hmmsearch - Online nel cloud

PROGRAMMA:

NOME

hmmsearch - cerca il/i profilo/i in un database di sequenze

SINOSSI

hmmcerca [opzioni]

DESCRIZIONE

hmmcerca viene utilizzato per cercare uno o più profili in un database di sequenze. Per ciascuno
profilo in , usa quel profilo di query per cercare nel database di destinazione delle sequenze in
, ed emette elenchi ordinati delle sequenze con le corrispondenze più significative al
profilo. Per creare profili da più allineamenti, vedere hmmbuild.

O la domanda o il bersaglio può essere '-' (un trattino), in cui
caso il profilo della query o l'input del database di destinazione verrà letto da a pipa invece
di da un file. Può passare solo una sorgente di ingresso , non entrambi. Un'eccezione è
che se il contiene più di una query di profilo, quindi non può venire da
, perché non possiamo riavvolgere il database di destinazione dello streaming per cercarlo con un altro
profilo.

Il formato di output è progettato per essere leggibile dall'uomo, ma è spesso così voluminoso che
leggerlo non è pratico e analizzarlo è una seccatura. Il --tblout e --domtblout Opzioni
salva l'output in semplici formati tabulari che sono concisi e più facili da analizzare. Il -o opzione
consente di reindirizzare l'output principale, incluso l'eliminazione in /dev/null.

VERSIONI

-h Aiuto; stampa un breve promemoria dell'utilizzo della riga di comando e di tutte le opzioni disponibili.

VERSIONI PER CONTROLLARE USCITA

-o Dirigere l'output principale leggibile dall'uomo in un file invece dello stdout predefinito.

-A Salva un allineamento multiplo di tutti i colpi significativi (quelli soddisfacenti inclusione
soglie) al file .

--tblout
Salva un semplice file tabulare (delimitato da spazi) che riassume l'output per target,
con una linea dati per sequenza target omologa trovata.

--domtblout
Salva un semplice file tabulare (delimitato da spazi) che riassume l'output per dominio,
con una linea dati per dominio omologo rilevata in una sequenza di query per ciascuno
modello omologo.

--acc Usa le accessioni invece dei nomi nell'output principale, ove disponibile per i profili
e/o sequenze.

--noali
Ometti la sezione di allineamento dall'output principale. Questo può ridurre notevolmente l'output
volume.

--notextw
Unlimitare la lunghezza di ogni riga nell'output principale. L'impostazione predefinita è un limite di 120
caratteri per riga, che aiuta a visualizzare l'output in modo pulito sui terminali e
negli editor, ma può troncare le righe di descrizione del profilo di destinazione.

--testow
Imposta il limite di lunghezza della linea dell'output principale su caratteri per riga. L'impostazione predefinita è
120

VERSIONI CONTROLLARE REPORTING SOGLIE

Le soglie di reporting controllano quali hit vengono segnalati nei file di output (l'output principale,
--tbloute --domtblout). Gli hit di sequenza e gli hit di dominio sono classificati in base alle statistiche
significatività (E-value) e l'output è generato in due sezioni chiamate per-target e per-
uscita del dominio. Nell'output per target, per impostazione predefinita, tutte le sequenze hit con un valore E <= 10
sono segnalati. Nell'output per dominio, per ogni target che ha superato per target
soglie di segnalazione, vengono segnalati tutti i domini che soddisfano le soglie di segnalazione per dominio.
Per impostazione predefinita, questi sono domini con valori E condizionali di <= 10. Le seguenti opzioni
consentono di modificare le soglie di segnalazione predefinite del valore E o di utilizzare il punteggio in bit
soglie invece.

-E Nell'output per target, riportare le sequenze target con un valore E di <= .
il valore predefinito è 10.0, il che significa che in media verranno segnalati circa 10 falsi positivi
per query, così puoi vedere la parte superiore del rumore e decidere tu stesso se lo è
davvero rumore.

-T Invece di limitare l'output per profilo su E-value, invece di segnalare target
sequenze con un po' di punteggio >= .

--cupola
Nell'output per dominio, per le sequenze target che hanno già soddisfatto il per-
soglia di segnalazione del profilo, segnalare i singoli domini con un E-value condizionale
di <= . Il valore predefinito è 10.0. Un valore E condizionale indica il numero atteso
di domini falsi positivi aggiuntivi nello spazio di ricerca più piccolo di quelli
confronti che hanno già soddisfatto la soglia di segnalazione per target (e quindi
deve già avere almeno un dominio omologo).

--domT
Invece di limitare l'output per dominio su E-value, segnala invece i domini con a
bit score di >= .

VERSIONI PER INCLUSIONE SOGLIE

Le soglie di inclusione sono più rigide delle soglie di segnalazione. Controllo delle soglie di inclusione
quali hit sono considerati sufficientemente affidabili da essere inclusi in un allineamento di output o a
round di ricerca successivo o contrassegnato come significativo ("!") anziché discutibile ("?")
nell'output del dominio.

--incE
Usa un valore E di <= come soglia di inclusione per target. L'impostazione predefinita è
0.01, il che significa che in media ci si aspetterebbe circa 1 falso positivo in ogni
100 ricerche con diverse sequenze di query.

--incT
Invece di usare i valori E per impostare la soglia di inclusione, usa invece un bit
punteggio di >= come soglia di inclusione per target. Per impostazione predefinita questa opzione è
non settato.

--incdomE
Usa un valore E condizionale di <= come soglia di inclusione per dominio, in
obiettivi che hanno già soddisfatto la soglia di inclusione complessiva per obiettivo.
L'impostazione predefinita è 0.01.

--incdomT
Invece di usare i valori E, usa un bit score di >= come inclusione per dominio
soglia.

VERSIONI PER SPECIFICHE DEL MODELLO PUNTO SOGLIA

I database dei profili curati possono definire soglie di punteggio bit specifiche per ciascun profilo,
superando qualsiasi soglia basata sulla sola significatività statistica.

Per utilizzare queste opzioni, il profilo deve contenere l'appropriato (GA, TC e/o NC)
annotazione facoltativa della soglia del punteggio; questo è preso da hmmbuild dal formato Stoccolma
file di allineamento. Ogni opzione di soglia ha due punteggi: la soglia per sequenza
e la soglia per dominio Questi si comportano come se -T --incT --domT
--incdomT è stato applicato in modo specifico utilizzando le soglie curate di ciascun modello.

--cut_ga
Utilizzare i punteggi in bit GA (raccolta) nel modello per impostare per-sequence (GA1) e per-
rendicontazione del dominio (GA2) e soglie di inclusione. Le soglie GA sono generalmente
considerate le soglie curate affidabili che definiscono l'appartenenza alla famiglia; per
esempio, in Pfam, queste soglie definiscono cosa viene incluso in Pfam Full
allineamenti basati su ricerche con modelli Pfam Seed.

--cut_nc
Utilizzare le soglie del punteggio di bit NC (riduzione del rumore) nel modello per impostare per sequenza
(NC1) e soglie di reporting e inclusione per dominio (NC2). Le soglie NC sono
generalmente considerato il punteggio del falso positivo noto con il punteggio più alto.

--cut_tc
Utilizzare le soglie del punteggio di bit TC (trusted cutoff) nel modello per impostare per sequenza
(TC1) e soglie di reporting e inclusione per dominio (TC2). Le soglie TC sono
generalmente considerato come il punteggio del vero positivo noto con il punteggio più basso che
è soprattutto noto falsi positivi.

VERSIONI CONTROLLARE IL ACCELERAZIONE TUBATURA

Le ricerche HMMER3 vengono accelerate in una pipeline di filtri in tre fasi: il filtro MSV, il
Filtro Viterbi e il filtro Forward. Il primo filtro è il più veloce e il più
approssimativo; l'ultimo è l'algoritmo di punteggio Forward completo. C'è anche un filtro bias
passo tra MSV e Viterbi. Obiettivi che superano tutti i passaggi della pipeline di accelerazione
vengono quindi sottoposti a post-elaborazione: identificazione e punteggio del dominio utilizzando il
Algoritmo avanti/indietro.

La modifica delle soglie di filtro rimuove o include solo gli obiettivi dalla considerazione; mutevole
le soglie di filtro non alterano i punteggi in bit, i valori E o gli allineamenti, che sono tutti
determinato esclusivamente in post-elaborazione.

--max Disattiva tutti i filtri, incluso il filtro bias, ed esegui completamente avanti/indietro
postprocessing su ogni target. Ciò aumenta in qualche modo la sensibilità, in larga misura
costo in velocità.

--F1
Impostare la soglia del valore P per il passaggio del filtro MSV. Il valore predefinito è 0.02, il che significa
che circa il 2% dei bersagli non omologhi con il punteggio più alto dovrebbe passare
il filtro.

--F2
Impostare la soglia del valore P per il passo del filtro di Viterbi. Il valore predefinito è 0.001.

--F3
Impostare la soglia del valore P per il passaggio del filtro Forward. L'impostazione predefinita è 1e-5.

--nobia
Disattiva il filtro bias. Questo aumenta in qualche modo la sensibilità, ma può arrivare a
costi elevati in termini di velocità, soprattutto se la query ha una composizione del residuo distorta (come
una regione di sequenza ripetitiva, o se si tratta di una proteina di membrana con ampie regioni di
idrofobicità). Senza il filtro bias, troppe sequenze potrebbero passare il filtro
con query distorte, che portano a prestazioni più lente del previsto in quanto
gli algoritmi avanti/indietro computazionalmente intensivi sopportano un anormalmente pesante
caricare.

ALTRO VERSIONI

--nonull2
Disattiva le correzioni del punteggio null2 per la composizione distorta.

-Z Afferma che il numero totale di target nelle tue ricerche è , per gli scopi
di calcoli del valore E per sequenza, piuttosto che il numero effettivo di obiettivi
visto.

--domZ
Afferma che il numero totale di target nelle tue ricerche è , per gli scopi
di calcoli del valore E condizionale per dominio, piuttosto che il numero di obiettivi
che hanno superato le soglie di segnalazione.

--seme
Imposta il seme del numero casuale su . Alcuni passaggi nella post-elaborazione richiedono Monte
Simulazione di Carlo. L'impostazione predefinita è utilizzare un seme fisso (42), in modo che i risultati siano
esattamente riproducibile. Qualsiasi altro numero intero positivo darà diverso (ma anche
riproducibili) risultati. Una scelta di 0 utilizza un seme scelto a caso.

--tformato
Affermare che il file del database della sequenza di destinazione è in formato . Formati accettati
includere veloce, emblema, banca gen, ddbj, Uniprot, Stoccolma, pfam, a2me AFA.
l'impostazione predefinita è il rilevamento automatico del formato del file.

--processore
Imposta il numero di thread di lavoro paralleli su . Per impostazione predefinita, HMMER lo imposta su
il numero di core della CPU che rileva nella tua macchina, ovvero cerca di massimizzare
l'uso dei core del processore disponibili. Collocamento superiore al numero di
i core disponibili hanno poco o nessun valore, ma potresti volerlo impostare su qualcosa
meno. Puoi anche controllare questo numero impostando una variabile di ambiente,
HMMER_NCPU.

Questa opzione è disponibile solo se HMMER è stato compilato con il supporto dei thread POSIX.
Questa è l'impostazione predefinita, ma potrebbe essere stata disattivata in fase di compilazione per il tuo sito
o macchina per qualche motivo.

--stalla
Per il debug della versione master/worker MPI: pausa dopo l'avvio, per abilitare il
sviluppatore per collegare i debugger ai processi master e worker in esecuzione. Spedire
Segnale SIGCONT per rilasciare la pausa. (Sotto gdb: (Gdb) segnale PROSSIMO CONTO) (Soltanto
disponibile se il supporto MPI opzionale è stato abilitato in fase di compilazione.)

--mpi Esegui in modalità master/lavoratore MPI, usando mpirun. (Disponibile solo se MPI . opzionale
il supporto è stato abilitato in fase di compilazione.)

Usa hmmsearch online utilizzando i servizi onworks.net