Questo è il comando pymol che può essere eseguito nel provider di hosting gratuito OnWorks utilizzando una delle nostre molteplici postazioni di lavoro online gratuite come Ubuntu Online, Fedora Online, emulatore online Windows o emulatore online MAC OS
PROGRAMMA:
NOME
pymol - pacchetto di modellazione e grafica molecolare gratuito e flessibile
SINOSSI
pimolo [Opzioni] [file]
DESCRIZIONE
Nel corso degli anni, PyMOL è diventato un visualizzatore molecolare capace con supporto per animazioni,
rendering di alta qualità, cristallografia e altre attività comuni di grafica molecolare.
È stato adottato da molte centinaia (forse anche migliaia) di scienziati sparsi su
trenta paesi. Tuttavia, PyMOL è ancora un lavoro in corso, con sviluppo
dovrebbe continuare negli anni a venire.
VERSIONI
Queste opzioni sono attualmente supportate:
-2 Inizia in modalità mouse a due pulsanti.
-c Modalità riga di comando, nessuna GUI. Per operazioni batch.
-d stringa
Esegui la stringa di comando pymol all'avvio.
-e Inizia in modalità a schermo intero.
-f #linea
Controlla la visualizzazione di comandi e feedback in OpenGL (0=MENO).
-g file.png
Scrivi un file PNG (dopo aver valutato gli argomenti precedenti)
-i Disabilitare la GUI OpenGL interna (elenco oggetti, menu, ecc.)
-l file.py
Genera un programma Python in un nuovo thread.
-o Disabilita le protezioni di sicurezza per i file di sessione.
-p Ascolta i comandi sull'input standard.
-q Lancio tranquillo. Elimina la schermata iniziale e altre chiacchiere.
-r file.py
Esegui un programma Python (in __principale__) all'avvio.
-s copione
Salva i comandi in questo script PyMOL o file di programma.
-t Usa il modulo GUI esterno basato su Tcl/Tk (pmg_tk).
-u copione
Carica e aggiungi a questo script PyMOL o file di programma.
-x Disabilita il modulo GUI esterno.
-B Abilita segnale stereo linea blu (per Mac stereo)
-G Inizia in modalità Gioco.
-M Force mono anche quando è presente l'hardware stereo.
-R Avvia il listener XMLRPC di Greg Landrum.
-S Forza e avvia in stereo, se possibile.
-X int -Y int -W int -H int -V int
Regola la geometria della finestra.
Tutto file fornito verrà caricato o eseguito dopo l'avvio di PyMOL. Possono avere uno dei
seguenti estensioni:
.pml Script di comando PyMOL da eseguire all'avvio
.py[cm] Programma Python da eseguire all'avvio
File in formato .pdb Protein Data Bank da caricare all'avvio
.mmod Formato Macromodel da caricare all'avvio
File .mol MDL MOL da caricare all'avvio
File SD MDL .sdf da analizzare e caricare all'avvio
.xplor X-PLOR Map file (ASCII) da caricare all'avvio
.ccp4 File mappa CCP4 (BINARIO) da caricare all'avvio
.cc[12] File di coordinate cartesiane ChemDraw 3D
.pkl Modello ChemPy in salamoia (classe "chempy.model.Indicizzato")
.r3d File Raster3D
File .cex CEX (Metaforiche)
.top file topologia AMBRA
.crd AMBRA file coordinate
.primo file di riavvio AMBRA
.trj Traiettoria AMBRA
.pse file di sessione PyMOL
Mappa del potenziale elettrostatico .phi Delphi/Grasp
Per un elenco di opzioni, puoi anche inserire quanto segue nella riga di comando di pimolo:
Aiuto lancio
COMANDI
Fare riferimento alla documentazione online di PyMols all'indirizzo
http://www.pymolwiki.org/index.php/CategoryComandi: o il suo aiuto interno per un comando
riferimento.
Usa pymol online utilizzando i servizi onworks.net
