odinreco - Online nel cloud

PROGRAMMA:

NOME

odinreco - Ricostruzione automatica per sequenze ODIN

SINOSSI

odinreco [ Opzioni ] -r

DESCRIZIONE

odinreco: Ricostruzione automatica per sequenze ODIN

odinreco fornisce una ricostruzione generica per sequenze di imaging (spin-warp,
EPI, RARO, ...). Recupera le informazioni sul segnale acquisito dal
file 'recoInfo' che viene memorizzato su disco insieme ai dati grezzi. Il recoInfo
il file contiene informazioni sulla posizione k-space di ciascuna finestra di acquisizione
(ADC). Come output, odinreco genera una serie di file con diversi formati di immagine
(a seconda dell'opzione -f e librerie di terze parti disponibili per ODIN). Il nome del file
di ogni file inizia con il prefisso di output specificato.

VERSIONI

- avanti: ponderazione di correlazione di tutti i blade rispetto alla media di tutti i blade (nello spazio immagine)

-bf: Funzione filtro per correzione fase lama (opzioni=Gauss NoFilter Triangolo Hann
Hamming CosSq Blackman BlackmanNuttall Exp , default=NessunFiltro)

-bfw: Larghezza della funzione filtro utilizzata per la correzione di fase della pala.[0.0 (0%) ... 1.0
(100%) della larghezza della lama; -1.0 (100%) ... 0.0 (0%) della larghezza centrale] (default=1.0)

-bf: Funzione di filtro Blade-keyhole (e relativi argomenti) (options=Gauss NoFilter Triangle)
Hann Hamming CosSq Blackman BlackmanNuttall Exp , default=CosSq)

-bkt: Larghezza di transizione lama-buco della serratura (frazione del centro dello spazio k sovracampionato)
(predefinito=0.20)

-bwf: Funzione Finestra/Filtro per la ponderazione kspace di ogni lama (opzioni=Gauss NoFilter
Triangolo Hann Hamming CosSq Blackman BlackmanNuttall Exp , default=Triangolo)

-bww: Larghezza finestra/filtro per la ponderazione kspace di ogni blade (default=1.0)

-cp: Usa la trasformata di Fourier diretta con correzione della fase coniugata invece della griglia

-dc: TE utilizzato per i calcoli della deriva di campo, se diverso da zero [ms] (default=0.0ms)

-dc: Stringa di selezione dell'indice nella ricetta utilizzata per la correzione della deriva (elenco separato da spazi di
'dim=selezione', ad es. te=2)

-dcw: Memorizza la deriva del campo in un file con questo prefisso

-DD: Disabilita la correzione della deriva di campo

-df: Formato di output (estensione file) dei file dump (default=nii)

-dg: Disabilita l'interpolazione GRAPPA

-DH: Disabilita la ricostruzione omodina

-dm: Disabilita la ricostruzione multifrequenza basata sulla mappa di campo

-dp: Prefisso dei file di dump (default=./dump)

-ds: Disabilita la correzione del tempo di fetta

-il: Livello relativo al valore medio della prima eco per l'impostazione della maschera di adattamento del decadimento esponenziale
(predefinito=0.50)

-f: Elenco separato da spazi dei formati di output (estensioni di file), i formati possibili sono "3db"
analizzare asc coi dat dcm double float gz hdr idx ima interfile jdx mag mhd nii ph
png pos pro reg s16bit s32bit s8bit smp u16bit u32bit u8bit ' (predefinito = nii)

-ff: funzione filtro k-space (e suoi argomenti) (opzioni=Gauss NoFilter Triangle Hann
Hamming CosSq Blackman BlackmanNuttall Exp , default=NessunFiltro)

-fm: Carica i dati della mappa del campo da questo file

-fp: Larghezza plateau filtro (0=nessun plateau, 1= plateau completo) (predefinito=0.0)

-gd: Frazione di punti k-psace da scartare nelle linee di autocalibrazione a causa dell'alto
residui (default=0.0)

-gp: Numero di linee k-space misurate adiacenti utilizzate per l'interpolazione GRAPPA
(predefinito=2)

-gr: Numero di vicini in direzione di lettura utilizzati per l'interpolazione GRAPPA (default=5)

-gs: Fattore di scala per la griglia utilizzata per la creazione della griglia (default=1.0)

-gt: Memorizza le immagini dei modelli GRAPPA

-ip: Argomenti della riga di comando per l'elaborazione extra delle immagini finali (default=nessuno)

-j: Numero di lavori simultanei (thread) in reco (predefinito=24)

-kg1g: Funzione kernel per la griglia 1d k-space (opzioni = Gauss NoFilter Triangle Hann
Hamming CosSq Blackman BlackmanNuttall Exp , default=Gauss(0.36169))

-kg2g: Funzione kernel per la griglia 2d k-space (opzioni = Gauss NoFilter Triangle Hann
Hamming CosSq Blackman BlackmanNuttall Exp , default=Gauss(0.36169))

-ch: Ricostruzione del buco della serratura, ad es. per PROPELLER

-ks: Memorizza i dati del k-spazio

-kw1d: Larghezza del kernel per la griglia di spazio k 1d [Pixel] (default=4.24264Pixel)

-kw2d: Larghezza del kernel per la griglia di spazio k 2d [Pixel] (default=3.0Pixel)

-mf: Numero massimo di frequenze per la ricostruzione multifrequenza (default=256)

-min: Nella proiezione di massima intensità della finestra scorrevole, usa questo numero di vicini in ciascuna
direzione (predefinito=4)

-Sig: Massima ricorsione della ricostruzione in attesa dei dati della lavagna, zero significa no
ricorsione (default=100)

-o: Prefisso dei file di output (default=./image)

-pc: Combina la fase dei canali utilizzando una correzione di fase

-pe: Esponente per la ponderazione della magnitudo nel calcolo della fase combinata di tutti i canali
(predefinito=0.0)

-pf: nome del file FIFO (named pipe) da cui ottenere i dati grezzi

-pop: Ricetta per la post-elaborazione del volume 3D dopo la combinazione dei canali (default=null)

-prp: Ricetta per la post-elaborazione del volume 3D prima della combinazione dei canali (default=null)

-pt: Combina e memorizza l'andamento temporale delle fasi da tutti i canali

-pz: Pad mancante dati grezzi (di misura interrotta) con zeri

-q: Controllo qualità: verifica la presenza di picchi nei dati

-rd: Scarica i dati del segnale e il relativo protocollo su file con questo prefisso, non ricostruire
immagini

-R F: Leggi la ricetta reco (layout della pipeline) da questo file

-rp: ricetta Reco (layout pipeline)

-s: Seleziona determinati intervalli di dimensioni (elenco separato da spazi di 'dim=selection', ad es
fetta=3)

-ns: Memorizza le immagini dai canali separatamente invece di combinarle

-sp: Memorizza la fase oltre alla grandezza

-sv: Ricostruzione finestra scorrevole, ad es. per Spiral/PROPELLER

-t1f: Usa questo tipo di adattamento T1, può essere uno tra 'semplice', 'magnitudine' (default=semplice)

-t1l: Livello relativo al valore medio della prima eco per impostazione maschera di adattamento T1 (default=0.50)

-t1m: Limite superiore per adattamento T1 [ms] (default=3000.0ms)

-per: Timeout per reco in secondi, 0=infinito (default=0)

-Type: Tipo di rappresentazione dell'immagine (opzioni = float automatico double s32bit u32bit s16bit
u16bit s8bit u8bit, default=automatico)

-wdialetto: Scrivere dati utilizzando un dato dialetto del formato. (l'impostazione predefinita è nessun dialetto)

-wp: Memorizza il protocollo separatamente in questo file.

-zp: Dimensione minima dell'immagine finale in direzione di fase ottenuta riempimento zero (default=0)

-zr: Dimensione minima dell'immagine finale in direzione di lettura ottenuta riempimento zero (default=0)

-zs: Dimensione minima dell'immagine finale nella direzione della sezione ottenuta riempimento zero (default=0)

-v o per eseguire il debug/tracciare tutti i componenti o un singolo
componente, rispettivamente. I valori possibili per loglevel sono: 0(noLog), 1(errorLog),
2(Registro avvisi), 3(Registro informazioni).

-h, --Aiuto, -Aiuto, --versione : stampa il testo della guida o le informazioni sulla versione

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