Questo è il comando kalign che può essere eseguito nel provider di hosting gratuito OnWorks utilizzando una delle nostre molteplici workstation online gratuite come Ubuntu Online, Fedora Online, emulatore online Windows o emulatore online MAC OS
PROGRAMMA:
NOME
kalign - esegue l'allineamento multiplo di sequenze biologiche.
SINOSSI
kalign [infile.fasta] [outfile.fasta] [Opzioni]
kalign [-io infile.fasta] [-O outfile.fasta] [Opzioni]
kalign [< infile.fasta] [> outfile.fasta] [Opzioni]
DESCRIZIONE
Kaligna è uno strumento da riga di comando per eseguire allineamenti multipli di sequenze biologiche. Esso
utilizza l'algoritmo di corrispondenza delle stringhe Muth?Manber, per migliorare sia la precisione che la velocità
dell'allineamento. Utilizza un approccio di allineamento globale e progressivo, arricchito dall'impiego di un
algoritmo approssimativo di corrispondenza delle stringhe per calcolare le distanze di sequenza e incorporando
corrispondenze locali nell'allineamento altrimenti globale.
VERSIONI
-s -gpo -aperta -gap_open x
Pena di gap aperto.
-e -gpe -gap_ext -gapeextension x
Penalità per l'estensione del gap.
-t -tgpe -terminal_gap_extension_penalty x
Sanzioni per gap terminale.
-m -bonus -matrice_bonus x
Una costante aggiunta alla matrice di sostituzione.
-c -ordinare <ingresso, albero, lacune.>
L'ordine in cui le sequenze vengono visualizzate nell'allineamento dell'output.
-g -caratteristica
Seleziona la modalità della funzione e specifica quali funzioni devono essere utilizzate: ad es. all, maxplp,
STRUTTURA, PFAM-A?
-stesso_punteggio_funzione
Punteggio per l'allineamento delle stesse caratteristiche.
-diff_funzionalità_punteggio
Penalità per l'allineamento di caratteristiche diverse.
-d -distanza <wu, coppia>
Metodo della distanza
-b -albero -albero-guida <nj, upgma>
Metodo dell'albero guida.
-z -ztaglio
Parametro utilizzato nel calcolo della distanza basato su wu-manber.
-i -in -ingresso
Nome del file di input.
-o -su -produzione
Nome del file di output.
-a -gap_inc
Aumenta le penalità di gap a seconda del numero di gap esistenti.
-f -formato <veloce, msf, aln, ci, macsim>
Il formato di output.
-q -silenzioso
Non stampare nulla su STDERR. Non leggere nulla da STDIN.
BIBLIOGRAFIA
· Timo Lassmann ed Erik LL Sonnhammer (2005) Kalign - un multiplo preciso e veloce
Algoritmo di allineamento della sequenza. BMC Bioinformatica 6:298
· Timo Lassmann, Oliver Frings e Erik LL Sonnhammer (2009) Kalign2:
allineamento multiplo ad alte prestazioni di sequenze di proteine e nucleotidi che consentono
caratteristiche esterne. Ricerca sugli acidi nucleici 3:858?865.
AUTORI
Timo Lasmann <[email protected]>
Autore a monte di Kalign.
Charles Plessy <[email protected]>
Ha scritto la pagina di manuale.
COPYRIGHT
Copyright © 2004, 2005, 2006, 2007, 2008 Timo Lassmann
Kalign è un software gratuito. Puoi ridistribuirlo e/o modificarlo secondo i termini del
GNU General Public License come pubblicato dalla Free Software Foundation.
Questa pagina di manuale è stata scritta da Charles Plessy[email protected]> per Debian(TM)
sistema (ma può essere utilizzato da altri). È concesso il permesso di copiare, distribuire e/o
modificare questo documento negli stessi termini di kalign stesso.
Sui sistemi Debian, il testo completo della GNU General Public License versione 2 può essere
trovato in /usr/share/licenze-comuni/GPL-2.
Usa kalign online utilizzando i servizi onworks.net
