norsnet - Online nel cloud

PROGRAMMA:

NOME

norsnet - identifica i loop non strutturati dalla sequenza

SINOSSI

norsnet

DESCRIZIONE

NORSnet è un metodo basato su reti neurali che si concentra sull'identificazione di
loop non strutturati.

NORSnet è stato addestrato a distinguere tra segmenti contigui molto lunghi con
struttura secondaria (regioni NORS) e proteine ​​ben ripiegate. NORSnet è stato addestrato su
informazioni predette piuttosto che su dati sperimentali. Pertanto, è stato ottimizzato su a
dati di grandi dimensioni, che non sono influenzati dai mezzi sperimentali odierni per catturare il disordine. Così,
NORSnet ha raggiunto le regioni nello spazio di sequenza che non sono coperte dallo specialista
predittori di disturbo. Uno svantaggio di questo approccio è che non è ottimale per
identificazione della regione disordinata "media".

Conversione of ESPLOSIONE PSI allineamento a HSSP formato
La procedura più aggiornata è disponibile su
.

1. Converti l'output BLAST in un formato di allineamento singolo (SAF):
/usr/share/librg-utils-perl/blast2saf.pl fasta= maxAli=3000 eSaf=1 \
sicuro=

2. Converti il ​​formato SAF in HSSP:
/usr/share/librg-utils-perl/copf.pl formatIn=saf formatOut=hssp \
fileOut= exeConvertSeq=convert_seq

3. Filtra i risultati fino all'80% di ridondanza:
/usr/share/librg-utils-perl/hssp_filter.pl red=80 fileOut=

Uscita formato
Uscita modo 1

Output tabulare, colonne:

numero di aminoacidi pos (1..)
codice residuo di 1 lettera di res
output node1 della rete neurale node 1
output node2 della rete neurale node 2
pred nodo1 / ( nodo1 + nodo2 )
n40 pre < 0.40 ? '-' : 'N'
n40fil almeno 31 AA lunghi tratti di 'N' in n40
n59 pre < 0.59 ? '-' : 'N'
n59fil almeno 31 AA lunghi tratti di 'N' in n59

'N' sta per struttura secondaria non regolare.

BIBLIOGRAFIA

Schlessinger, A., Liu, J. e Rost, B. (2007). I loop nativamente non strutturati differiscono da
altri loop. PLoS Comput Biol, 3(7), e140.

VERSIONI

FILE_FASTA
File contenente la sequenza di aminoacidi proteici in formato fasta.

FILE_RDBPROF
Struttura secondaria e previsione dell'accessibilità del solvente da parte di PROF in formato rdb.

FILE_HSSP
File del profilo di allineamento PSI-BLAST convertito in formato HSSP.

FILE DI USCITA
Il nome del file di output NORSnet finale.

FILE_PROFBVAL
Previsione dei residui flessibili/rigidi da prof(1) in formato rdb (modalità 5).

MODALITÀ_USCITA
NORSnet può creare file di output in diversi formati per scopi diversi. Valido
le modalità sono "1", "2" o "3". Modalità di default: 1.

- Modalità di default. Usa questo quando non vuoi dare un valore qui ma vuoi
specificare mettere a punto.

1 per metadisordine(1)

DEBUG
Impostato a 1 per il debug dei messaggi

USCITA

numero -
numero residuo

residuo -
tipo di residuo

crudo -
valore grezzo della differenza tra i due nodi di output

ESEMPI

norsnet /usr/share/doc/norsnet/examples/cad23.f /usr/share/doc/norsnet/examples/cad23-fil.rdbProf /usr/share/doc/norsnet/examples/cad23-fil.hssp cad23.norsnet cad23 /usr/share/doc/norsnet/examples/cad23.profbval

AMBIENTE

NORSNET_ROOT
Sostituisce /usr/share/norsnet, il percorso degli script di supporto e dei file di dati.

Usa norsnet online utilizzando i servizi onworks.net