Questo è il comando raster3d che può essere eseguito nel provider di hosting gratuito OnWorks utilizzando una delle nostre molteplici workstation online gratuite come Ubuntu Online, Fedora Online, emulatore online Windows o emulatore online MAC OS
PROGRAMMA:
NOME
Raster3D - pacchetto di grafica molecolare
SINOSSI
Il Marketplace per le Raster3D pacchetto di grafica molecolare è costituito da un programma di base cedere e un numero di
programmi ausiliari (palle, rastrellare, aste) che producono file di input per il rendering da PDB
(Protein Data Bank) file di coordinate atomiche. Raster3D può anche rendere le immagini composte
utilizzando altri programmi come MOLSCRITTO [Per Kraulis (1991), J. Appl. cristallo. 24, 946-950].
Raster3D è disponibile gratuitamente. Se utilizzi il pacchetto per preparare le figure per la pubblicazione,
si prega di dare il giusto credito agli autori. La citazione corretta per la versione attuale è
Merritt & Bacon (1997).
Bacon & Anderson (1988) J. Molec. Grafici 6, 219-220.
Merritt & Murphy (1994) Acta Crystal. D50, 869-873.
Merritt & Bacon (1997) Meth. Enzimolo. 277, 505-524.
DESCRIZIONE
Raster3D utilizza un veloce algoritmo Z-buffer per produrre immagini pixel di alta qualità con uno
sorgente di luce ombreggiante, sorgenti luminose aggiuntive non ombreggianti, evidenziazione speculare,
trasparenza e superfici ombreggiate Phong. L'output è sotto forma di un'immagine pixel con 24
bit di informazioni sul colore per pixel. Raster3D non dipende dall'hardware grafico.
Sono supportati i seguenti formati di output delle immagini: AVS, JPEG, PNG, TIFF e SGI libimage.
Per visualizzare o manipolare effettivamente le immagini prodotte, devi anche aver installato un'immagine
pacchetto di visualizzazione (es. ImageMagick di John Cristy o le utilità libimage di SGI). Un filtro
utilità avs2ps è incluso nel pacchetto che può convertire un flusso di output in formato AVS
direttamente a un'immagine PostScript monocromatica retinata.
Sebbene Raster3D non sia inteso come un pacchetto di ray-tracing di uso generale, niente nel
il processo di rendering è specifico della grafica molecolare.
ESEMPI
Utilizzando solo i programmi inclusi nella distribuzione Raster3D è possibile creare e rendere lo spazio-
modelli di riempimento, modelli a palla e bastone, modelli a nastro e figure composte da qualsiasi
combinazione di questi. Il seguente insieme di comandi produrrebbe una figura composita di
una metalloproteina contenente Fe con una rappresentazione a nastro uniformemente ombreggiata del
proteina e sfere disegnate per gli atomi di Fe:
#
# Disegna un nastro liscio con la combinazione di colori predefinita 2,
# salva la descrizione (con i record di intestazione) in ribbon.r3d
#
cat protein.pdb | nastro -d2 > nastro.r3d
#
# Estrai solo gli atomi di Fe e disegna come sfere.
# Le informazioni sul colore sono prese da colorfile.
# Salva la descrizione (senza record di intestazione) in irons.r3d
#
grep "FE" protein.pdb | file colore gatto - | palle -h > ferri.r3d
#
# combina le due descrizioni ed esegui il rendering in un'immagine PNG
#
gatto nastro.r3d ferri.r3d | render > picture.png
L'uso integrato di MOLSCRIPT/Raster3D/ImageMagick consente di descrivere, renderizzare e visualizzare
Rappresentazioni 3D di figure MOLSCRIPT esistenti:
molscript -r infile.dat | render | mostra png:-
FONTE
sito web URL:
http://www.bmsc.washington.edu/raster3d/raster3d.html
contattare:
Ethan A Merritt
Università di Washington, Seattle WA 98195
[email protected]
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