Questo è il comando plast che può essere eseguito nel provider di hosting gratuito OnWorks utilizzando una delle nostre molteplici postazioni di lavoro online gratuite come Ubuntu Online, Fedora Online, emulatore online Windows o emulatore online MAC OS
PROGRAMMA:
NOME
plast - Strumento di ricerca per l'allineamento di sequenze locali parallele
DESCRIZIONE
plastica 2.3.1
- Data build: 2016:02:09 09-47-45 - Sistema operativo: Linux-4.3.0-1-amd64 - Compilatore: /usr/bin/cc
(5.3.1) - CPU host: 4 core disponibili
[*] indica un argomento obbligatorio.
-p [*]:
Nome del programma [plastp, tplastn, plastx, tplastx o plastn]
-d [*]:
File database soggetto
-i [*]:
Interroga file di database
-o : File di output del rapporto PLAST
-e : Valore atteso
-n : Dimensione del quartiere che esegue un'estensione ungapped
-s : La soglia senza gap attiva una piccola estensione con gap
-g : soglia per piccola estensione gap
-b : larghezza di banda per piccole estensioni con gap
-a : Numero di processori da utilizzare
-G : Costo per aprire una lacuna
-E : Costo per estendere un divario
-xdrop-ungap :
Valore di abbandono X per l'allineamento Ungapped (in bit) (zero richiama il comportamento predefinito 20
bit)
-X : X valore di dropoff per l'allineamento con gap (in bit) (zero richiama il comportamento predefinito)
-Z : X valore di dropoff per l'allineamento finale con gap in bit (0.0 richiama il comportamento predefinito)
-indice-soglia :
Soglia indice per calcolare la somiglianza tra vicini
-F : Filtra la sequenza di query
-M : Matrice punteggio (BLOSUM62 o BLOSUM50)
-filo :
trefoli per plastn: 'più', 'meno' o 'entrambi' (predefinito)
-r : ricompensa per una corrispondenza nucleotidica (plastn)
-q : penalità per un disadattamento nucleotidico (plastn)
-forza-ordine di query :
Forza l'ordine delle query nel file di output.
-max-dimensione-database :
Dimensione massima consentita (in byte) per un database. Se maggiore, il database è segmentato.
-max-hit-per-query :
Riscontri massimi per query. Il valore 0 scaricherà tutti gli hit (predefinito)
-max-hsp-per-colpo :
Allineamenti massimi per colpo. Il valore 0 scaricherà tutti gli hit (predefinito)
-risultato :
Formato di output: 1 per tabulato (predefinito), 2 per tubolare esteso, 4 per NCBI
Tipo esplosivo.
-lista-fili :
Elenco dei filamenti (es: "1,2,6") da utilizzare quando si utilizza algo utilizzando nucleotidi
banche dati.
-optim-codone-stop :
dimensione dell'intervallo consentito tra l'ultimo carattere non valido e la fermata successiva
codone
-dispacciatore-di fabbrica :
Fabbrica che crea il dispatcher.
-statistiche-di-fabbrica :
Fabbrica che crea generatore di statistiche.
-indicizzazione di fabbrica :
Factory che crea il generatore di indicizzazione.
-fabbrica-hit-ungap :
La fabbrica che crea l'iteratore di hit ungap.
-colpo di fabbrica-smallgap :
La fabbrica che crea un piccolo gap colpisce l'iteratore.
-fabbrica-hit-fullgap :
La fabbrica che crea l'iteratore di hit full gap.
-composizione-hit-fabbrica :
La fabbrica che crea la composizione colpisce l'iteratore.
-risultato-divario-di-fabbrica :
Risultato di fabbrica che crea allineamenti gap.
-risultato-unap-fabbrica :
Factory che crea risultati di allineamenti ungap.
-separatore :
Fabbrica che crea un divisore di allineamento. Stringa: 'normale' o 'a bande' (predefinito)
-optim-filtro-ungap :
Ottimizzazione che filtra attraverso allineamenti ungap.
-istogramma :
Visualizza una barra di avanzamento durante l'esecuzione.
-dimensione del grafico a barre :
Nb di caratteri del bargraph.
-file-di-progressione :
Scarica in un file la percentuale di esecuzione corrente.
-verboso :
Visualizza le informazioni durante l'esecuzione dell'algoritmo.
-statistiche complete :
Scarica le statistiche dell'algoritmo.
-statistiche :
Scarica statistiche generiche.
-stats-fmt :
Formato delle statistiche: 'raw' (predefinito) o 'xml'
-statistiche-auto :
Creazione automatica di file di statistiche
-allineamento-avanzamento :
Scarica in un file il numero crescente di allineamenti ungap/ungap durante l'algoritmo.
-progresso-risorse :
Scarica in un file le informazioni sulle risorse durante l'algoritmo.
-plastrc :
Percorso del file di configurazione plast.
-xmlfiltro :
Uri di un file di filtro XML.
-rapporto-uso-semi :
Rapporto di semi da utilizzare.
-filtro-indice-semi :
lunghezza dei semi da utilizzare per il filtro di indicizzazione.
-file-stats-database-soggetto-completo :
Percorso del file per le statistiche del database completo dei soggetti
-W : dimensione dei semi
-h : Aiuto
Citando PLAST: Nguyen VH, Lavenier D. (2009) PLAST: strumento di ricerca di allineamento locale parallelo
per il confronto del database. BMC Bioinformatica, vol 10, no 329.
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