]
scrivi file di output compresso gzip (predefinito: no)

-bzip2 [si|no]
scrivere file di output compresso bzip2 (impostazione predefinita: no)

-vigore [si|no]
forza la scrittura nel file di output (impostazione predefinita: no)

-Aiuto
visualizza la guida ed esci

-versione
visualizza le informazioni sulla versione ed esci

Formato file per opzione -file_regola:

I file forniti all'opzione -file_regola definire una funzione per il filtraggio in base all'utente dato
criteri (vedi esempio sotto):

funzione filtro (gn)
target = "esone"
per curnode in gn:children() do
if (curnode:get_type() == target) allora
restituire false
fine
fine
ritorna vero
fine

La funzione sopra scorre su tutti i figli di gn e controlla se c'è un nodo di
Digitare esone. Se esiste un tale nodo la funzione restituisce falso, indicando che il genitore
nodo gn non sarà risolto.

NOTA: la funzione deve essere nominata filtro e deve tornare falso, indicando che il nodo
sopravvissuto al processo di filtraggio.

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