profisis - Online nel cloud

PROGRAMMA:

NOME

profisis - siti di interazione proteina-proteina identificati dalla sequenza

SINOSSI

profisis [OPZIONE]

DESCRIZIONE

profisis (ISIS) è un metodo basato sull'apprendimento automatico che identifica i residui interagenti
dalla sola sequenza. Sebbene il metodo sia sviluppato utilizzando proteina-proteina transitoria
interfacce da complessi di strutture 3D sperimentalmente conosciute, non usa mai esplicitamente
Informazioni 3D. Invece, combiniamo le caratteristiche strutturali previste con quelle evolutive
informazione. Le previsioni più forti del metodo hanno raggiunto una precisione superiore al 90% in un
esperimento di convalida. I nostri risultati suggeriscono che, nonostante la significativa diversità nel
natura delle interazioni proteina-proteina, condividono tutti principi di base comuni e che
questi principi sono identificabili dalla sola sequenza.

Conversione of ESPLOSIONE PSI allineamento a HSSP formato
La procedura più aggiornata è disponibile su
.

1. Converti l'output BLAST in un formato di allineamento singolo (SAF):
/usr/share/librg-utils-perl/blast2saf.pl fasta= maxAli=3000 eSaf=1 \
sicuro=

2. Converti il ​​formato SAF in HSSP:
/usr/share/librg-utils-perl/copf.pl formatIn=saf formatOut=hssp \
fileOut= exeConvertSeq=convert_seq

3. Filtra i risultati fino all'80% di ridondanza:
/usr/share/librg-utils-perl/hssp_filter.pl red=80 fileOut=

Uscita formato
Vedi descrizione di --formato esterno opzione.

BIBLIOGRAFIA

Ofran, Y. e Rost, B. (2007). ISIS: siti di interazione identificati dalla sequenza.
Bioinformatica, 23(2), e13-6.

VERSIONI

Parametri richiesti

--fastfile
file che contiene la tua sequenza in formato fasta

--hsspfile
file con dati hssp per la sequenza in --fastafile

--rdbprofilo
file con output prof per la sequenza in --fastafile

--file di uscita
file di uscita

Parametri opzionali

--formato esterno
formato di output [pp|prval], default=pp

pp Formato PredictProtein:

Output ::= Header_Line Binary_Out Raw_Out

Header_Line ::= '>' Header_String '\n'

Binary_Out ::= ( Horiz_Sequence '\n' Bin_Pred '\n\n' )+

Sequenza_Orizzontale ::= Amino_Acid_One_Letter_Code{,40}

Bin_Pred ::= [P-]{,40}

'P' segna il residuo di legame.

Raw_Out ::= ( Amino_Acid_Number ' ' Amino_Acid_One_Letter_Code ' ' Prediction_Score '\n' )+

Punteggio_pronostico ::= Valore_intero

Vedi output di esempio in /usr/share/doc/profisis/examples.

preval
( 'resn resi valore_predetto' )+, ad es

'1 M25'
'2R36'
...

- debug
--nodebug
Predefinito: --nodebug

--succinta
Output succinto (stampa valori senza confidenza).

Parametri che controllano la post-elaborazione: questi parametri influiscono solo sulla parte superiore del
formato di output 'pp'

--gap=int
predefinito=20

--stretch=int
predefinito=5

--crd=int
predefinito=7

--crd-restrizione
--nocrd-restrizione
Predefinito: --crd-restrizione. Usa il codice originale ($crd = undef) (--crd-restriction) o
usa il nuovo codice ($cr) (--nocrd-restriction).

ESEMPI

profisis --fastafile /usr/share/doc/profisis/examples/3A1P_A.fasta --hsspfile /usr/share/doc/profisis/examples/3A1P_A.hssp --rdbproffile /usr/share/doc/profisis/examples/3A1P_A .rdbProf --outfile /tmp/3A1P_A.profisis

AMBIENTE

PROFISISCONF
Posizione del file di configurazione da utilizzare, sovrascrivendo altri file di configurazione

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