Prettyplote: online nel cloud

PROGRAMMA:

NOME

Prettyplot: disegna un allineamento di sequenze con una formattazione carina

SINOSSI

bellatrama -sequenze sequenza [-filematrice matrice] [-residuo di perlina numero intero]
[-rebreak numero intero] [-ccolori booleano] [-identità stringa]
[-csomiglianza stringa] [-cother stringa] [-docolore booleano] [-Shade stringa]
[-paio schieramento] [-identità numero intero] [-scatola booleano] [-boxcol booleano]
[-boxuse stringa] [-nome booleano] [-maxnamelen numero intero] [-numero booleano]
[-liststoptions booleano] [-pluralità galleggiante] [-consenso booleano]
[-collisione booleano] [-alternativa stratagemma] [-mostra il punteggio numero intero]
[-ritratto booleano] -grafico grafico

bellatrama -Aiuto

DESCRIZIONE

bellatrama è un programma a riga di comando di EMBOSS ("the European Molecular Biology Open
Pacchetto software”). Fa parte dei gruppi di comandi "Allineamento:Multipli,Visualizzazione".

VERSIONI

Ingresso pagina
-sequenze sequenza

-filematrice matrice
Questo è il file della matrice di punteggio utilizzato quando si confrontano le sequenze. Per impostazione predefinita è il
il file 'EBLOSUM62' (per le proteine) o il file 'EDNAFULL' (per le sequenze nucleiche). Queste
i file si trovano nella directory 'data' dell'installazione di EMBOSS.

aggiuntivo pagina
-residuo di perlina numero intero
Il numero di residui da visualizzare su ogni riga Valore predefinito: 50

-rebreak numero intero
Valore predefinito: $(residuiperline)

-ccolori booleano
Valore predefinito: Sì

-identità stringa
Valore predefinito: ROSSO

-csomiglianza stringa
Valore predefinito: VERDE

-cother stringa
Valore predefinito: NERO

-docolore booleano
Valore predefinito: N

-Shade stringa
Impostato su BPLW per l'ombreggiatura normale (nero, pallido, chiaro, bianco), quindi per coppia = 1.5,1.0,0.5
e tonalità = BPLW Punteggio residui Colore 1.5 o superiore... NERO (B) da 1.0 a 1.5 ... MARRONE
(P) da 0.5 a 1.0 ... WHEAT (L) inferiore a 0.5 .... BIANCO (W) Le uniche quattro lettere consentite
sono BPLW, in qualsiasi ordine.

-paio schieramento
Valore predefinito: 1.5,1.0,0.5

-identità numero intero

-scatola booleano
Valore predefinito: Sì

-boxcol booleano
Valore predefinito: N

-boxuse stringa
Valore predefinito: GRIGIO

-nome booleano
Valore predefinito: Sì

-maxnamelen numero intero
Valore predefinito: 10

-numero booleano
Valore predefinito: Sì

-liststoptions booleano
Valore predefinito: Sì

-pluralità galleggiante
Valore predefinito: @( $(sequenze.totweight) / 2)

Consenso pagina
-consenso booleano
Valore predefinito: N

-collisione booleano
Valore predefinito: Sì

-alternativa stratagemma
I valori sono 0: controllo collisione normale. (impostazione predefinita) 1: confronta i punteggi identici con quelli
punteggio massimo trovato. Quindi, se qualsiasi altro residuo corrisponde allo stesso punteggio, si tratta di una collisione
è successo. 2:Se un altro residuo ha un punteggio maggiore o uguale al corrispondente e
questi non corrispondono, si è verificata una collisione. 3:Controlla tutti quelli non presenti nel file
consenso attuale. Se qualcuno di questi dà un punteggio massimo per punteggi corrispondenti o identici
allora si è verificata una collisione.

-mostra il punteggio numero intero
Valore predefinito: -1

-ritratto booleano
Valore predefinito: N

Uscita pagina
-grafico grafico

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