mustang - Online nel cloud

PROGRAMMA:

NOME

mustang - un algoritmo di allineamento strutturale multiplo

SINOSSI

mustang,en [Opzioni] file...

DESCRIZIONE

Questa pagina di manuale documenta brevemente il mustang,en comando.

Mustang è un programma che implementa un algoritmo per l'allineamento strutturale di multipli
strutture proteiche. Dato un insieme di file PDB, il programma utilizza le informazioni spaziali in
gli atomi di Calpha dell'insieme per produrre un allineamento di sequenza. Basato su un progressivo
euristico a coppie l'algoritmo procede quindi attraverso una serie di passaggi di raffinamento.
Mustang riporta l'allineamento di sequenze multiple e la corrispondente sovrapposizione di
strutture.

Per mantenere la riga di comando breve, l'utente può scrivere il percorso e i nomi dei file in a
(descrizione) e fornire il file di descrizione alla riga di comando utilizzando il '-f'
opzione. Ad esempio, vedere il file utilizzato per testare l'installazione:
'/usr/share/doc/mustang/examples/test_zf-CCHH'.

PATH dovrebbe avere un prefisso '>'. Quando il programma analizza questo file, cerca la riga
iniziando con il simbolo '>' (gli spazi bianchi vengono ignorati prima e dopo il simbolo). Il sentiero
devono seguire i file PDB delle strutture da allineare. Vedi ad esempio:
/usr/share/doc/mustang/examples/test_zf-CCHH'.

I FILENAME dovrebbero avere un prefisso '+' (gli spazi bianchi vengono ignorati prima e dopo questo simbolo).
Se viene specificato PATH, devono essere forniti solo i nomi dei file dopo il simbolo '+'.
Tuttavia, se la linea PATH NON è fornita, allora i percorsi assoluti/relativi della struttura
i file dovrebbero essere forniti.

Il formato del file di descrizione è descritto ulteriormente nella sezione -f opzione CmdLine).

VERSIONI

Di seguito è riportato un riepilogo delle opzioni.

-p
Percorso alla directory contenente le strutture (PDB) da allineare.

-i ...
Strutture di input da allineare. Nota: se -p l'opzione viene utilizzata nella riga di comando,
fornire solo i nomi dei file delle strutture; se no dai l'assoluto/relativo
percorso di ciascuna delle strutture di input.

-f <descrizione file>
Questa opzione serve per EVITARE di inserire il percorso (-p) e il nome del file (-i) dettagli in
la riga di comando. Invece, per mantenere la riga di comando breve, l'utente può inserire il
i dettagli del percorso e del nome del file in un file "descrizione" e fornirlo nel comando
linea. Il formato del "file di descrizione" è ulteriormente discusso nel
sezione 'DESCRIZIONE' sopra. Nota: le opzioni { -p , -i} e {-f} sono reciprocamente
esclusiva.

-o <uscita identificatore>
Un identificatore comune per vari output del programma. Estensioni appropriate
(per esempio .html .pdb, .msf) verrà aggiunto a questo
identificatore a seconda delle opzioni specificate dall'utente nella riga di comando.
Identificatore di output PREDEFINITO: 'risultati'

-F
Formato di output dell'allineamento. Le scelte per sono: 'html', 'fasta', 'pir',
'msf'. Formato PREDEFINITO: 'html'

-D [CA-CA diametro]
Produrre un file HTML dove i residui sono riportati in minuscolo con grigio
sfondo quando il diametro CA-CA allineato (sovrapposto) dei residui in una colonna di
l'allineamento è > la soglia del diametro CA-CA.

-s [ / ]
Generare un file PDB contenente la sovrapposizione ottimale di tutte le strutture basate su
l'allineamento. PREDEFINITA: 'ON'.

-r [ / ]
Stampa su un file tabella rmsd di sovrapposizione multipla insieme alla matrice di rotazione e
vettore di traslazione corrispondente a ciascuna struttura di input. PREDEFINITA: 'OFF'.

--Aiuto visualizza un messaggio di aiuto ed esce.

--versione
informazioni sulla versione di output e uscite.

AUTORI

Mustang è stato scritto da AS Konagurthu, utilizzando l'algoritmo di AS Konagurthu et al.
(vedi RIFERIMENTO)

UOMO PAGINA

Questa pagina man è stata originariamente prodotta da Morten Kjeldgaard ([email protected]) usando il
informazioni da Mustang's opzione --help.

RIFERIMENTO

AS Konagurthu, J. Whisstock, PJ Stuckey e AM Lesk, MUSTANG: un multiplo
algoritmo di allineamento strutturale, Proteine, 64(3) 559-574 (2006).

INSETTO REPORT

arun AT csse DOT unimelb DOT edu DOT au

Usa mustang online utilizzando i servizi onworks.net