Questo è il comando ntthal che può essere eseguito nel provider di hosting gratuito OnWorks utilizzando una delle nostre molteplici workstation online gratuite come Ubuntu Online, Fedora Online, emulatore online Windows o emulatore online MAC OS
PROGRAMMA:
NOME
ntthal - Fornisce la funzionalità di allineamento di Primer3 basata sul vicino più vicino
approccio termodinamico
DESCRIZIONE
ntthal è analogo a ntpal. Tra due sequenze, ntthal trova l'allineamento/sec
struttura, che ha la più alta temperatura di fusione. Ntthal si basa sul vicino più prossimo
approccio termodinamico.
SINOSSI
ntthal VERSIONI oligo
VERSIONI
-mv monovalent_conc - concentrazione di cationi monovalenti in mM, di default 50 mM
-dv divalent_conc - concentrazione di cationi bivalenti in mM, per impostazione predefinita 0 mM
-n dNTP_conc - concentrazione di deossinicleotide trifosfato in mM, per impostazione predefinita 0
mM
-d dna_conc - concentrazione di filamenti di DNA in nM, per impostazione predefinita 50 nM
-a modalità - tipo di allineamento, END1, END2, ANY e HAIRPIN, per impostazione predefinita ANY (quando
duplex)
-t temp - temperatura alla quale viene calcolato il duplex, per impostazione predefinita 37C
-r - fa sì che l'allineamento NON venga visualizzato su stderr, _only_ Tm is
stampato
-maxloop size - la dimensione massima dei loop delle strutture secondarie.
Il valore predefinito è 30 (questa è la lunghezza massima consentita, attualmente).
-sentiero - il percorso dei file dei parametri termodinamici
-s1 DNA_oligomero
-s2 DNA_oligomero
AUTORI
Questa pagina di manuale è stata creata da Andreas Tille[email protected]> usando help2man per Debian
ma può essere liberamente utilizzato per qualsiasi altro scopo
Usa ntthal online utilizzando i servizi onworks.net
