Questo è il comando pls2fasta che può essere eseguito nel provider di hosting gratuito OnWorks utilizzando una delle nostre molteplici workstation online gratuite come Ubuntu Online, Fedora Online, emulatore online Windows o emulatore online MAC OS
PROGRAMMA:
NOME
pls2fasta: converte i file plx.h5/bax.h5/fofn in file fasta o fastq
SINOSSI
pls2fasta in.bax.h5 out.fasta [Opzioni]
DESCRIZIONE
Sebbene i file fasta vengano forniti con ogni esecuzione, non vengono tagliati né suddivisi
sottoletture. Questo programma accetta informazioni di annotazione aggiuntive, come la sottolettura
coordinate e regioni di alta qualità e le utilizza per creare sequenze fasta che sono
sottostringhe di tutte le basi chiamate. Nella maggior parte dei casi, vorrai eliminare le letture di bassa qualità,
quindi dovresti specificare -trimByRegion.
VERSIONI
in.bax.h5
Immettere il file plx.h5/bax.h5/fofn.
out.fasta
Genera file fasta/fastq.
-trimByRegion
Elimina le regioni di bassa qualità.
-mascheraPerRegione
Maschera le regioni di bassa qualità con 'N'.
-regioneTabella APPREZZIAMO
File HDF opzionale con a /PulseData/Regioni set di dati.
-minLunghezzasottolettura APPREZZIAMO
Non scrivere sottoletture inferiori alla lunghezza specificata.
-noSplitSubread
Non dividere le letture sulle sequenze dell'adattatore.
-Numeroforo
Stampa solo questo numero di buca (o elenco di numeri).
-veloceq Stampa in formato FASTQ con qualità.
-cc Stampa de novo sequenze di consenso circolare (ccs).
-lineLength APPREZZIAMO
Specificare la lunghezza della linea fasta/fastq
-minLeggiPunteggio APPREZZIAMO
Punteggio di lettura minimo per stampare una lettura. Il punteggio è un numero compreso tra 0 e 1000 e
rappresenta la percentuale di precisione prevista * 10. Un valore tipico sarebbe compreso tra
750 e 800. Ciò non si applica alle letture ccs.
-migliore Se esiste una sequenza ccs, stampala. Altrimenti, stampa la sottolettura più lunga. Questo
non supporta fastq.
Utilizza pls2fasta online utilizzando i servizi onworks.net
