parseval - Online nel cloud

PROGRAMMA:

NOME

parseval - analisi comparativa di due fonti alternative di annotazione

SINOSSI

analisi [Opzioni] riferimento.gff3 predizione.gff3

DESCRIZIONE

Opzioni di base:

-d|--debug:
Stampa messaggi di debug

-h|--aiuto:
Stampa il messaggio di aiuto ed esci

-l|--delta: INT
Estendi i loci genici di questi molti nucleotidi; il valore predefinito è 0

-V|--verboso:
Stampa messaggi di avviso dettagliati

-v|--versione:
Stampa il numero della versione ed esci

Opzioni di uscita:

-a|--condivisione dati: STRING
Posizione da cui copiare i dati condivisi per l'output HTML (se "make install" non lo ha fatto
ancora stato eseguito)

-f|--formato: STRING
Indicare il formato di output desiderato; possibili opzioni: 'csv', 'testo' o 'html'
(default='testo'); in modalità 'testo' o 'csv', creerà un unico file; in 'html'
mode, creerà una directory

-g|--nogff3:
Non stampare l'output GFF3 corrispondente a ciascun confronto

-o|--file di uscita: NOME FILE
File/directory in cui verrà scritto l'output; l'impostazione predefinita è il terminale (STDOUT)

-p|--nopng:
In modalità di output HTML, salta la generazione della grafica PNG per ogni locus genico

-s|--riassunto:
Stampa solo statistiche riassuntive, non stampa confronti individuali

-w|--sovrascrivi:
Forza la sovrascrittura di qualsiasi file di output esistente

-x|--rerlabel: STRING
Etichetta opzionale per annotazioni di riferimento

-y|--etichetta precedente: STRING
Etichetta opzionale per le annotazioni di previsione

Opzioni di filtro:

-k|--makefilter
Crea un file di configurazione predefinito per filtrare i risultati segnalati ed esci,
non fare confronti

-r|--filefiltro: STRINGA
Utilizzare il file di configurazione indicato per filtrare i risultati riportati;

-t|--maxtrans: INT
Numero massimo di trascrizioni consentite per locus; usa 0 per disabilitare il limite; il valore predefinito è 32

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